The Interchromatin Compartment Participates in the Structural and Functional Organization of the Cell Nucleus.
active nuclear compartment (ANC)
chromatin domain (cluster) (CDC)
chromosome territory (CT)
inactive nuclear compartment (INC)
interchromatin compartment (IC)
nucleosome cluster (NC)
perichromatin region (PR)
Journal
BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology
ISSN: 1521-1878
Titre abrégé: Bioessays
Pays: United States
ID NLM: 8510851
Informations de publication
Date de publication:
02 2020
02 2020
Historique:
received:
31
07
2019
revised:
24
11
2019
entrez:
30
1
2020
pubmed:
30
1
2020
medline:
29
9
2020
Statut:
ppublish
Résumé
This article focuses on the role of the interchromatin compartment (IC) in shaping nuclear landscapes. The IC is connected with nuclear pore complexes (NPCs) and harbors splicing speckles and nuclear bodies. It is postulated that the IC provides routes for imported transcription factors to target sites, for export routes of mRNA as ribonucleoproteins toward NPCs, as well as for the intranuclear passage of regulatory RNAs from sites of transcription to remote functional sites (IC hypothesis). IC channels are lined by less-compacted euchromatin, called the perichromatin region (PR). The PR and IC together form the active nuclear compartment (ANC). The ANC is co-aligned with the inactive nuclear compartment (INC), comprising more compacted heterochromatin. It is postulated that the INC is accessible for individual transcription factors, but inaccessible for larger macromolecular aggregates (limited accessibility hypothesis). This functional nuclear organization depends on still unexplored movements of genes and regulatory sequences between the two compartments.
Identifiants
pubmed: 31994771
doi: 10.1002/bies.201900132
doi:
Substances chimiques
Chromatin
0
Heterochromatin
0
RNA, Messenger
0
Ribonucleoproteins
0
Transcription Factors
0
Types de publication
Journal Article
Review
Langues
eng
Sous-ensembles de citation
IM
Pagination
e1900132Subventions
Organisme : CIHR
Pays : Canada
Informations de copyright
© 2020 The Authors. BioEssays published by WILEY Periodicals, Inc.
Références
S. T. Kosak, M. Groudine, Genes Dev. 2004, 18, 1371.
T. Misteli, Cell 2007, 128, 787.
W. A. Bickmore, B. van Steensel, Cell 2013, 152, 1270.
J. Fraser, I. Williamson, W. A. Bickmore, J. Dostie, Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2015, 79, 347.
A. J. Fritz, N. Sehgal, A. Pliss, J. Xu, R. Berezney, Genes, Chromosomes Cancer 2019, 58, 407.
A. Krumm, Z. Duan, Semin. Cell Dev. Biol. 2019, 90, 62.
B. van Steensel, E. E. M. Furlong, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2019, 20, 327.
M. W. Vermunt, D. Zhang, G. A. Blobel, J. Cell Biol. 2019, 218, 12.
S. Tashiro, C. Lanctot, Nucleus 2015, 6, 89.
T. Ried, I. Rajapakse, Methods 2017, 123, 1.
J. Dekker, A. S. Belmont, M. Guttman, V. O. Leshyk, J. T. Lis, S. Lomvardas, L. A. Mirny, C. C. O'Shea, P. J. Park, B. Ren, J. C. R. Politz, J. Shendure, S. Zhong, D. N. Network, Nature 2017, 549, 219.
C. Rabl, Morphologisches Jahrbuch 1885, 10, 214.
T. Cremer, Von der Zellenlehre zur Chromosomentheorie, Naturwissenschaftliche Ekenntnis und Theorienwechsel in der frühen Zell- und Verebungsforschung, Springer, Heidelberg, Germany 1985.
T. Cremer, C. Cremer, Eur. J. Histochem. 2006, 50, 161.
M. L. Pardue, J. G. Gall, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1969, 64, 600.
T. Cremer, C. Cremer, Eur. J. Histochem. 2006, 50, 223.
T. Cremer, C. Cremer, P. Lichter, Human Genetics 2014, 133, 403.
D. E. Comings, Am. J. Hum. Genet. 1968, 20, 440.
F. Vogel, T. M. Schroeder, Humangenetik 1974, 25, 265.
K. Scherrer, Exp. Cell Res. 2018, 373, 1.
F. H. Crick, Eur. J. Biochem. 1978, 83, 1.
F. H. Crick, Proc. of the Sixth Int. Chromosome Conf., Helsinki (Eds: A. de la Chapelle, M. Sorsa), 1977. Elsevier, New York, p. 405.
