The Molecular Tête-à-Tête between G-Quadruplexes and the i-motif in the Human Genome.
Duplex
G-Quadruplex
Genome instability
I-motif
Transcription
Journal
Chembiochem : a European journal of chemical biology
ISSN: 1439-7633
Titre abrégé: Chembiochem
Pays: Germany
ID NLM: 100937360
Informations de publication
Date de publication:
04 05 2021
04 05 2021
Historique:
revised:
16
12
2020
received:
09
10
2020
pubmed:
29
12
2020
medline:
15
12
2021
entrez:
28
12
2020
Statut:
ppublish
Résumé
G-Quadruplex (GQ) and i-motif structures are the paradigmatic examples of nonclassical tetrastranded nucleic acids having multifarious biological functions and widespread applications in therapeutics and material science. Recently, tetraplexes emerged as promising anticancer targets due to their structural robustness, gene-regulatory roles, and predominant distribution at specific loci of oncogenes. However, it is arguable whether the i-motif evolves in the complementary single-stranded region after GQ formation in its opposite strand and vice versa. In this review, we address the prerequisites and significance of the simultaneous and/or mutually exclusive formation of GQ and i-motif structures at complementary and sequential positions in duplexes in the cellular milieu. We discussed how their dynamic interplay Sets up cellular homeostasis and exacerbates carcinogenesis. The review gives insights into the spatiotemporal formation of GQ and i-motifs that could be harnessed to design different types of reporter systems and diagnostic platforms for potential bioanalytical and therapeutic intervention.
Identifiants
pubmed: 33355980
doi: 10.1002/cbic.202000703
doi:
Substances chimiques
Reactive Oxygen Species
0
Types de publication
Journal Article
Research Support, Non-U.S. Gov't
Review
Langues
eng
Sous-ensembles de citation
IM
Pagination
1517-1537Subventions
Organisme : DST-SERB
ID : EMR/2015/002186
Organisme : Bose Institute
Organisme : CSIR
ID : 09/015(0492)/2016-EMR-I
Informations de copyright
© 2020 Wiley-VCH GmbH.
Références
A. Travers, Biophys. J. 2013, 105, 2235-2237.
J. H. Parish, Biochem. Educ. 1985, 13, 92.
J. Choi, T. Majima, Chem. Soc. Rev. 2011, 40, 5893-5909.
A. Jain, G. Wang, K. M. Vasquez, Biochimie 2008, 90, 1117-1130;
G. Biffi, D. Tannahill, J. McCafferty, S. Balasubramanian, Nat. Chem. 2013, 5, 182-186;
Z. Ou, C. A. Bottoms, M. T. Henzl, J. J. Tanner, J. Mol. Biol. 2007, 374, 1029-1040;
H. Abou Assi, M. Garavis, C. Gonzalez, M. J. Damha, Nucleic Acids Res. 2018, 46, 8038-8056;
M. Zeraati, D. B. Langley, P. Schofield, A. L. Moye, R. Rouet, W. E. Hughes, T. M. Bryan, M. E. Dinger, D. Christ, Nat. Chem. 2018, 10, 631-637;
H. Y. Liu, Q. Zhao, T. P. Zhang, Y. Wu, Y. X. Xiong, S. K. Wang, Y. L. Ge, J. H. He, P. Lv, T. M. Ou, J. H. Tan, D. Li, L. Q. Gu, J. Ren, Y. Zhao, Z. S. Huang, Cell Chem. Biol. 2016, 23, 1261-1270.
S. N. a. S. Balasubramanian, Quadruplex Nucleic Acids, The Royal Society of Chemistry, 2006.
V. Brazda, L. Haronikova, J. C. Liao, M. Fojta, Int. J. Mol. Sci. 2014, 15, 17493-17517;
H. J. Kang, S. Kendrick, S. M. Hecht, L. H. Hurley, J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 4172-4185.
R. Hansel-Hertsch, M. Di Antonio, S. Balasubramanian, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2017, 18, 279-284;
A. Traczyk, C. W. Liew, D. J. Gill, D. Rhodes, Nucleic Acids Res. 2020, 48, 4562-4571.
Y. Cui, D. Kong, C. Ghimire, C. Xu, H. Mao, Biochemistry 2016, 55, 2291-2299.
S. Jonchhe, S. Pandey, T. Emura, K. Hidaka, M. A. Hossain, P. Shrestha, H. Sugiyama, M. Endo, H. Mao, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2018, 115, 9539-9544;
