Importance of timely metadata curation to the global surveillance of genetic diversity.

Humans Conservation of Natural Resources Metadata Biodiversity Probability Genetic Variation

Convenio sobre la Diversidad Biológica Convention on Biological Diversity biodiversidad biodiversity conservation genetics datos abiertos digital sequence information diversidad genética ecología molecular evolución evolution genetic diversity información de secuencia digital metadata metadatos molecular ecology open data 《生物多样性公约》保护遗传学元数据分子生态学开放数据数字序列信息演化遗传多样性

Journal

Conservation biology : the journal of the Society for Conservation Biology

ISSN: 1523-1739

Titre abrégé: Conserv Biol

Pays: United States

ID NLM: 9882301

Informations de publication

Date de publication:
08 2023

Historique:

revised: 27 12 2022

received: 09 11 2022

accepted: 07 01 2023

medline: 31 7 2023

pubmed: 28 1 2023

entrez: 27 1 2023

Statut: ppublish

Résumé

Genetic diversity within species represents a fundamental yet underappreciated level of biodiversity. Because genetic diversity can indicate species resilience to changing climate, its measurement is relevant to many national and global conservation policy targets. Many studies produce large amounts of genome-scale genetic diversity data for wild populations, but most (87%) do not include the associated spatial and temporal metadata necessary for them to be reused in monitoring programs or for acknowledging the sovereignty of nations or Indigenous peoples. We undertook a distributed datathon to quantify the availability of these missing metadata and to test the hypothesis that their availability decays with time. We also worked to remediate missing metadata by extracting them from associated published papers, online repositories, and direct communication with authors. Starting with 848 candidate genomic data sets (reduced representation and whole genome) from the International Nucleotide Sequence Database Collaboration, we determined that 561 contained mostly samples from wild populations. We successfully restored spatiotemporal metadata for 78% of these 561 data sets (n = 440 data sets with data on 45,105 individuals from 762 species in 17 phyla). Examining papers and online repositories was much more fruitful than contacting 351 authors, who replied to our email requests 45% of the time. Overall, 23% of our email queries to authors unearthed useful metadata. The probability of retrieving spatiotemporal metadata declined significantly as age of the data set increased. There was a 13.5% yearly decrease in metadata associated with published papers or online repositories and up to a 22% yearly decrease in metadata that were only available from authors. This rapid decay in metadata availability, mirrored in studies of other types of biological data, should motivate swift updates to data-sharing policies and researcher practices to ensure that the valuable context provided by metadata is not lost to conservation science forever. Importancia de la curación oportuna de metadatos para la vigilancia mundial de la diversidad genética Resumen La diversidad genética intraespecífica representa un nivel fundamental, pero a la vez subvalorado de la biodiversidad. La diversidad genética puede indicar la resiliencia de una especie ante el clima cambiante, por lo que su medición es relevante para muchos objetivos de la política de conservación mundial y nacional. Muchos estudios producen una gran cantidad de datos sobre la diversidad a nivel genético de las poblaciones silvestres, aunque la mayoría (87%) no incluye los metadatos espaciales y temporales asociados para que sean reutilizados en los programas de monitoreo o para reconocer la soberanía de las naciones o los pueblos indígenas. Realizamos un “datatón” distribuido para cuantificar la disponibilidad de estos metadatos faltantes y para probar la hipótesis que supone que esta disponibilidad se deteriora con el tiempo. También trabajamos para reparar los metadatos faltantes al extraerlos de los artículos asociados publicados, los repositorios en línea y la comunicación directa con los autores. Iniciamos con 838 candidatos de conjuntos de datos genómicos (representación reducida y genoma completo) tomados de la colaboración internacional para la base de datos de secuencias de nucleótidos y determinamos que 561 incluían en su mayoría muestras tomadas de poblaciones silvestres. Restauramos con éxito los metadatos espaciotemporales en el 78% de estos 561 conjuntos de datos (n = 440 conjuntos de datos con información sobre 45,105 individuos de 762 especies en 17 filos). El análisis de los artículos y los repositorios virtuales fue mucho más productivo que contactar a los 351 autores, quienes tuvieron un 45% de respuesta a nuestros correos. En general, el 23% de nuestras consultas descubrieron metadatos útiles. La probabilidad de recuperar metadatos espaciotemporales declinó de manera significativa conforme incrementó la antigüedad del conjunto de datos. Hubo una disminución anual del 13.5% en los metadatos asociados con los artículos publicados y los repositorios virtuales y hasta una disminución anual del 22% en los metadatos que sólo estaban disponibles mediante la comunicación con los autores. Este rápido deterioro en la disponibilidad de los metadatos, duplicado en estudios de otros tipos de datos biológicos, debería motivar la pronta actualización de las políticas del intercambio de datos y las prácticas de los investigadores para asegurar que en las ciencias de la conservación no se pierda para siempre el contexto valioso proporcionado por los metadatos. 物种内的遗传多样性代表了生物多样性的一个基本水平, 但却没有得到重视。遗传多样性可以反映物种面对气候变化的恢复力, 因此遗传多样性的测量被纳入了许多国家和全球保护政策目标。许多研究产生了大量野生种群基因组水平的遗传多样性数据, 但大多(87%)不包括相关的空间和时间元数据, 而这是在监测项目中重新使用这些遗传多样性数据或是明确数据所属国家或原住民主权所必需的。本研究进行了一次分散式的数据马拉松, 以量化这些缺失元数据的可用性, 并检验了其可用性随时间衰减的假设。我们还通过相关发表的论文、在线资源库以及与作者直接沟通来获取这些元数据, 以努力补齐缺失的元数据。我们从国际核苷酸序列数据库合作联盟的848个候选基因组数据集(简化基因组和全基因组)出发, 确定了561个数据集主要包含来自野生种群的样本。我们成功地恢复了其中78%的数据集的时空元数据(440个数据集, 包括17个门、762个物种的45,105个个体的数据)。我们发现, 检查论文和在线资源库比直接联系作者更高效, 我们联系的351位作者有45%回复了我们的电子邮件请求。在与作者的电子邮件通信中, 总计23%的情况下获得了有用的元数据。随着数据集发表时间的增加, 检索得到时空元数据的概率明显下降。从发表论文或在线资源库中获得的元数据年均减少13.5%, 而通过作者获得的元数据则年均减少高达22%。这种元数据可用性的快速下降也反映在对其他类型生物数据的研究中, 表明数据共享政策和研究者实践应迅速更新, 以确保元数据所提供的珍贵背景信息不会永远消失在保护科学中。【翻译:胡怡思;审校:聂永刚】.