I. Solovei, M. Kreysing, C. Lanctot, S. Kosem, L. Peichl, T. Cremer, J. Guck, B. Joffe, Cell 2009, 137, 356.
I. Solovei, A. S. Wang, K. Thanisch, C. S. Schmidt, S. Krebs, M. Zwerger, T. V. Cohen, D. Devys, R. Foisner, L. Peichl, H. Herrmann, H. Blum, D. Engelkamp, C. L. Stewart, H. Leonhardt, B. Joffe, Cell 2013, 152, 584.
A. L. Olins, D. E. Olins, Science 1974, 183, 330.
R. D. Kornberg, Science 1974, 184, 868.
K. Luger, A. W. Mader, R. K. Richmond, D. F. Sargent, T. J. Richmond, Nature 1997, 389, 251.
G. Felsenfeld, M. Groudine, Nature 2003, 421, 448.
N. Gilbert, J. Allan, Essays Biochem. 2019, 63, 1.
T. Cremer, M. Cremer, C. Cremer, Biochemistry 2018, 83, 313.
T. Cremer, M. Cremer, B. Hubner, H. Strickfaden, D. Smeets, J. Popken, M. Sterr, Y. Markaki, K. Rippe, C. Cremer, FEBS Lett. 2015, 589, 2931.
T. Cremer, C. Cremer, Nat. Rev. Genet. 2001, 2, 292.
Q. Zhang, K. P. Kota, S. G. Alam, J. A. Nickerson, R. B. Dickinson, T. P. Lele, J. Cell. Physiol. 2016, 231, 1269.
J. Kim, K. Y. Han, N. Khanna, T. Ha, A. S. Belmont, J. Cell Sci. 2019, 132, jcs226563.
J. Popken, A. Brero, D. Koehler, V. J. Schmid, A. Strauss, A. Wuensch, T. Guengoer, A. Graf, S. Krebs, H. Blum, V. Zakhartchenko, E. Wolf, T. Cremer, Nucleus 2014, 5, 555.
P. Bjork, L. Wieslander, Cell. Mol. Life Sci. 2017, 74, 2875.
M. J. Hendzel, F. Boisvert, D. P. Bazett-Jones, Mol. Biol. Cell 1999, 10, 2051.
S. Fakan, R. van Driel, Semin. Cell Dev. Biol. 2007, 18, 676.
L. Solimando, M. S. Luijsterburg, L. Vecchio, W. Vermeulen, R. van Driel, S. Fakan, J. Cell Sci. 2009, 122, 83.
J. Rouquette, C. Cremer, T. Cremer, S. Fakan, Int Rev Cell Mol Biol 2010, 282, 1.
Y. Chen, Y. Zhang, Y. Wang, L. Zhang, E. K. Brinkman, S. A. Adam, R. Goldman, B. van Steensel, J. Ma, A. S. Belmont, J. Cell Biol. 2018, 217, 4025.
I. Masiello, S. Siciliani, M. Biggiogera, Histochem. Cell Biol. 2018, 150, 227.
S. A. Quinodoz, N. Ollikainen, B. Tabak, A. Palla, J. M. Schmidt, E. Detmar, M. M. Lai, A. A. Shishkin, P. Bhat, Y. Takei, V. Trinh, E. Aznauryan, P. Russell, C. Cheng, M. Jovanovic, A. Chow, L. Cai, P. McDonel, M. Garber, M. Guttman, Cell 2018, 174, 744.
M. Babokhov, K. Hibino, Y. Itoh, K. Maeshima, J. Mol. Biol. 2019, https://doi.org/10.1016/j.jmb.2019.10.018.
K. Maeshima, K. Kaizu, S. Tamura, T. Nozaki, T. Kokubo, K. Takahashi, J. Phys.: Condens. Matter 2015, 27, 064116.
M. Cremer, V. J. Schmid, F. Kraus, Y. Markaki, I. Hellmann, A. Maiser, H. Leonhardt, S. John, J. Stamatoyannopoulos, T. Cremer, Epigenet. Chromatin 2017, 10, 39.