D. Miyoshi, S. Matsumura, S. Nakano, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 165-169;
D. Sun, L. H. Hurley, J. Med. Chem. 2009, 52, 2863-2874;
C. Sutherland, Y. Cui, H. Mao, L. H. Hurley, J. Am. Chem. Soc. 2016, 138, 14138-14151.
I. J. Kimsey, K. Petzold, B. Sathyamoorthy, Z. W. Stein, H. M. Al-Hashimi, Nature 2015, 519, 315-320;
R. W. t. Harkness, A. K. Mittermaier, Biochim. Biophys. Acta Proteins Proteomics 2017, 1865, 1544-1554.
A. T. Phan, Y. S. Modi, D. J. Patel, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8710-8716.
B. Pan, Y. Xiong, K. Shi, J. Deng, M. Sundaralingam, Structure 2003, 11, 815-823.
P. K. Patel, N. S. Bhavesh, R. V. Hosur, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 270, 967-971.
P. K. Patel, R. V. Hosur, Nucleic Acids Res. 1999, 27, 2457-2464.
M. I. Zarudnaya, I. M. Kolomiets, A. L. Potyahaylo, D. M. Hovorun, J. Biomol. Struct. Dyn. 2019, 37, 2837-2866.
R. Hansel-Hertsch, J. Spiegel, G. Marsico, D. Tannahill, S. Balasubramanian, Nat. Protoc. 2018, 13, 551-564;
V. S. Chambers, G. Marsico, J. M. Boutell, M. Di Antonio, G. P. Smith, S. Balasubramanian, Nat. Biotechnol. 2015, 33, 877-881;
Y. Hou, F. Li, R. Zhang, S. Li, H. Liu, Z. S. Qin, X. Sun, Epigenetics 2019, 14, 894-911.
A. Bedrat, L. Lacroix, J. L. Mergny, Nucleic Acids Res. 2016, 44, 1746-1759.
P. Sengupta, A. Bhattacharya, G. Sa, T. Das, S. Chatterjee, Biochemistry 2019, 58, 1975-1991.
D. Wei, G. N. Parkinson, A. P. Reszka, S. Neidle, Nucleic Acids Res. 2012, 40, 4691-4700.
T. Simonsson, Biol. Chem. 2001, 382, 621-628.
S. Burge, G. N. Parkinson, P. Hazel, A. K. Todd, S. Neidle, Nucleic Acids Res. 2006, 34, 5402-5415.
S. Cogoi, L. E. Xodo, Nucleic Acids Res. 2006, 34, 2536-2549.
V. Kuryavyi, D. J. Patel, Structure 2010, 18, 73-82.
C. K. Kwok, C. J. Merrick, Trends Biotechnol. 2017, 35, 997-1013;
E. Puig Lombardi, A. Londono-Vallejo, Nucleic Acids Res. 2020, 48, 1-15.
P. Sengupta, S. Chattopadhyay, S. Chatterjee, Drug Discovery Today 2017, 22, 1165-1186;
W. C. Huang, T. Y. Tseng, Y. T. Chen, C. C. Chang, Z. F. Wang, C. L. Wang, T. N. Hsu, P. T. Li, C. T. Chen, J. J. Lin, P. J. Lou, T. C. Chang, Nucleic Acids Res. 2015, 43, 10102-10113;
T. A. Brooks, S. Kendrick, L. Hurley, FEBS J. 2010, 277, 3459-3469.
R. Hansel-Hertsch, D. Beraldi, S. V. Lensing, G. Marsico, K. Zyner, A. Parry, M. Di Antonio, J. Pike, H. Kimura, M. Narita, D. Tannahill, S. Balasubramanian, Nat. Genet. 2016, 48, 1267-1272;
M. Di Antonio, A. Ponjavic, A. Radzevicius, R. T. Ranasinghe, M. Catalano, X. Zhang, J. Shen, L. M. Needham, S. F. Lee, D. Klenerman, S. Balasubramanian, Nat. Chem. 2020, 12(9), 832-837.
S. K. Mishra, A. Tawani, A. Mishra, A. Kumar, Sci. Rep. 2016, 6, 38144;
S. L. Cree, R. Fredericks, A. Miller, F. G. Pearce, V. Filichev, C. Fee, M. A. Kennedy, FEBS Lett. 2016, 590, 2870-2883;
N. Sabouri, Curr. Genet. 2017, 63, 621-626;
O. Mendoza, A. Bourdoncle, J. B. Boule, R. M. Brosh, Jr., J. L. Mergny, Nucleic Acids Res. 2016, 44, 1989-2006;
L. K. Lerner, J. E. Sale, Genes (Basel) 2019, 10;
M. Melko, B. Bardoni, Biochimie 2010, 92, 919-926.
P. Sengupta, N. Banerjee, T. Roychowdhury, A. Dutta, S. Chattopadhyay, S. Chatterjee, Nucleic Acids Res. 2018, 46, 9932-9950.
H. Xu, M. Di Antonio, S. McKinney, V. Mathew, B. Ho, N. J. O′Neil, N. D. Santos, J. Silvester, V. Wei, J. Garcia, F. Kabeer, D. Lai, P. Soriano, J. Banath, D. S. Chiu, D. Yap, D. D. Le, F. B. Ye, A. Zhang, K. Thu, J. Soong, S. C. Lin, A. H. Tsai, T. Osako, T. Algara, D. N. Saunders, J. Wong, J. Xian, M. B. Bally, J. D. Brenton, G. W. Brown, S. P. Shah, D. Cescon, T. W. Mak, C. Caldas, P. C. Stirling, P. Hieter, S. Balasubramanian, S. Aparicio, Nat. Commun. 2017, 8, 14432.
A. L. Lieblein, M. Kramer, A. Dreuw, B. Furtig, H. Schwalbe, Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 4067-4070;
Angew. Chem. 2012, 124, 4143-4146.