Autres résumés

Type: Publisher (spa)

Importancia de la curación oportuna de metadatos para la vigilancia mundial de la diversidad genética Resumen La diversidad genética intraespecífica representa un nivel fundamental, pero a la vez subvalorado de la biodiversidad. La diversidad genética puede indicar la resiliencia de una especie ante el clima cambiante, por lo que su medición es relevante para muchos objetivos de la política de conservación mundial y nacional. Muchos estudios producen una gran cantidad de datos sobre la diversidad a nivel genético de las poblaciones silvestres, aunque la mayoría (87%) no incluye los metadatos espaciales y temporales asociados para que sean reutilizados en los programas de monitoreo o para reconocer la soberanía de las naciones o los pueblos indígenas. Realizamos un “datatón” distribuido para cuantificar la disponibilidad de estos metadatos faltantes y para probar la hipótesis que supone que esta disponibilidad se deteriora con el tiempo. También trabajamos para reparar los metadatos faltantes al extraerlos de los artículos asociados publicados, los repositorios en línea y la comunicación directa con los autores. Iniciamos con 838 candidatos de conjuntos de datos genómicos (representación reducida y genoma completo) tomados de la colaboración internacional para la base de datos de secuencias de nucleótidos y determinamos que 561 incluían en su mayoría muestras tomadas de poblaciones silvestres. Restauramos con éxito los metadatos espaciotemporales en el 78% de estos 561 conjuntos de datos (n = 440 conjuntos de datos con información sobre 45,105 individuos de 762 especies en 17 filos). El análisis de los artículos y los repositorios virtuales fue mucho más productivo que contactar a los 351 autores, quienes tuvieron un 45% de respuesta a nuestros correos. En general, el 23% de nuestras consultas descubrieron metadatos útiles. La probabilidad de recuperar metadatos espaciotemporales declinó de manera significativa conforme incrementó la antigüedad del conjunto de datos. Hubo una disminución anual del 13.5% en los metadatos asociados con los artículos publicados y los repositorios virtuales y hasta una disminución anual del 22% en los metadatos que sólo estaban disponibles mediante la comunicación con los autores. Este rápido deterioro en la disponibilidad de los metadatos, duplicado en estudios de otros tipos de datos biológicos, debería motivar la pronta actualización de las políticas del intercambio de datos y las prácticas de los investigadores para asegurar que en las ciencias de la conservación no se pierda para siempre el contexto valioso proporcionado por los metadatos.