M. Cremer, T. Cremer, Genes, Chromosomes Cancer 2019, 58, 427.
T. Cremer, G. Kreth, H. Koester, R. H. Fink, R. Heintzmann, M. Cremer, I. Solovei, D. Zink, C. Cremer, Crit. Rev. Eukaryot. Gene Expr. 2000, 10, 38.
U. Wehrli, Tidying Up Art, Prestel, New York 2003.
R. Hancock, Biochemistry 2018, 83, 326.
B. Deplancke, D. Alpern, V. Gardeux, Cell 2016, 166, 538.
J. De Las Rivas, C. Fontanillo, PLoS Comput. Biol. 2010, 6, e1000807.
S. E. A. Ozbabacan, H. B. Engin, A. Gursoy, O. Keskin, Protein Eng., Des. Sel. 2011, 24, 635.
F. J. Blanco, G. Montoya, FEBS J. 2011, 278, 1643.
J. A. Croft, J. M. Bridger, S. Boyle, P. Perry, P. Teague, W. A. Bickmore, J. Cell Biol. 1999, 145, 1119.
S. Boyle, S. Gilchrist, J. M. Bridger, N. L. Mahy, J. A. Ellis, W. A. Bickmore, Hum. Mol. Genet. 2001, 10, 211.
M. Cremer, J. von Hase, T. Volm, A. Brero, G. Kreth, J. Walter, C. Fischer, I. Solovei, C. Cremer, T. Cremer, Chromosome Res. 2001, 9, 541.
F. A. Habermann, M. Cremer, J. Walter, G. Kreth, J. von Hase, K. Bauer, J. Wienberg, C. Cremer, T. Cremer, I. Solovei, Chromosome Res. 2001, 9, 569.
H. Tanabe, F. A. Habermann, I. Solovei, M. Cremer, T. Cremer, Mutat. Res., Fundam. Mol. Mech. Mutagen. 2002, 504, 37.
K. Kupper, A. Kolbl, D. Biener, S. Dittrich, J. von Hase, T. Thormeyer, H. Fiegler, N. P. Carter, M. R. Speicher, T. Cremer, M. Cremer, Chromosoma 2007, 116, 285.
M. Neusser, V. Schubel, A. Koch, T. Cremer, S. Muller, Chromosoma 2007, 116, 307.
T. Szczepinska, A. M. Rusek, D. Plewczynski, Genes, Chromosomes Cancer 2019, 58, 500.
M. Narita, S. Nunez, E. Heard, M. Narita, A. W. Lin, S. A. Hearn, D. L. Spector, G. J. Hannon, S. W. Lowe, Cell 2003, 113, 703.
D. Illner, R. Zinner, V. Handtke, J. Rouquette, H. Strickfaden, C. Lanctot, M. Conrad, A. Seiler, A. Imhof, T. Cremer, M. Cremer, Exp. Cell Res. 2010, 316, 1662.
T. Chandra, K. Kirschner, J. Y. Thuret, B. D. Pope, T. Ryba, S. Newman, K. Ahmed, S. A. Samarajiwa, R. Salama, T. Carroll, R. Stark, R. Janky, M. Narita, L. Xue, A. Chicas, S. Nunez, R. Janknecht, Y. Hayashi-Takanaka, M. D. Wilson, A. Marshall, D. T. Odom, M. M. Babu, D. P. Bazett-Jones, S. Tavare, P. A. Edwards, S. W. Lowe, H. Kimura, D. M. Gilbert, M. Narita, Mol. Cell 2012, 47, 203.
T. Chandra, P. A. Ewels, S. Schoenfelder, M. Furlan-Magaril, S. W. Wingett, K. Kirschner, J. Y. Thuret, S. Andrews, P. Fraser, W. Reik, Cell Rep. 2015, 10, 471.
M. R. Branco, A. Pombo, PLoS Biol. 2006, 4, e138.
H. Albiez, M. Cremer, C. Tiberi, L. Vecchio, L. Schermelleh, S. Dittrich, K. Kupper, B. Joffe, T. Thormeyer, J. von Hase, S. Yang, K. Rohr, H. Leonhardt, I. Solovei, C. Cremer, S. Fakan, T. Cremer, Chromosome Res. 2006, 14, 707.