A. T. Phan, M. Gueron, J. L. Leroy, J. Mol. Biol. 2000, 299, 123-144.
S. Benabou, A. Aviñó, R. Eritja, C. González, R. Gargallo, RSC Adv. 2014, 4, 26956-26980.
S. E. Kim, I. B. Lee, C. Hyeon, S. C. Hong, J. Phys. Chem. B 2014, 118, 4753-4760;
H. A. Day, C. Huguin, Z. A. Waller, Chem. Commun. 2013, 49, 7696-7698.
S. Benabou, M. Garavis, S. Lyonnais, R. Eritja, C. Gonzalez, R. Gargallo, Phys. Chem. Chem. Phys. 2016, 18, 7997-8004.
S. P. Gurung, C. Schwarz, J. P. Hall, C. J. Cardin, J. A. Brazier, Chem. Commun. 2015, 51, 5630-5632.
E. P. Wright, J. L. Huppert, Z. A. E. Waller, Nucleic Acids Res. 2017, 45, 2951-2959;
A. M. Fleming, Y. Ding, R. A. Rogers, J. Zhu, J. Zhu, A. D. Burton, C. B. Carlisle, C. J. Burrows, J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 4682-4689.
G. Miglietta, S. Cogoi, E. B. Pedersen, L. E. Xodo, Sci. Rep. 2015, 5, 18097.
C. E. Kaiser, N. A. Van Ert, P. Agrawal, R. Chawla, D. Yang, L. H. Hurley, J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 8522-8536;
Y. P. Bhavsar-Jog, E. Van Dornshuld, T. A. Brooks, G. S. Tschumper, R. M. Wadkins, Biochemistry 2014, 53, 1586-1594.
M. H. Kaulage, S. Bhattacharya, K. Muniyappa, ChemBioChem 2018, 19, 1078-1087.
M. Garavis, N. Escaja, V. Gabelica, A. Villasante, C. Gonzalez, Chem. Eur. J. 2015, 21, 9816-9824.
S. Takahashi, J. A. Brazier, N. Sugimoto, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2017, 114, 9605-9610.
S. Sedghi Masoud, K. Nagasawa, Chem. Pharm. Bull. 2018, 66, 1091-1103;
H. A. Day, P. Pavlou, Z. A. Waller, Bioorg. Med. Chem. 2014, 22, 4407-4418;
J. Amato, N. Iaccarino, A. Randazzo, E. Novellino, B. Pagano, ChemMedChem 2014, 9, 2026-2030.
M. Debnath, K. Fatma, J. Dash, Angew. Chem. Int. Ed. 2019, 58, 2942-2957;
J. L. Mergny, D. Sen, Chem. Rev. 2019, 119, 6290-6325.
S. Kendrick, H. J. Kang, M. P. Alam, M. M. Madathil, P. Agrawal, V. Gokhale, D. Yang, S. M. Hecht, L. H. Hurley, J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 4161-4171.
S. Dhakal, Z. Yu, R. Konik, Y. Cui, D. Koirala, H. Mao, Biophys. J. 2012, 102, 2575-2584.
K. D. Warner, M. C. Chen, W. Song, R. L. Strack, A. Thorn, S. R. Jaffrey, A. R. Ferre-D′Amare, Nat. Struct. Mol. Biol. 2014, 21, 658-663.
X. Ji, J. Humenik, D. Yang, S. A. Liebhaber, Nucleic Acids Res. 2018, 46, 2030-2044.
L. Lacroix, H. Lienard, E. Labourier, M. Djavaheri-Mergny, J. Lacoste, H. Leffers, J. Tazi, C. Hélène, J. L. Mergny, Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1564-1575.
L. D. Laury-Kleintop, M. Tresini, O. Hammond, J. Cell. Biochem. 2005, 95, 1042-1056.
A. Prakash, A. Natarajan, L. A. Marky, M. M. Ouellette, G. E. Borgstahl, J. Nucleic Acids 2011, 2011, 896947;
R. L. Flynn, S. Chang, L. Zou, Cell Cycle 2012, 11, 652-657;
M. A. Chaudhry, L. A. Chodosh, W. G. McKenna, R. J. Muschel, Oncogene 2002, 21, 1934-1942.
S. A. Juranek, K. Paeschke, Curr. Pharm. Des. 2012, 18, 1867-1872.
O. Bogdanovic, G. J. Veenstra, Chromosoma 2009, 118, 549-565.
F. Raguseo, S. Chowdhury, A. Minard, M. Di Antonio, Chem. Commun. 2020, 56, 1317-1324;
A. J. Stevens, S. Stuffrein-Roberts, S. L. Cree, A. Gibb, A. L. Miller, K. Doudney, A. Aitchison, M. R. Eccles, P. R. Joyce, V. V. Filichev, M. A. Kennedy, PLoS One 2014, 9, e113955;
W. Yoshida, H. Yoshioka, D. H. Bay, K. Iida, K. Ikebukuro, K. Nagasawa, I. Karube, Anal. Chem. 2016, 88, 7101-7107.
L. M. Hellman, T. J. Spear, C. J. Koontz, M. Melikishvili, M. G. Fried, Nucleic Acids Res. 2014, 42, 9781-9791.
K. Tsukakoshi, S. Saito, W. Yoshida, S. Goto, K. Ikebukuro, Molecules 2018, 23.
B. Xu, G. Devi, F. Shao, Org. Biomol. Chem. 2015, 13, 5646-5651.
J. M. Vargason, P. S. Ho, J. Biol. Chem. 2002, 277, 21041-21049.
J. Lin, J. Q. Hou, H. D. Xiang, Y. Y. Yan, Y. C. Gu, J. H. Tan, D. Li, L. Q. Gu, T. M. Ou, Z. S. Huang, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2013, 433, 368-373.