Type: Publisher (chi)

物种内的遗传多样性代表了生物多样性的一个基本水平, 但却没有得到重视。遗传多样性可以反映物种面对气候变化的恢复力, 因此遗传多样性的测量被纳入了许多国家和全球保护政策目标。许多研究产生了大量野生种群基因组水平的遗传多样性数据, 但大多(87%)不包括相关的空间和时间元数据, 而这是在监测项目中重新使用这些遗传多样性数据或是明确数据所属国家或原住民主权所必需的。本研究进行了一次分散式的数据马拉松, 以量化这些缺失元数据的可用性, 并检验了其可用性随时间衰减的假设。我们还通过相关发表的论文、在线资源库以及与作者直接沟通来获取这些元数据, 以努力补齐缺失的元数据。我们从国际核苷酸序列数据库合作联盟的848个候选基因组数据集(简化基因组和全基因组)出发, 确定了561个数据集主要包含来自野生种群的样本。我们成功地恢复了其中78%的数据集的时空元数据(440个数据集, 包括17个门、762个物种的45,105个个体的数据)。我们发现, 检查论文和在线资源库比直接联系作者更高效, 我们联系的351位作者有45%回复了我们的电子邮件请求。在与作者的电子邮件通信中, 总计23%的情况下获得了有用的元数据。随着数据集发表时间的增加, 检索得到时空元数据的概率明显下降。从发表论文或在线资源库中获得的元数据年均减少13.5%, 而通过作者获得的元数据则年均减少高达22%。这种元数据可用性的快速下降也反映在对其他类型生物数据的研究中, 表明数据共享政策和研究者实践应迅速更新, 以确保元数据所提供的珍贵背景信息不会永远消失在保护科学中。【翻译:胡怡思;审校:聂永刚】.

Identifiants

DOI: 10.1111/cobi.14061 PMID: 36704891

pubmed: 36704891

doi: 10.1111/cobi.14061

doi:

Types de publication

Journal Article Research Support, N.I.H., Extramural Research Support, Non-U.S. Gov't

Langues

eng

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e14061

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Organisme : NIGMS NIH HHS

ID : R35 GM137919

Pays : United States

Informations de copyright

Références

Allendorf, F. W. (2017). Genetics and the conservation of natural populations: Allozymes to genomes. Molecular Ecology, 26, 420-430.

Baetscher, D. S., Anderson, E. C., Gilbert-Horvath, E. A., Malone, D. P., Saarman, E. T., Carr, M. H., & Garza, J. C. (2019). Dispersal of a nearshore marine fish connects marine reserves and adjacent fished areas along an open coast. Molecular Ecology, 1, 0148-13.

Blanchet, S., Prunier, J. G., Paz-Vinas, I., Saint-Pé, K., Rey, O., Raffard, A., Mathieu-Bégné, E., Loot, G., & Fourtune, L. (2020). A river runs through it: The causes, consequences, and management of intraspecific diversity in river networks. Evolutionary Applications, 13, 1195-1213.

Brauman, K. A., Garibaldi, L. A., Polasky, S., Aumeeruddy-Thomas, Y., Brancalion, P. H. S., DeClerck, F., Jacob, U., Mastrangelo, M. E., Nkongolo, N. V., Palang, H., Pérez-Méndez, N., Shannon, L. J., Shrestha, U. B., & Strombom, E. (2020). Global trends in nature's contributions to people. Proceedings of the National Academy of Sciences, 117, 32799-32805.

Brodersen, J. (2014). Why evolutionary biologists should get seriously involved in ecological monitoring and applied biodiversity assessment programs. Evolutionary Applications, 7, 968-983.

Buckner, J. C., Sanders, R. C., & Faircloth, B. C. (2021). The critical importance of vouchers in genomics. eLife, 10, e68264.

Buttigieg, P. L., Morrison, N., Smith, B., Mungall, C. J., Lewis, S. E., the ENVO Consortium. (2013). The environment ontology: Contextualising biological and biomedical entities. Journal of Biomedical Semantics, 4, 43.

Buttigieg, P. L., Pafilis, E., Lewis, S. E., Schildhauer, M. P., & Walls, R. L. (2016). The environment ontology in 2016: Bridging domains with increased scope, semantic density, and interoperation. Journal of Biomedical Semantics, 7, 57.