A. Bolzer, G. Kreth, I. Solovei, D. Koehler, K. Saracoglu, C. Fauth, S. Muller, R. Eils, C. Cremer, M. R. Speicher, T. Cremer, PLoS Biol. 2005, 3, e157.
A. L. Dounce, Am. Sci. 1971, 59, 74.
F. Guilak, J. R. Tedrow, R. Burgkart, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 269, 781.
F. Erdel, M. Baum, K. Rippe, J. Phys.: Condens. Matter 2015, 27, 064115.
H. Strickfaden, A. Zunhammer, S. van Koningsbruggen, D. Kohler, T. Cremer, Nucleus 2010, 1, 284.
D. Smeets, Y. Markaki, V. J. Schmid, F. Kraus, A. Tattermusch, A. Cerase, M. Sterr, S. Fiedler, J. Demmerle, J. Popken, H. Leonhardt, N. Brockdorff, T. Cremer, L. Schermelleh, M. Cremer, Epigenet. Chromatin 2014, 7, 8.
I. Kirmes, A. Szczurek, K. Prakash, I. Charapitsa, C. Heiser, M. Musheev, F. Schock, K. Fornalczyk, D. Ma, U. Birk, C. Cremer, G. Reid, Genome Biol. 2015, 16, 246.
I. S. Mehta, M. Amira, J. H. Harvey, J. M. Bridger, Genome Biol. 2010, 11, R5.
M. Falk, Y. Feodorova, N. Naumova, M. Imakaev, B. R. Lajoie, H. Leonhardt, B. Joffe, J. Dekker, G. Fudenberg, I. Solovei, L. A. Mirny, Nature 2019, 570, 395.
E. Ruska, Biosci. Rep. 1987, 7, 607.
A. Monneron, W. Bernhard, J. Ultrastruct. Res. 1969, 27, 266.
S. Fakan, W. Bernhard, Exp. Cell Res. 1971, 67, 129.
P. Petrov, W. Bernhard, J. Ultrastruct. Res. 1971, 35, 386.
S. Fakan, W. Bernhard, Exp. Cell Res. 1973, 79, 431.
D. Cmarko, P. J. Verschure, T. E. Martin, M. E. Dahmus, S. Krause, X. D. Fu, R. van Driel, S. Fakan, Mol. Biol. Cell 1999, 10, 211.
J. Niedojadlo, C. Perret-Vivancos, K. H. Kalland, D. Cmarko, T. Cremer, R. van Driel, S. Fakan, Exp. Cell Res. 2011, 317, 433.
S. Fakan, R. Hancock, Exp. Cell Res. 1974, 83, 95.
F. Jaunin, A. E. Visser, D. Cmarko, J. A. Aten, S. Fakan, Exp. Cell Res. 2000, 260, 313.
C. Kizilyaprak, J. Daraspe, B. M. Humbel, J. Microsc. 2014, 254, 109.
Q. He, M. Hsueh, G. Zhang, D. C. Joy, R. D. Leapman, Sci. Rep. 2018, 8, 12985.
J. Rouquette, C. Genoud, G. H. Vazquez-Nin, B. Kraus, T. Cremer, S. Fakan, Chromosome Res. 2009, 17, 801.
T. V. Hoang, C. Kizilyaprak, D. Spehner, B. M. Humbel, P. Schultz, J. Struct. Biol. 2017, 197, 123.
D. P. Bazett-Jones, M. J. Hendzel, Methods 1999, 17, 188.
H. Strickfaden, A. K. Sharma, M. J. Hendzel, bioRxiv 541086 2019.
J. J. Landry, P. T. Pyl, T. Rausch, T. Zichner, M. M. Tekkedil, A. M. Stutz, A. Jauch, R. S. Aiyar, G. Pau, N. Delhomme, J. Gagneur, J. O. Korbel, W. Huber, L. M. Steinmetz, G3: Genes, Genomes, Genetics 2013, 3, 1213.
X. Shu, V. Lev-Ram, T. J. Deerinck, Y. Qi, E. B. Ramko, M. W. Davidson, Y. Jin, M. H. Ellisman, R. Y. Tsien, PLoS Biol. 2011, 9, e1001041.