B. Zamiri, M. Mirceta, K. Bomsztyk, R. B. Macgregor, Jr., C. E. Pearson, Nucleic Acids Res. 2015, 43, 10055-10064.
S. Q. Mao, A. T. Ghanbarian, J. Spiegel, S. Martinez Cuesta, D. Beraldi, M. Di Antonio, G. Marsico, R. Hansel-Hertsch, D. Tannahill, S. Balasubramanian, Nat. Struct. Mol. Biol. 2018, 25, 951-957.
R. K. Morgan, M. M. Molnar, H. Batra, B. Summerford, R. M. Wadkins, T. A. Brooks, J. Nucleic Acids 2018, 2018, 9281286.
F. Kouzine, A. Gupta, L. Baranello, D. Wojtowicz, K. Ben-Aissa, J. Liu, T. M. Przytycka, D. Levens, Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20, 396-403;
C. Naughton, N. Avlonitis, S. Corless, J. G. Prendergast, I. K. Mati, P. P. Eijk, S. L. Cockroft, M. Bradley, B. Ylstra, N. Gilbert, Nat. Struct. Mol. Biol. 2013, 20, 387-395;
S. S. Teves, S. Henikoff, Nat. Struct. Mol. Biol. 2014, 21, 88-94.
J. Gowrishankar, J. K. Leela, K. Anupama, Transcription 2013, 4, 153-157;
A. Aguilera, T. Garcia-Muse, Mol. Cell 2012, 46, 115-124;
R. Stolz, S. Sulthana, S. R. Hartono, M. Malig, C. J. Benham, F. Chedin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2019, 116, 6260-6269.
K. W. Zheng, Y. D. He, H. H. Liu, X. M. Li, Y. H. Hao, Z. Tan, ACS Chem. Biol. 2017, 12, 2609-2618.
B. Lv, D. Li, H. Zhang, J. Y. Lee, T. Li, Chem. Commun. 2013, 49, 8317-8319;
S. Selvam, D. Koirala, Z. Yu, H. Mao, J. Am. Chem. Soc. 2014, 136, 13967-13970;
D. A. T. Sekibo, K. R. Fox, Nucleic Acids Res. 2017, 45, 12069-12079.
M. I. Onyshchenko, T. I. Gaynutdinov, E. A. Englund, D. H. Appella, R. D. Neumann, I. G. Panyutin, Nucleic Acids Res. 2009, 37, 7570-7580.
M. I. Onyshchenko, T. I. Gaynutdinov, E. A. Englund, D. H. Appella, R. D. Neumann, I. G. Panyutin, Nucleic Acids Res. 2011, 39, 7114-7123.
V. Pastukh, J. T. Roberts, D. W. Clark, G. C. Bardwell, M. Patel, A. B. Al-Mehdi, G. M. Borchert, M. N. Gillespie, Am. J. Physiol. Lung Cell. Mol. Physiol. 2015, 309, L1367-1375;
Y. Ding, A. M. Fleming, C. J. Burrows, J. Am. Chem. Soc. 2017, 139, 2569-2572;
M. Ohno, T. Miura, M. Furuichi, Y. Tominaga, D. Tsuchimoto, K. Sakumi, Y. Nakabeppu, Genome Res. 2006, 16, 567-575.
A. M. Fleming, C. J. Burrows, Chem. Res. Toxicol. 2013, 26, 593-607.
K. A. Friedman, A. Heller, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2368-2371;
S. Amente, G. Di Palo, G. Scala, T. Castrignano, F. Gorini, S. Cocozza, A. Moresano, P. Pucci, B. Ma, I. Stepanov, L. Lania, P. G. Pelicci, G. I. Dellino, B. Majello, Nucleic Acids Res. 2019, 47, 221-236;
D. W. Clark, T. Phang, M. G. Edwards, M. W. Geraci, M. N. Gillespie, Free Radical Biol. Med. 2012, 53, 51-59.
I. Saito, T. Nakamura, K. Nakatani, Y. Yoshioka, K. Yamaguchi, H. Sugiyama, J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12686-12687;