Castañeda-Álvarez, N P., Khoury, C K., Achicanoy, H A., Bernau, V., Dempewolf, H., Eastwood, R J., Guarino, L., Harker, R H., Jarvis, A., Maxted, N., Müller, J V., Ramirez-Villegas, J., Sosa, C C., Struik, P C., & Vincent, H. (2016). Global conservation priorities for crop wild relatives. Nature Plants, 2, 1-6.

Convention on Biological Diversity (CBD). (2020). Global Biodiversity Outlook 5. Author.

Cheng, S. H., & Gold, M. (2021). Genome-wide SNPs reveal complex fine scale population structure in the California market squid fishery (Doryteuthis opalescens). Conservation Genetics, 22, 97-110.

Clark, J. S. (2010). Individuals and the variation needed for high species diversity in forest trees. Science, 327, 1129-1132.

Cochrane, G., Karsch-Mizrachi, I., & Takagi, T., International Nucleotide Sequence Database Collaboration. (2016). The International Nucleotide Sequence Database Collaboration. Nucleic acids research, 44, D48-D50.

Cowell, C., Paton, A., Borrell, J S., Williams, C., Wilkin, P., Antonelli, A., Baker, W J., Buggs, R., Fay, M F., Gargiulo, R., Grace, O M., Kuhnhäuser, B G., & Woudstra, Y. (2022). Uses and benefits of digital sequence information from plant genetic resources: Lessons learnt from botanical collections. Plants, People, Planet, 4, 33-43.

Davies, N., Deck, J., Kansa, E. C., Kansa, S. W., Kunze, J., Meyer, C., Orrell, T., Ramdeen, S., Snyder, R., Vieglais, D., & Walls, R. L. (2021). Internet of Samples (iSamples): Toward an interdisciplinary cyberinfrastructure for material samples. GigaScience, 10, giab028.

Davies, S W., Putnam, H M., Ainsworth, T., Baum, J K., Bove, C B., Crosby, S C., Côté, I M., Duplouy, A., Fulweiler, R W., Griffin, A J., Hanley, T C., Hill, T., Humanes, A., Mangubhai, S., Metaxas, A., Parker, L M., Rivera, H E., Silbiger, N J., Smith, N S., … Bates, A E. (2021). Promoting inclusive metrics of success and impact to dismantle a discriminatory reward system in science. PLOS Biology, 19, e3001282.

Deck, J., Gaither, M. R., Ewing, R., Bird, C. E., Davies, N., Meyer, C., Riginos, C., & Toonen, R. J. (2017). The Genomic Observatories Metadatabase (GeOMe): A new repository for field and sampling event metadata associated with genetic samples. PLoS Biology, 15, e2002925.

Des Roches, S., Pendleton, L. H., & Shapiro, B. (2021). Conserving intraspecific variation for nature's contributions to people. Nature Ecology & Evolution, 5, 574-582.

Díaz, S., Zafra-Calvo, N., Purvis, A., Verburg, P H., Obura, D., Leadley, P., Chaplin-Kramer, R., De Meester, L., Dulloo, E., Martín-López, B., Shaw, M. R, Visconti, P., Broadgate, W., Bruford, M W., Burgess, N D., Cavender-Bares, J., Declerck, F., Fernández-Palacios, J. M., Garibaldi, L A., … Zanne, A E. (2020). Set ambitious goals for biodiversity and sustainability. Science, 370, 411-413.

Dimitrova, M., Meyer, R., Buttigieg, P. L., Georgiev, T., Zhelezov, G., Demirov, S., & Smith, V. (2021). A streamlined workflow for conversion, peer review, and publication of genomics metadata as omics data papers. GigaScience, 10, giab034.

Ewing, R. J., & Crandall, E. D. (2020). geomedb: Functions for fetching “GEOME-db” data (R package version 2.0.1). https://CRAN.R-project.org/package=geomedb

Exposito-Alonso, M., Booker, T R., Czech, L., Gillespie, L., Hateley, S., Kyriazis, C C., Lang, P L. M., Leventhal, L., Nogues-Bravo, D., Pagowski, V., Ruffley, M., Spence, J P., Toro Arana, S E., & Weiß, C L. (2022). Genetic diversity loss in the Anthropocene. Science, 377, 1431-1435.

Fidler, F., Chee, Y. E., Wintle, B. C., Burgman, M. A., & McCarthy, M. A. (2017). Metaresearch for evaluating reproducibility in ecology and evolution. BioScience, 67, 282-289.