A. S. Kovarikova, S. Legartova, J. Krejci, E. Bartova, Aging 2018, 10, 2585.
H. D. Ou, S. Phan, T. J. Deerinck, A. Thor, M. H. Ellisman, C. C. O'Shea, Science 2017, 357, eaag0025.
M. A. Ricci, C. Manzo, M. F. Garcia-Parajo, M. Lakadamyali, M. P. Cosma, Cell 2015, 160, 1145.
A. Esposito, C. Annunziatella, S. Bianco, A. M. Chiariello, L. Fiorillo, M. Nicodemi, Wiley Interdiscip. Rev.: Syst. Biol. Med. 2019, 11, e1444.
M. A. Le Gros, E. J. Clowney, A. Magklara, A. Yen, E. Markenscoff-Papadimitriou, B. Colquitt, M. Myllys, M. Kellis, S. Lomvardas, C. A. Larabell, Cell Rep. 2016, 17, 2125.
A. Ekman, J. H. Chen, V. Weinhardt, M. Do, G. McDermott, M. A. Le Gros, C. A. Larabell, Synchrotron Light Sources and Free-Electron Lasers (Eds: E. J. Jaeschke, S. Khan, J. R. Schneider, J. B. Hastings), Springer Nature, Cham, Switzerland 2019, pp. 1-32.
D. P. Hoffman, G. Shtengel, C. S. Xu, K. R. Campbell, M. Freeman, L. Wang, D. Milkie, H. A. Pasolli, N. Iyer, J. A. Bogovic, D. R. Stabley, A. Shirinifard, S. Pang, D. Peale, K. Schaefer, W. Pomp, C. Chang, J. Lippincott-Schwartz, T. Kirchhausen, D. J. Solecki, E. Betzig, H. F. Hess, bioRxiv 2019, 773986.
L. Schermelleh, P. M. Carlton, S. Haase, L. Shao, L. Winoto, P. Kner, B. Burke, M. C. Cardoso, D. A. Agard, M. G. Gustafsson, H. Leonhardt, J. W. Sedat, Science 2008, 320, 1332.
C. Cremer, B. R. Masters, Eur. Phys. J. H 2013, 38, 281.
M. Ehrenberg, R. Swed. Acad. Eng. Sci. 2014.
L. Schermelleh, A. Ferrand, T. Huser, C. Eggeling, M. Sauer, O. Biehlmaier, G. P. C. Drummen, Nat. Cell Biol. 2019, 21, 72.
S. W. Hell, J. Wichmann, Opt. Lett. 1994, 19, 780.
S. W. Hell, Science 2007, 316, 1153.
R. Heintzmann, C. Cremer, SPIE Proc. 1999, 3568, 336833.
M. G. Gustafsson, J. Microsc. 2000, 198, 82.
R. Heintzmann, T. Huser, Chem. Rev. 2017, 117, 13890.
K. A. Lidke, B. Rieger, T. M. Jovin, R. Heintzmann, Opt. Express 2005, 13, 7052.
E. Betzig, G. H. Patterson, R. Sougrat, O. W. Lindwasser, S. Olenych, J. S. Bonifacino, M. W. Davidson, J. Lippincott-Schwartz, H. F. Hess, Science 2006, 313, 1642.
M. J. Rust, M. Bates, X. Zhuang, Nat. Methods 2006, 3, 793.
A. Esa, P. Edelmann, G. Kreth, L. Trakhtenbrot, N. Amariglio, G. Rechavi, M. Hausmann, C. Cremer, J. Microsc. 2000, 199, 96.
R. M. Dickson, A. B. Cubitt, R. Y. Tsien, W. E. Moerner, Nature 1997, 388, 355.
J. Reymann, D. Baddeley, M. Gunkel, P. Lemmer, W. Stadter, T. Jegou, K. Rippe, C. Cremer, U. Birk, Chromosome Res. 2008, 16, 367.
P. Lemmer, M. Gunkel, Y. Weiland, P. Muller, D. Baddeley, R. Kaufmann, A. Urich, H. Eipel, R. Amberger, M. Hausmann, C. Cremer, J. Microsc. 2009, 235, 163.