J. C. Genereux, J. K. Barton, Chem. Rev. 2010, 110, 1642-1662;
A. R. Arnold, M. A. Grodick, J. K. Barton, Cell Chem. Biol. 2016, 23, 183-197.
W. Luo, J. G. Muller, E. M. Rachlin, C. J. Burrows, Org. Lett. 2000, 2, 613-616;
W. Luo, J. G. Muller, E. M. Rachlin, C. J. Burrows, Chem. Res. Toxicol. 2001, 14, 927-938;
C. M. Gedik, A. Collins, Escodd, FASEB J. 2005, 19, 82-84;
B. Matter, D. Malejka-Giganti, A. S. Csallany, N. Tretyakova, Nucleic Acids Res. 2006, 34, 5449-5460.
C. J. Lech, J. K. Cheow Lim, J. M. Wen Lim, S. Amrane, B. Heddi, A. T. Phan, Biophys. J. 2011, 101, 1987-1998;
M. Vorlickova, M. Tomasko, A. J. Sagi, K. Bednarova, J. Sagi, FEBS J. 2012, 279, 29-39.
A. M. Fleming, J. Zhou, S. S. Wallace, C. J. Burrows, ACS Cent. Sci. 2015, 1, 226-233;
S. Cogoi, A. Ferino, G. Miglietta, E. B. Pedersen, L. E. Xodo, Nucleic Acids Res. 2018, 46, 661-676;
N. An, A. M. Fleming, C. J. Burrows, ACS Chem. Biol. 2016, 11, 500-507.
C. Broxson, J. N. Hayner, J. Beckett, L. B. Bloom, S. Tornaletti, Nucleic Acids Res. 2014, 42, 7708-7719;
A. M. Fleming, J. Zhu, S. A. Howpay Manage, C. J. Burrows, J. Am. Chem. Soc. 2019, 141, 11036-11049.
B. Perillo, M. N. Ombra, A. Bertoni, C. Cuozzo, S. Sacchetti, A. Sasso, L. Chiariotti, A. Malorni, C. Abbondanza, E. V. Avvedimento, Science 2008, 319, 202-206;
C. A. Austin, K. C. Lee, R. L. Swan, M. M. Khazeem, C. M. Manville, P. Cridland, A. Treumann, A. Porter, N. J. Morris, I. G. Cowell, Int. J. Mol. Sci. 2018, 19.
A. M. Fleming, J. Zhu, Y. Ding, C. J. Burrows, ACS Chem. Biol. 2017, 12, 2417-2426.
H. X. Zhou, G. Rivas, A. P. Minton, Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 375-397.
W. Li, X. M. Hou, P. Y. Wang, X. G. Xi, M. Li, J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 6423-6426.
P. Shrestha, S. Jonchhe, T. Emura, K. Hidaka, M. Endo, H. Sugiyama, H. Mao, Nat. Nanotechnol. 2017, 12, 582-588.
M. Beck, V. Lucic, F. Forster, W. Baumeister, O. Medalia, Nature 2007, 449, 611-615;
O. Medalia, I. Weber, A. S. Frangakis, D. Nicastro, G. Gerisch, W. Baumeister, Science 2002, 298, 1209-1213.
S. Nakano, D. Miyoshi, N. Sugimoto, Chem. Rev. 2014, 114, 2733-2758.
J. Hong, M. W. Capp, R. M. Saecker, M. T. Record, Jr., Biochemistry 2005, 44, 16896-16911;
A. C. Miklos, C. Li, N. G. Sharaf, G. J. Pielak, Biochemistry 2010, 49, 6984-6991.
T. Fujimoto, S. Nakano, D. Miyoshi, N. Sugimoto, J. Nucleic Acids 2011, 2011, 857149;
S. Nakano, H. Karimata, T. Ohmichi, J. Kawakami, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14330-14331;
D. Miyoshi, H. Karimata, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7957-7963;
D. Miyoshi, K. Nakamura, H. Tateishi-Karimata, T. Ohmichi, N. Sugimoto, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 3522-3531;
M. C. Miller, R. Buscaglia, J. B. Chaires, A. N. Lane, J. O. Trent, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 17105-17107;
A. Arora, S. Maiti, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 8784-8792.
A. Verdian Doghaei, M. R. Housaindokht, M. R. Bozorgmehr, J. Theor. Biol. 2015, 364, 103-112;
D. Miyoshi, A. Nakao, N. Sugimoto, Biochemistry 2002, 41, 15017-15024;
Y. Xue, Z. Y. Kan, Q. Wang, Y. Yao, J. Liu, Y. H. Hao, Z. Tan, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 11185-11191;
J. Zhou, C. Wei, G. Jia, X. Wang, Q. Tang, Z. Feng, C. Li, Biophys. Chem. 2008, 136, 124-127;
L. Xu, S. Feng, X. Zhou, Chem. Commun. 2011, 47, 3517-3519.
D. Miyoshi, T. Fujimoto, N. Sugimoto, Top. Curr. Chem. 2013, 330, 87-110.
A. T. Phan, J. L. Mergny, Nucleic Acids Res. 2002, 30, 4618-4625.
W. Li, P. Wu, T. Ohmichi, N. Sugimoto, FEBS Lett. 2002, 526, 77-81;
W. Li, D. Miyoshi, S. Nakano, N. Sugimoto, Biochemistry 2003, 42, 11736-11744.
M. Del Toro, P. Bucek, A. Avino, J. Jaumot, C. Gonzalez, R. Eritja, R. Gargallo, Biochimie 2009, 91, 894-902.
P. Bucek, J. Jaumot, A. Avino, R. Eritja, R. Gargallo, Chem. Eur. J. 2009, 15, 12663-12671.
K. Halder, V. Mathur, D. Chugh, A. Verma, S. Chowdhury, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2005, 327, 49-56.