Field, D., Garrity, G., Gray, T., Morrison, N., Selengut, J., Sterk, P., Tatusova, T., Thomson, N., Allen, M. J., Angiuoli, S. V., Ashburner, M., Axelrod, N., Baldauf, S., Ballard, S., Boore, J., Cochrane, G., Cole, J., Dawyndt, P., De Vos, P., … Wipat, A. (2008). The minimum information about a genome sequence (MIGS) specification. Nature Biotechnology, 26, 541-547.

Gaither, M. R., Gkafas, G. A., de Jong, M., Sarigol, F., Neat, F., Regnier, T., Moore, D., Gröcke, D. R., Hall, N., Liu, X., Kenny, J., Lucaci, A., Hughes, M., Haldenby, S., & Hoelzel, A. R. (2018). Genomics of habitat choice and adaptive evolution in a deep-sea fish. Nature Ecology & Evolution, 2, 680-687.

Halewood, M., Lopez Noriega, I., Ellis, D., Roa, C., & Rouard, M. (2018). Using genomic sequence information to increase conservation and sustainable use of crop diversity and benefit-sharing. Biopreservation and Biobanking, 16, 368-376.

Hendricks, S., Anderson, E C., Antao, T., Bernatchez, L., Forester, B R., Garner, B., Hand, B K., Hohenlohe, P A., Kardos, M., Koop, B., Sethuraman, A., & Waples, R S. (2018). Recent advances in conservation and population genomics data analysis. Evolutionary Applications, 11, 1197-1211.

Hinchliff, C E., Smith, S A., Allman, J F., Burleigh, J. G, Chaudhary, R., Coghill, L M., Crandall, K A., Deng, J., Drew, B T., Gazis, R., Gude, K., Hibbett, D S., Katz, L A., Laughinghouse, H. D, Mctavish, E. J., Midford, P E., Owen, C L., Ree, R H., Rees, J A., … Cranston, K A. (2015). Synthesis of phylogeny and taxonomy into a comprehensive tree of life. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112, 12764-12769.

Hoban, S., Bruford, M., D'urban Jackson, J., Lopes-Fernandes, M., Heuertz, M., Hohenlohe, P A., Paz-Vinas, I., Sjögren-Gulve, P., Segelbacher, G., Vernesi, C., Aitken, S., Bertola, L D., Bloomer, P., Breed, M., Rodríguez-Correa, H., Funk, W. C, Grueber, C E., Hunter, M E., Jaffe, R., … Laikre, L. (2020). Genetic diversity targets and indicators in the CBD post-2020 Global Biodiversity Framework must be improved. Biological Conservation, 248, 108654.

Hoban, S., Bruford, M. W., Funk, W. C., Galbusera, P., Griffith, M. P., Grueber, C. E., Heuertz, M., Hunter, M. E., Hvilsom, C., Stroil, B. K., Kershaw, F., Khoury, C. K., Laikre, L., Lopes-Fernandes, M., Macdonald, A. J., Mergeay, J., Meek, M., Mittan, C., Mukassabi, T. A., … Vernesi, C. (2021). Global commitments to conserving and monitoring genetic diversity are now necessary and feasible. BioScience, 73, 964-976. https://doi.org/10.1093/biosci/biab054

Hoban, S., Archer, F I., Bertola, L D., Bragg, J G., Breed, M F., Bruford, M W., Coleman, M A., Ekblom, R., Funk, W. C, Grueber, C E., Hand, B K., Jaffé, R., Jensen, E., Johnson, J S., Kershaw, F., Liggins, L., Macdonald, A J., Mergeay, J., Miller, J M., … Hunter, M. E. (2022). Global genetic diversity status and trends: Towards a suite of Essential Biodiversity Variables (EBVs) for genetic composition. Biological Reviews, 97, 1511-1538.

Hudson, M., Garrison, N’ A., Sterling, R., Caron, N R., Fox, K., Yracheta, J., Anderson, J., Wilcox, P., Arbour, L., Brown, A., Taualii, M., Kukutai, T., Haring, R., Te Aika, B., Baynam, G S., Dearden, P K., Chagné, D., Malhi, R S., Garba, I., … Carroll, S. R. (2020). Rights, interests and expectations: Indigenous perspectives on unrestricted access to genomic data. Nature Reviews Genetics, 21, 377-384.

Kardos, M., Taylor, H. R., Ellegren, H., & Luikart, G. (2016). Genomics advances the study of inbreeding depression in the wild. Evolutionary Applications, 9, 1205-1218.