A. Szczurek, L. Klewes, J. Xing, A. Gourram, U. Birk, H. Knecht, J. W. Dobrucki, S. Mai, C. Cremer, Nucleic Acids Res. 2017, 45, D56.
C. Cremer, A. Szczurek, F. Schock, A. Gourram, U. Birk, Methods 2017, 123, 11.
U. J. Birk, Genes 2019, 10, e493.
Y. Markaki, M. Gunkel, L. Schermelleh, S. Beichmanis, J. Neumann, M. Heidemann, H. Leonhardt, D. Eick, C. Cremer, T. Cremer, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 2010, 75, 475.
Y. Markaki, D. Smeets, S. Fiedler, V. J. Schmid, L. Schermelleh, T. Cremer, M. Cremer, BioEssays 2012, 34, 412.
B. Hubner, M. Lomiento, F. Mammoli, D. Illner, Y. Markaki, S. Ferrari, M. Cremer, T. Cremer, Epigenet. Chromatin 2015, 8, 47.
M. Cremer, K. Brandstetter, S. Maiser, S. S. P. Rao, V. J. Schmid, N. Mitra, S. Mamberti, K. N. Klein, D. M. Gilbert, H. Leonhardt, M. C. Cardoso, E. Lieberman-Aiden, H. Harz, T. Cremer, bioRXiv 2019, 816611.
E. Miron, R. Oldenkamp, D. M. S. Pinto, J. M. Brown, A. R. Faria, H. A. Shaban, J. D. P. Rhodes, C. Innocent, S. de Ornellas, V. Buckle, L. Schermelleh, bioRXiv 2019, 566638.
V. J. Schmid, M. Cremer, T. Cremer, Methods 2017, 123, 33.
A. Malhas, C. Goulbourne, D. J. Vaux, Trends Cell Biol. 2011, 21, 362.
J. Popken, A. Graf, S. Krebs, H. Blum, V. J. Schmid, A. Strauss, T. Guengoer, V. Zakhartchenko, E. Wolf, T. Cremer, PLoS One 2015, 10, e0124619.
J. Kind, L. Pagie, H. Ortabozkoyun, S. Boyle, S. S. de Vries, H. Janssen, M. Amendola, L. D. Nolen, W. A. Bickmore, B. van Steensel, Cell 2013, 153, 178.
B. van Steensel, A. S. Belmont, Cell 2017, 169, 780.
A. Vivante, E. Brozgol, I. Bronshtein, V. Levi, Y. Garini, Genes, Chromosomes Cancer 2019, 58, 437.
R. S. Nozawa, L. Boteva, D. C. Soares, C. Naughton, A. R. Dun, A. Buckle, B. Ramsahoye, P. C. Bruton, R. S. Saleeb, M. Arnedo, B. Hill, R. R. Duncan, S. K. Maciver, N. Gilbert, Cell 2017, 169, 1214.
S. V. Razin, O. V. Iarovaia, Y. S. Vassetzky, Chromosoma 2014, 123, 217.
R. Berezney, M. J. Mortillaro, H. Ma, X. Wei, J. Samarabandu, Int. Rev. Cytol. 1995, 162A, 1.
N. Naetar, S. Ferraioli, R. Foisner, J. Cell Sci. 2017, 130, 2087.
C. Uhler, G. V. Shivashankar, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2017, 18, 717.
P. M. Diesinger, D. W. Heermann, Phys. Rev. E 2006, 74, 031904.
J. Langowski, Eur. Phys. J. E 2006, 19, 241.
K. Prakash, D. Fournier, Biosystems 2018, 164, 49.
M. Eltsov, K. M. Maclellan, K. Maeshima, A. S. Frangakis, J. Dubochet, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 19732.
E. Fussner, R. W. Ching, D. P. Bazett-Jones, Trends Biochem. Sci. 2011, 36, 1.
K. Maeshima, S. Hihara, M. Eltsov, Curr. Opin. Cell Biol. 2010, 22, 291.
K. Maeshima, R. Rogge, S. Tamura, Y. Joti, T. Hikima, H. Szerlong, C. Krause, J. Herman, E. Seidel, J. DeLuca, T. Ishikawa, J. C. Hansen, EMBO J. 2016, 35, 1115.