S. Benabou, R. Ferreira, A. Avino, C. Gonzalez, S. Lyonnais, M. Sola, R. Eritja, J. Jaumot, R. Gargallo, Biochim. Biophys. Acta 2014, 1840, 41-52.
O. Mendoza, J. Elezgaray, J. L. Mergny, Biochimie 2015, 118, 225-233.
H. T. Lee, C. M. Olsen, L. Waters, H. Sukup, L. A. Marky, Biochimie 2008, 90, 1052-1063.
S. L. Konig, J. L. Huppert, R. K. Sigel, A. C. Evans, Nucleic Acids Res. 2013, 41, 7453-7461.
C. Shan, J. Lin, J. Q. Hou, H. Y. Liu, S. B. Chen, A. C. Chen, T. M. Ou, J. H. Tan, D. Li, L. Q. Gu, Z. S. Huang, Nucleic Acids Res. 2015, 43, 6677-6691;
S. Asamitsu, S. Obata, Z. Yu, T. Bando, H. Sugiyama, Molecules 2019, 24;
P. M. Bruno, M. Lu, K. A. Dennis, H. Inam, C. J. Moore, J. Sheehe, S. J. Elledge, M. T. Hemann, J. R. Pritchard, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2020, 117, 4053-4060.
S. J. Chen, Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 197-214.
M. K. Hailer-Morrison, J. M. Kotler, B. D. Martin, K. D. Sugden, Biochemistry 2003, 42, 9761-9770.
S. P. Moore, K. J. Toomire, P. R. Strauss, DNA Repair 2013, 12, 1152-1158.
V. Valinluck, H. H. Tsai, D. K. Rogstad, A. Burdzy, A. Bird, L. C. Sowers, Nucleic Acids Res. 2004, 32, 4100-4108.
T. Pfaffeneder, F. Spada, M. Wagner, C. Brandmayr, S. K. Laube, D. Eisen, M. Truss, J. Steinbacher, B. Hackner, O. Kotljarova, D. Schuermann, S. Michalakis, O. Kosmatchev, S. Schiesser, B. Steigenberger, N. Raddaoui, G. Kashiwazaki, U. Muller, C. G. Spruijt, M. Vermeulen, H. Leonhardt, P. Schar, M. Muller, T. Carell, Nat. Chem. Biol. 2014, 10, 574-581.
A. M. Fleming, Y. Ding, C. J. Burrows, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2017, 114, 2604-2609.
T. Carell, M. Q. Kurz, M. Muller, M. Rossa, F. Spada, Angew. Chem. Int. Ed. 2018, 57, 4296-4312;
Angew. Chem. 2018, 130, 4377-4394.
J. Zhou, S. Amrane, D. N. Korkut, A. Bourdoncle, H. Z. He, D. L. Ma, J. L. Mergny, Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 7742-7746;
Angew. Chem. 2013, 125, 7896-7900.
K. Cao, P. Ryvkin, F. B. Johnson, Methods 2012, 57, 3-10.
J. Qiu, J. Liu, S. Chen, T. M. Ou, J. H. Tan, L. Q. Gu, Z. S. Huang, D. Li, Org. Lett. 2015, 17, 4584-4587.
M. Chiacchiaretta, S. Latifi, M. Bramini, M. Fadda, A. Fassio, F. Benfenati, F. Cesca, J. Cell Sci. 2017, 130, 1435-1449.
S. Saxena, S. Joshi, J. Shankaraswamy, S. Tyagi, S. Kukreti, Biopolymers 2017, 107;
S. Benabou, S. Mazzini, A. Avino, R. Eritja, R. Gargallo, Sci. Rep. 2019, 9, 15807.
A. Bugaut, P. Murat, S. Balasubramanian, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 19953-19956;
I.-R. Lee, H.-Y. Hsu, J.-Y. Wu, Biophys. J. 2016, 110, 635a.
M. Subramanian, F. Rage, R. Tabet, E. Flatter, J. L. Mandel, H. Moine, EMBO Rep. 2011, 12, 697-704;
S. Miller, M. Yasuda, J. K. Coats, Y. Jones, M. E. Martone, M. Mayford, Neuron 2002, 36, 507-519;
J. A. Imperatore, D. S. McAninch, A. N. Valdez-Sinon, G. J. Bassell, M. R. Mihailescu, Front. Mol. Biosci. 2020, 7, 6;
S. Asamitsu, M. Takeuchi, S. Ikenoshita, Y. Imai, H. Kashiwagi, N. Shioda, Int. J. Mol. Sci. 2019, 20;
J. F. Moruno-Manchon, E. C. Koellhoffer, J. Gopakumar, S. Hambarde, N. Kim, L. D. McCullough, A. S. Tsvetkov, Aging 2017, 9, 1957-1970.