Kumar, A., Anju, T., Kumar, S., Chhapekar, S. S., Sreedharan, S., Singh, S., Choi, S. R., & Ramchiary, N. (2021). Integrating omics and gene editing tools for rapid improvement of traditional food plants for diversified and sustainable food security. International Journal of Molecular Sciences, 22, 8093.

Laikre, L. (2010). Genetic diversity is overlooked in international conservation policy implementation. Conservation Genetics, 11, 349-354.

Laikre, L., Hoban, S., Bruford, M W., Segelbacher, G., Allendorf, F W., Gajardo, G., Rodríguez, A. G., Hedrick, P W., Heuertz, M., Hohenlohe, P A., Jaffé, R., Johannesson, K., Liggins, L., Macdonald, A J., Orozcoterwengel, P., Reusch, T B. H., Rodríguez-Correa, H., Russo, I-R M., & Ryman, N. (2020). Post-2020 goals overlook genetic diversity. Science, 367, 1083.

Leigh, D. M., Hendry, A. P., & Vázquez-Domínguez, E. (2019). Estimated six per cent loss of genetic variation in wild populations since the industrial revolution. Evolutionary Applications, 12, 1505-1512.

Lendemer, J., Thiers, B., Monfils, A. K., Zaspel, J., Ellwood, E. R., Bentley, A., Levan, K., Bates, J., Jennings, D., Contreras, D., Lagomarsino, L., Mabee, P., Ford, L. S., Guralnick, R., Gropp, R. E., Revelez, M., Cobb, N., & Seltmann, K. (2020). The extended specimen network: A strategy to enhance us biodiversity collections, promote research and education. BioScience, 70, 23-30.

Letunic, I. (2021). Interactive Tree Of Life (iTOL) v5: An online tool for phylogenetic tree display and annotation. Nucleic Acids Research, 49, W293-W296.

Lewin, H A., Robinson, G E., Kress, W. J, Baker, W J., Coddington, J., Crandall, K A., Durbin, R., Edwards, S V., Forest, F., Gilbert, M. T P., Goldstein, M M., Grigoriev, I V., Hackett, K J., Haussler, D., Jarvis, E D., Johnson, W E., Patrinos, A., Richards, S., Castilla-Rubio, J. C., … Zhang, G. (2018). Earth BioGenome Project: Sequencing life for the future of life. Proceedings of the National Academy of Sciences, 115, 4325-4333.

Leigh, D. M., Van Rees, C. B., Millette, K. L., Breed, M. F., Schmidt, C., Bertola, L. D., Hand, B. K., Hunter, M. E., Jensen, E. L., Kershaw, F., Liggins, L., Luikart, G., Manel, S., Mergeay, J., Miller, J. M., Segelbacher, G., Hoban, S., & Paz-Vinas, I. (2021). Opportunities and challenges of macrogenetic studies. Nature Reviews Genetics, 1-17.

Liggins, L., & Hudson, M. (2021). Creating space for Indigenous perspectives on access and benefit-sharing: Encouraging researcher use of the Local Contexts Notices. Molecular Ecology, 30, 2477-2482.

Lin, D., Crabtree, J., Dillo, I., Downs, R R., Edmunds, R., Giaretta, D., De Giusti, M., L'hours, H., Hugo, W., Jenkyns, R., Khodiyar, V., Martone, M E., Mokrane, M., Navale, V., Petters, J., Sierman, B., Sokolova, D V., & Stockhause, M. (2020). The TRUST Principles for digital repositories. Scientific Data, 7, 144.

Lou, R. N., Jacobs, A., & Wilder, A. P. (2021). A beginner's guide to low-coverage whole genome sequencing for population genomics. Molecular Ecology, 30, 5966-5993.

Marden, E., Abbott, R J., Austerlitz, F., Ortiz-Barrientos, D., Baucom, R S., Bongaerts, P., Bonin, A., Bonneaud, C., Browne, L., Alex Buerkle, C., Caicedo, A L., Coltman, D W., Cruzan, M B., Davison, A., Dewoody, J. A, Dumbrell, A J., Emerson, B C., Fountain-Jones, N M., Gillespie, R., … Rieseberg, L H. (2021). Sharing and reporting benefits from biodiversity research. Molecular Ecology, 30, 1103-1107.

McCartney, A. M., Anderson, J., Liggins, L., Hudson, M. L., Anderson, M. Z., TeAika, B., Geary, J., Cook-Deegan, R., & Patel, H. R. (2022). Balancing openness with Indigenous data sovereignty: An opportunity to leave no one behind in the journey to sequence all of life. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 119, e2115860119.