K. Maeshima, R. Imai, S. Tamura, T. Nozaki, Chromosoma 2014, 123, 225.
S. Martin, A. V. Failla, U. Spori, C. Cremer, A. Pombo, Mol. Biol. Cell 2004, 15, 2449.
D. Baddeley, V. O. Chagin, L. Schermelleh, S. Martin, A. Pombo, P. M. Carlton, A. Gahl, P. Domaing, U. Birk, H. Leonhardt, C. Cremer, M. C. Cardoso, Nucleic Acids Res. 2010, 38, e8.
R. Nagashima, K. Hibino, S. S. Ashwin, M. Babokhov, S. Fujishiro, R. Imai, T. Nozaki, S. Tamura, T. Tani, H. Kimura, M. Shribak, M. T. Kanemaki, M. Sasai, K. Maeshima, J. Cell Biol. 2019, 218, 1511.
S. M. Gorisch, M. Wachsmuth, K. F. Toth, P. Lichter, K. Rippe, J. Cell Sci. 2005, 118, 5825.
M. Wachsmuth, T. A. Knoch, K. Rippe, Epigenet. Chromatin 2016, 9, 57.
A. R. Strom, A. V. Emelyanov, M. Mir, D. V. Fyodorov, X. Darzacq, G. H. Karpen, Nature 2017, 547, 241.
M. J. Rowley, V. G. Corces, Nat. Rev. Genet. 2018, 19, 789.
H. Strickfaden, K. Missiaen, M. Hendzel, U. Underhill bioRxiv, 2019, 776625.
E. Dolgin, Nature 2018, 555, 300.
R. Imai, T. Nozaki, T. Tani, K. Kaizu, K. Hibino, S. Ide, S. Tamura, K. Takahashi, M. Shribak, K. Maeshima, Mol. Biol. Cell 2017, 28, 3349.
E. Lieberman-Aiden, N. L. van Berkum, L. Williams, M. Imakaev, T. Ragoczy, A. Telling, I. Amit, B. R. Lajoie, P. J. Sabo, M. O. Dorschner, R. Sandstrom, B. Bernstein, M. A. Bender, M. Groudine, A. Gnirke, J. Stamatoyannopoulos, L. A. Mirny, E. S. Lander, J. Dekker, Science 2009, 326, 289.
J. R. Dixon, D. U. Gorkin, B. Ren, Mol. Cell 2016, 62, 668.
Q. Szabo, D. Jost, J. M. Chang, D. I. Cattoni, G. L. Papadopoulos, B. Bonev, T. Sexton, J. Gurgo, C. Jacquier, M. Nollmann, F. Bantignies, G. Cavalli, Sci. Adv. 2018, 4, eaar8082.
M. J. Fullwood, M. H. Liu, Y. F. Pan, J. Liu, H. Xu, Y. B. Mohamed, Y. L. Orlov, S. Velkov, A. Ho, P. H. Mei, E. G. Y. Chew, P. Y. H. Huang, W.-J. Welboren, Y. Han, H. S. Ooi, P. N. Ariyaratne, V. B. Vega, Y. Luo, P. Y. Tan, P. Y. Choy, K. D. S. A. Wansa, B. Zhao, K. S. Lim, S. C. Leow, J. S. Yow, R. Joseph, H. Li, K. V. Desai, J. S. Thomsen, Y. K. Lee, R. K. M. Karuturi, T. Herve, G. Bourque, H. G. Stunnenberg, X. Ruan, V. Cacheux-Rataboul, W.-K. Sung, E. T. Liu, C.-L. Wei, E. Cheung, Y. Ruan, Nature 2009, 462, 58.
S. Fu, L. Zhang, J. Lv, B. Zhu, W. Wang, X. Wang, Semin. Cell Dev. Biol. 2019, 90, 43.
R. A. Beagrie, A. Scialdone, M. Schueler, D. C. Kraemer, M. Chotalia, S. Q. Xie, M. Barbieri, I. de Santiago, L. M. Lavitas, M. R. Branco, J. Fraser, J. Dostie, L. Game, N. Dillon, P. A. Edwards, M. Nicodemi, A. Pombo, Nature 2017, 543, 519.