R. Simone, P. Fratta, S. Neidle, G. N. Parkinson, A. M. Isaacs, FEBS Lett. 2015, 589, 1653-1668.
X. Xu, Oncotarget 2015, 6, 13922-13932;
J. P. Meadows, M. C. Guzman-Karlsson, S. Phillips, J. A. Brown, S. K. Strange, J. D. Sweatt, J. J. Hablitz, Sci. Signaling 2016, 9, ra83;
R. Lister, E. A. Mukamel, J. R. Nery, M. Urich, C. A. Puddifoot, N. D. Johnson, J. Lucero, Y. Huang, A. J. Dwork, M. D. Schultz, M. Yu, J. Tonti-Filippini, H. Heyn, S. Hu, J. C. Wu, A. Rao, M. Esteller, C. He, F. G. Haghighi, T. J. Sejnowski, M. M. Behrens, J. R. Ecker, Science 2013, 341, 1237905.
A. M. Mabb, P. H. Kullmann, M. A. Twomey, J. Miriyala, B. D. Philpot, M. J. Zylka, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2014, 111, 17290-17295;
Y. Su, G. L. Ming, H. Song, Cell Res. 2015, 25, 993-994.
T. Lu, Y. Pan, S. Y. Kao, C. Li, I. Kohane, J. Chan, B. A. Yankner, Nature 2004, 429, 883-891.
G. H. Diering, M. Numata, Front. Plant Physiol. 2014, 4, 412.
M. Falabella, J. E. Kolesar, C. Wallace, D. de Jesus, L. Sun, Y. V. Taguchi, C. Wang, T. Wang, I. M. Xiang, J. K. Alder, R. Maheshan, W. Horne, J. Turek-Herman, P. J. Pagano, C. M. St Croix, N. Sondheimer, L. A. Yatsunyk, F. B. Johnson, B. A. Kaufman, Sci. Rep. 2019, 9, 5605.
J. Choi, S. Kim, T. Tachikawa, M. Fujitsuka, T. Majima, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 16146-16153.
E. P. Booy, R. Howard, O. Marushchak, E. O. Ariyo, M. Meier, S. K. Novakowski, S. R. Deo, E. Dzananovic, J. Stetefeld, S. A. McKenna, Nucleic Acids Res. 2014, 42, 3346-3361;
S. Rouleau, J. S. Glouzon, A. Brumwell, M. Bisaillon, J. P. Perreault, RNA 2017, 23, 1172-1179;
H. H. Woo, T. Baker, C. Laszlo, S. K. Chambers, Mol. Cell. Proteomics 2013, 12, 1661-1677;
C. Liu, W. A. Rennie, C. S. Carmack, S. Kanoria, J. Cheng, J. Lu, Y. Ding, Nucleic Acids Res. 2014, 42, 9543-9552;
D. Long, R. Lee, P. Williams, C. Y. Chan, V. Ambros, Y. Ding, Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 14, 287-294.
G. Mirihana Arachchilage, A. C. Dassanayake, S. Basu, Chem. Biol. 2015, 22, 262-272.
S. G. Rouleau, J. M. Garant, F. Bolduc, M. Bisaillon, J. P. Perreault, RNA Biol. 2018, 15, 198-206;
S. Pandey, P. Agarwala, G. G. Jayaraj, R. Gargallo, S. Maiti, Biochemistry 2015, 54, 7067-7078;
V. A. Bobrov, S. N. Polivoda, Kardiologiya 1992, 32, 42-44.
Z. Zhang, J. Zou, G. K. Wang, J. T. Zhang, S. Huang, Y. W. Qin, Q. Jing, Nucleic Acids Res. 2011, 39, 4387-4395;
V. Negi, D. Paul, S. Das, P. Bajpai, S. Singh, A. Mukhopadhyay, A. Agrawal, B. Ghosh, Nucleic Acids Res. 2015, 43, 8057-8065.
M. Cheray, A. Etcheverry, C. Jacques, R. Pacaud, G. Bougras-Cartron, M. Aubry, F. Denoual, P. Peterlongo, A. Nadaradjane, J. Briand, F. Akcha, D. Heymann, F. M. Vallette, J. Mosser, B. Ory, P. F. Cartron, Mol. Cancer 2020, 19, 36.
J. Li, Z. Yang, B. Yu, J. Liu, X. Chen, Curr. Biol. 2005, 15, 1501-1507.
N. R. Gough, Sci. Signaling 2010, 3, ec71-ec71.
C. Niehrs, B. Luke, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2020, 21, 167-178.
J. Nadel, R. Athanasiadou, C. Lemetre, N. A. Wijetunga, O. B. P. H. Sato, Z. Zhang, J. Jeddeloh, C. Montagna, A. Golden, C. Seoighe, J. M. Greally, Epigenet. Chromatin 2015, 8, 46.
V. A. Kuznetsov, V. Bondarenko, T. Wongsurawat, S. P. Yenamandra, P. Jenjaroenpun, Nucleic Acids Res. 2018, 46, 7566-7585.
K. Arab, E. Karaulanov, M. Musheev, P. Trnka, A. Schafer, I. Grummt, C. Niehrs, Nat. Genet. 2019, 51, 217-223;
C. Grunseich, I. X. Wang, J. A. Watts, J. T. Burdick, R. D. Guber, Z. Zhu, A. Bruzel, T. Lanman, K. Chen, A. B. Schindler, N. Edwards, A. Ray-Chaudhury, J. Yao, T. Lehky, G. Piszczek, B. Crain, K. H. Fischbeck, V. G. Cheung, Mol. Cell 2018, 69, 426-437 e427.