McNutt, M., Lehnert, K., Hanson, B., Nosek, B. A., & Ellison, A. M. (2016). Liberating field science samples and data. Science, 351, 1024-1026.

Michonneau, F., & Brown, J. W. (2016). rotl: An R package to interact with the Open Tree of Life data. Methods in Ecology and Evolution, 7, 1476-1481.

Miraldo, A., LI, S., Borregaard, M. K., Flórez-Rodríguez, A., Gopalakrishnan, S., Rizvanovic, M., Wang, Z., Rahbek, C., & Marske, K. A. (2016). An Anthropocene map of genetic diversity. Science, 353, 1532-1535.

Nosek, B. A., Alter, G., Banks, G. C., Borsboom, D., Bowman, S. D., Breckler, S. J., Buck, S., Chambers, C. D., Chin, G., Christensen, G., Contestabile, M., Dafoe, A., Eich, E., Freese, J., Glennerster, R., Goroff, D., Green, D. P., Hesse, B., Humphreys, M., … Yarkoni, T. (2015). Promoting an open research culture. Science, 348, 1422-1425.

O'dea, R E., Parker, T H., Chee, Y. E., Culina, A., Drobniak, S M., Duncan, D H., Fidler, F., Gould, E., Ihle, M., Kelly, C D., Lagisz, M., Roche, D G., Sánchez-Tójar, A., Wilkinson, D P., & Wintle, B C. (2021). Towards open, reliable, and transparent ecology and evolutionary biology. BMC Biology, 19, 68.

Pinsky, M. L. (2014). Meta-analysis reveals lower genetic diversity in overfished populations. Molecular Ecology, 23, 29-39.

Pope, L. C., Liggins, L., Keyse, J., & Carvalho, S. B. (2015). Not the time or the place: The missing spatio-temporal link in publicly available genetic data. Molecular Ecology, 24, 3802-3809.

Prada, C., Hanna, B., Budd, A F., Woodley, C M., Schmutz, J., Grimwood, J., Iglesias-Prieto, R., Pandolfi, J M., Levitan, D., Johnson, K G., Knowlton, N., Kitano, H., & Degiorgio, M. (2016). Empty niches after extinctions increase population sizes of modern corals. Current Biology, 26, 3190-3194.

Quattrini, A. M., Wu, T., Soong, K., Jeng, M. -S., & Benayahu, Y. (2019). A next generation approach to species delimitation reveals the role of hybridization in a cryptic species complex of corals. BMC Evolutionary Biology, 19, 116.

Raffard, A., Santoul, F., & Cucherousset, J. (2019). The community and ecosystem consequences of intraspecific diversity: A meta-analysis. Biological Reviews, 94, 648-661.

Reithmeier, R., O'leary, L., Zhu, X., Dales, C., Abdulkarim, A., Aquil, A., Brouillard, L., Chang, S., Miller, S., Shi, W., & Vu, N. (2019). The 10,000 PhDs project at the University of Toronto: Using employment outcome data to inform graduate education. PLoS ONE, 14, e0209898.

Reusch, T. B. H., Ehlers, A., & Hämmerli, A. (2005). Ecosystem recovery after climatic extremes enhanced by genotypic diversity. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 102, 2826-2831.

Riginos, C., Crandall, E D., Liggins, L., Gaither, M R., Ewing, R B., Meyer, C., Andrews, K R., Euclide, P T., Titus, B M., Therkildsen, N. O., Salces-Castellano, A., Stewart, L C., & Toonen, R J. (2020). Building a global genomics observatory: Using GEOME (the Genomic Observatories Metadatabase) to expedite and improve deposition and retrieval of genetic data and metadata for biodiversity research. Molecular Ecology Resources, 20, 1458-1469.

Roche, D. G., Kruuk, L. E. B., & Lanfear, R. (2015). Public data archiving in ecology and evolution: How well are we doing? PLoS Biology, 13, e1002295-12.

Roche, D. G., Lanfear, R., Binning, S. A., Haff, T. M., Schwanz, L. E., Cain, K. E., Kokko, H., & Jennions, M. D. (2014). Troubleshooting public data archiving: Suggestions to increase participation. PLoS Biology, 12, e1001779.