J. Paulsen, T. M. L. Ali, P. Collas, Nat. Protoc. 2018, 13, 1137.
T. Cremer, M. Cremer, Cold Spring Harbor Perspect. Biol. 2010, 2, a003889.
S. S. Rao, M. H. Huntley, N. C. Durand, E. K. Stamenova, I. D. Bochkov, J. T. Robinson, A. L. Sanborn, I. Machol, A. D. Omer, E. S. Lander, E. L. Aiden, Cell 2014, 159, 1665.
B. Bintu, L. J. Mateo, J. H. Su, N. A. Sinnott-Armstrong, M. Parker, S. Kinrot, K. Yamaya, A. N. Boettiger, X. Zhuang, Science 2018, 362, eaau1783.
T. Nozaki, R. Imai, M. Tanbo, R. Nagashima, S. Tamura, T. Tani, Y. Joti, M. Tomita, K. Hibino, M. T. Kanemaki, K. S. Wendt, Y. Okada, T. Nagai, K. Maeshima, Mol. Cell 2017, 67, 282.
H. A. Shaban, R. Barth, K. Bystricky, Nucleic Acids Res. 2018, 46, e77.
R. Barth, K. Bystricky, H. A. Shaban, bioRxiv 2019, 777482.
J. Xu, Y. Liu, FEBS J. 2019, 286, 3095.
H. Bornfleth, P. Edelmann, D. Zink, T. Cremer, C. Cremer, Biophys. J. 1999, 77, 2871.
H. Ma, L. C. Tu, A. Naseri, M. Huisman, S. Zhang, D. Grunwald, T. Pederson, Nat. Biotechnol. 2016, 34, 528.
Z. Liu, R. Tjian, J. Cell Biol. 2018, 217, 1181.
S. Shao, B. Xue, Y. Sun, Biophys. J. 2018, 115, 181.
A. Regev, S. A. Teichmann, E. S. Lander, I. Amit, C. Benoist, E. Birney, B. Bodenmiller, P. Campbell, P. Carninci, M. Clatworthy, H. Clevers, B. Deplancke, I. Dunham, J. Eberwine, R. Eils, W. Enard, A. Farmer, L. Fugger, B. Gottgens, N. Hacohen, M. Haniffa, M. Hemberg, S. Kim, P. Klenerman, A. Kriegstein, E. Lein, S. Linnarsson, E. Lundberg, J. Lundeberg, P. Majumder, J. C. Marioni, M. Merad, M. Mhlanga, M. Nawijn, M. Netea, G. Nolan, D. Pe'er, A. Phillipakis, C. P. Ponting, S. Quake, W. Reik, O. Rozenblatt-Rosen, J. Sanes, R. Satija, T. N. Schumacher, A. Shalek, E. Shapiro, P. Sharma, J. W. Shin, O. Stegle, M. Stratton, M. J. T. Stubbington, F. J. Theis, M. Uhlen, A. van Oudenaarden, A. Wagner, F. Watt, J. Weissman, B. Wold, R. Xavier, N. Yosef, Human Cell Atlas meeting participants, eLife 2017, 6, e27041.
D. A. Cusanovich, A. J. Hill, D. Aghamirzaie, R. M. Daza, H. A. Pliner, J. B. Berletch, G. N. Filippova, X. Huang, L. Christiansen, W. S. DeWitt, C. Lee, S. G. Regalado, D. F. Read, F. J. Steemers, C. M. Disteche, C. Trapnell, J. Shendure, Cell 2018, 174, 1309.
B. K. Kragesteen, M. Spielmann, C. Paliou, V. Heinrich, R. Schopflin, A. Esposito, C. Annunziatella, S. Bianco, A. M. Chiariello, I. Jerkovic, I. Harabula, P. Guckelberger, M. Pechstein, L. Wittler, W. L. Chan, M. Franke, D. G. Lupianez, K. Kraft, B. Timmermann, M. Vingron, A. Visel, M. Nicodemi, S. Mundlos, G. Andrey, Nat. Genet. 2018, 50, 1463.
J. Cao, M. Spielmann, X. Qiu, X. Huang, D. M. Ibrahim, A. J. Hill, F. Zhang, S. Mundlos, L. Christiansen, F. J. Steemers, C. Trapnell, J. Shendure, Nature 2019, 566, 496.