H. Gaillard, A. Aguilera, Annu. Rev. Biochem. 2016, 85, 291-317.
D. Li, P. Peng, Z. Yang, B. Lv, RSC Adv. 2019, 9, 26248-26251;
I. G. Panyutin, O. I. Kovalsky, E. I. Budowsky, Nucleic Acids Res. 1989, 17, 8257-8271;
B. Lv, D. Li, H. Zhang, J. Y. Lee, T. Li, Chem. Commun. 2013, 49, 8317-8319;
D. Li, Z. Yang, Y. Long, G. Zhao, B. Lv, S. Hiew, M. T. T. Ng, J. Guo, H. Tan, H. Zhang, W. Yuan, H. Su, T. Li, Chem. Commun. 2011, 47, 10695-10697.
P. M. Sabale, A. A. Tanpure, S. G. Srivatsan, Org. Biomol. Chem. 2018, 16, 4141-4150.
S. Jonchhe, P. Shrestha, K. Ascencio, H. Mao, Anal. Chem. 2018, 90, 3205-3210.
H. Abou Assi, R. El-Khoury, C. Gonzalez, M. J. Damha, Nucleic Acids Res. 2017, 45, 11535-11546.
S. Selvam, S. Mandal, H. Mao, Biochemistry 2017, 56, 4616-4625.
M. Endo, X. Xing, X. Zhou, T. Emura, K. Hidaka, B. Tuesuwan, H. Sugiyama, ACS Nano 2015, 9, 9922-9929.
E. N. Nikolova, G. B. Goh, C. L. Brooks, 3rd, H. M. Al-Hashimi, J. Am. Chem. Soc. 2013, 135, 6766-6769;
E. N. Nikolova, E. Kim, A. A. Wise, P. J. O′Brien, I. Andricioaei, H. M. Al-Hashimi, Nature 2011, 470, 498-502.
M. R. Baranowski, M. Warminski, J. Jemielity, J. Kowalska, Nucleic Acids Res. 2020.
K. Guo, A. Pourpak, K. Beetz-Rogers, V. Gokhale, D. Sun, L. H. Hurley, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10220-10228.
T. Panczyk, P. Wojton, P. Wolski, Biophys. Chem. 2019, 250, 106173.
T. Panczyk, P. Wojton, P. Wolski, Int. J. Mol. Sci. 2020, 21, 1925.
A. Pagano, N. Iaccarino, M. A. S. Abdelhamid, D. Brancaccio, E. U. Garzarella, A. Di Porzio, E. Novellino, Z. A. E. Waller, B. Pagano, J. Amato, A. Randazzo, Front. Chem. 2018, 6, 281.
J. H. Guo, D. M. Kong, H. X. Shen, Biosens. Bioelectron. 2010, 26, 327-332;
J. J. Alba, A. Sadurni, R. Gargallo, Crit. Rev. Anal. Chem. 2016, 46, 443-454;
Y. Guo, L. Xu, S. Hong, Q. Sun, W. Yao, R. Pei, Analyst 2016, 141, 6481-6489;
Y. Shi, H. Sun, J. Xiang, H. Chen, Q. Yang, A. Guan, Q. Li, L. Yu, Y. Tang, Chem. Commun. 2014, 50, 15385-15388;
H. Z. He, D. S. Chan, C. H. Leung, D. L. Ma, Nucleic Acids Res. 2013, 41, 4345-4359.
J. L. Neo, K. Kamaladasan, M. Uttamchandani, Curr. Pharm. Des. 2012, 18, 2048-2057.
A. M. Chiorcea-Paquim, R. Eritja, A. M. Oliveira-Brett, J. Nucleic Acids 2018, 2018, 5307106.
M. Kovacic, P. Podbevsek, H. Tateishi-Karimata, S. Takahashi, N. Sugimoto, J. Plavec, Nucleic Acids Res. 2020, 48, 3975-3986.
M. Wang, G. Zhang, D. Zhang, Chem. Commun. 2015, 51, 3812-3815;
Y. Peng, X. Wang, Y. Xiao, L. Feng, C. Zhao, J. Ren, X. Qu, J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13813-13818.
J. Sharma, R. Chhabra, H. Yan, Y. Liu, Chem. Commun. 2007, 477-479.
A. Dembska, Anal. Chim. Acta 2016, 930, 1-12.
Y. Mao, D. Liu, S. Wang, S. Luo, W. Wang, Y. Yang, Q. Ouyang, L. Jiang, Nucleic Acids Res. 2007, 35, e33.
Y. Dong, Z. Yang, D. Liu, Acc. Chem. Res. 2014, 47, 1853-1860.
S. Shimron, N. Magen, J. Elbaz, I. Willner, Chem. Commun. 2011, 47, 8787-8789.
T. Li, D. Ackermann, A. M. Hall, M. Famulok, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 3508-3516.
T. Li, F. Lohmann, M. Famulok, Nat. Commun. 2014, 5, 4940.
L. Zhang, S. Kasif, C. R. Cantor, N. E. Broude, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 16855-16860.