Scholz, A. H., Freitag, J., Lyal, C H. C., Sara, R., Cepeda, M. L., Cancio, I., Sett, S., Hufton, A. L., Abebaw, Y., Bansal, K., Benbouza, H., Boga, H. I., Brisse, S., Bruford, M W., Clissold, H., Cochrane, G., Coddington, J A., Deletoille, A. -C., García-Cardona, F., … Overmann, J. (2022). Multilateral benefit-sharing from digital sequence information will support both science and biodiversity conservation. Nature Communications, 13, 1086.

Schriml, L M., Chuvochina, M., Davies, N., Eloe-Fadrosh, E A., Finn, R D., Hugenholtz, P., Hunter, C I., Hurwitz, B L., Kyrpides, N C., Meyer, F., Mizrachi, I. K., Sansone, S. -A., Sutton, G., & Tighe, S. (2020). COVID-19 pandemic reveals the peril of ignoring metadata standards. Scientific Data, 7, 188.

Sibbett, B., & Rieseberg, L. H. (2020). The Genomic Observatories Metadatabase. Molecular Ecology Resources, 20, 1453-1454.

Stan Development Team. (2021). RStan: The R interface to Stan (R package version 2.21.2). https://mc-stan.org/

Thiers, B., Bates, J., Bentley, A. C., Ford, L. S., Jennings, D., Monfils, A. K., Zaspel, J. M., Collins, J. P., & Hazbón, M. H. (2021). Implementing a community vision for the future of biodiversity collections. BioScience, 71, 561-563.

Toczydlowski, R H., Liggins, L., Gaither, M R., Anderson, T J., Barton, R L., Berg, J T., Beskid, S G., Davis, B., Delgado, A., Farrell, E., Ghoojaei, M., Himmelsbach, N., Holmes, A E., Queeno, S R., Trinh, T., Weyand, C A., Bradburd, G S., Riginos, C., & Toonen, R J. (2021). Poor data stewardship will hinder global genetic diversity surveillance. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 118, e2107934118.

Vines, T H., Andrew, R L., Bock, D G., Franklin, M T., Gilbert, K J., Kane, N C., Moore, J. -. S., Moyers, B T., Renaut, S., Rennison, D J., & Veen, T. (2013). Mandated data archiving greatly improves access to research data. The FASEB Journal, 27, 1304-1308.

Vines, T. H., Albert, A. Y. K., Andrew, R. L., Débarre, F., Bock, D. G., Franklin, M. T., Gilbert, K. J., Moore, J. -S., & Renaut, S. (2014). The availability of research data declines rapidly with article age. Current Biology, 24, 94-97.

Whitlock, M. C. (2011). Data archiving in ecology and evolution: Best practices. Trends in Ecology & Evolution, 26, 61-65.

Wieczorek, J., Bloom, D., Guralnick, R., Blum, S., Döring, M., Giovanni, R., & Robertson, T. (2012). Darwin Core: An evolving community-developed biodiversity data standard. PLoS ONE, 7, e29715.

Wilder, A. P., Palumbi, S. R., & Conover, D. O. (2020). Footprints of local adaptation span hundreds of linked genes in the Atlantic silverside genome. Evolution Letters, 4, 430-443.

Wilkinson, M D., Dumontier, M., Aalbersberg, I. J., Appleton, G., Axton, M., Baak, A., Blomberg, N., Boiten, J. -W., Da Silva Santos, L. B., Bourne, P E., Bouwman, J., Brookes, A J., Clark, T., Crosas, M., Dillo, I., Dumon, O., Edmunds, S., Evelo, C T., Finkers, R., … Mons, B. (2016). Comment: The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific Data, 3, 1-9.

Willette, D. A., Allendorf, F. W., Barber, P. H., Barshis, D. J., Carpenter, K. E., Crandall, E. D., Cresko, W. A., Fernandez-Silva, I., Matz, M. V., Meyer, E., Santos, M. D., & Seeb, L. W. (2014). So, you want to use next-generation sequencing in marine systems? Insight from the Pan-Pacific Advanced Studies Institute. Bulletin Of Marine Science, 90, 79-122.

Winter, D. J. (2017). rentrez: An R package for the NCBI eUtils API. The R Journal, 9, 520-526.

Yilmaz, P., Kottmann, R., Field, D., Knight, R., Cole, J. R., Amaral-Zettler, L., Gilbert, J. A., Karsch-Mizrachi, I., Johnston, A., Cochrane, G., Vaughan, R., Hunter, C., Park, J., Morrison, N., Rocca-Serra, P., Sterk, P., Arumugam, M., Bailey, M., Baumgartner, L., … Glöckner, F. O. (2011). Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications. Nature Biotechnology, 29, 415-420.