Insights into the solubility of
Monte Carlo simulations
cataract
crystallins
molecular dynamics simulations
protein solubility
Journal
Journal of computational chemistry
ISSN: 1096-987X
Titre abrégé: J Comput Chem
Pays: United States
ID NLM: 9878362
Informations de publication
Date de publication:
15 07 2023
15 07 2023
Historique:
revised:
31
03
2023
received:
15
11
2022
accepted:
12
04
2023
medline:
12
6
2023
pubmed:
24
4
2023
entrez:
24
04
2023
Statut:
ppublish
Résumé
The molecular basis underlying the rich phase behavior of globular proteins remains poorly understood. We use atomistic multiscale molecular simulations to model the solution-state conformational dynamics and interprotein interactions of
Substances chimiques
gamma-Crystallins
0
Types de publication
Journal Article
Research Support, N.I.H., Extramural
Langues
eng
Sous-ensembles de citation
IM
Pagination
1658-1666Subventions
Organisme : NIH HHS
Pays : United States
Organisme : NIH HHS
Pays : United States
Organisme : NEI NIH HHS
ID : R01 EY031587
Pays : United States
Organisme : NIGMS NIH HHS
ID : R01 GM116961
Pays : United States
Informations de copyright
© 2023 Wiley Periodicals LLC.
Références
A. C. Dumetz, A. M. Chockla, E. W. Kaler, A. M. Lenhoff, Biophys. J. 2008, 94(2), 570.
D. Fusco, P. Charbonneau, Colloids Surf., B 2016, 137, 22.
D. Fusco, J. J. Headd, A. D. Simone, J. Wang, P. Charbonneau, Soft Matter 2014, 10(2), 290.
A. R. Khan, S. James, M. K. Quinn, I. Altan, P. Charbonneau, J. J. McManus, Biophys. J. 2019, 117(5), 930.
I. Altan, A. R. Khan, S. James, M. K. Quinn, J. J. McManus, P. Charbonneau, J. Phys. Chem. B 2019, 123(47), 10061.
V. Prytkova, M. Heyden, D. Khago, J. A. Freites, C. T. Butts, R. W. Martin, D. J. Tobias, J. Phys. Chem B 2016, 120(33), 8115.
J. A. Thomson, P. Schurtenberger, G. M. Thurston, G. B. Benedek, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987, 84(20), 7079.
M. L. Broide, C. R. Berland, J. Pande, O. O. Ogun, G. B. Benedek, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991, 88(13), 5660.
C. R. Berland, G. M. Thurston, M. Kondo, M. L. Broide, J. Pande, O. Ogun, G. B. Benedek, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992, 89(4), 1214.
A. Pande, J. Pande, N. Asherie, A. Lomakin, O. Ogun, J. King, G. B. Benedek, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 6116.
J. J. McManus, A. Lomakin, O. Ogun, A. Pande, M. Basan, J. Pande, G. B. Benedek, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 16856.
M. K. Quinn, S. James, J. J. McManus, J. Phys. Chem.: B 2019, 123(20), 4373.
S. James, M. K. Quinn, J. J. McManus, Phys. Chem. Chem. Phys. 2015, 17(7), 5413.
M. A. Rocha, M. A. Sprague-Piercy, A. O. Kwok, K. W. Roskamp, R. W. Martin, ChemBioChem 2021, 22(8), 1329.
H. Bloemendal, W. de Jong, R. Jaenicke, N. H. Lubsen, C. Slingsby, A. Tardieu, Prog. Biophys. Mol. Biol 2004, 86(3), 407.
A. Pande, O. Annunziata, N. Asherie, O. Ogun, G. B. Benedek, J. Pande, Biochemistry 2005, 44, 2491.
A. Pande, K. S. Ghosh, P. R. Banerjee, J. Pande, Biochemistry 2010, 49, 6122.
J. C. Boatz, M. J. Whitley, M. Li, A. M. Gronenborn, P. C. A. van der Wel, Nat. Commun. 2017, 8, 15137.
S. Kmoch, J. Brynda, B. Asfaw, K. Bezouska, P. Novak, P. Rezacova, L. Ondrova, M. Filipec, J. Sedlacek, M. Elleder, Human Mol. Gen. 2000, 9, 1779.
J. Jung, I. L. Byeon, Y. Wang, J. King, A. M. Gronenborn, Biochemistry 2009, 48, 2597.
W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten, J. Mol. Graph. 1996, 14(1), 33.
J. C. Phillips, D. J. Hardy, J. D. C. Maia, J. E. Stone, J. V. Ribeiro, R. C. Bernardi, R. Buch, G. Fiorin, J. Hénin, W. Jiang, R. McGreevy, M. C. R. Melo, B. K. Radak, R. D. Skeel, A. Singharoy, Y. Wang, B. Roux, A. Aksimentiev, Z. Luthey-Schulten, L. V. Kalé, K. Schulten, C. Chipot, E. Tajkhorshid, J. Chem. Phys. 2020, 153(4), 044130.
U. Essmann, L. Perera, M. L. Berkowitz, T. Darden, H. Lee, L. G. Pedersen, J. Chem. Phys. 1995, 103(19), 8577.
T. Darden, D. York, L. Pedersen, J. Chem. Phys. 1993, 98(12), 10089.
H. Grubmüller, H. Heller, A. Windemuth, K. Schulten, Mol. Sim. 1991, 6(1-3), 121.
J.-P. Ryckaert, G. Ciccotti, H. Berendsen, J. Comp. Phys. 1977, 23, 327.
S. Miyamoto, P. A. Kollman, J. Comput. Chem. 1992, 13(8), 952.
G. Martyna, D. Tobias, M. Klein, J. Chem. Phys. 1994, 101, 4177.
S. E. Feller, Y. Zhang, R. W. Pastor, B. R. Brooks, J. Chem. Phys. 1995, 103(11), 4613.
D. E. Shaw, J. P. Grossman, J. A. Bank, B. Batson, J. A. Butts, J. C. Chao, M. M. Deneroff, R. O. Dror, A. Even, C. H. Fenton, A. Forte, J. Gagliardo, G. Gill, B. Greskamp, C. R. Ho, D. J. Ierardi, L. Iserovich, J. S. Kuskin, R. H. Larson, T. Layman, L.-S. Lee, A. K. Lerer, C. Li, D. Killebrew, K. M. Mackenzie, S. Y.-H. Mok, M. A. Moraes, R. Mueller, L. J. Nociolo, J. L. Peticolas, T. Quan, D. Ramot, J. K. Salmon, D. P. Scarpazza, U. Ben Schafer, N. Siddique, C. W. Snyder, J. Spengler, P. T. P. Tang, M. Theobald, H. Toma, B. Towles, B. Vitale, S. C. Wang, C. Young, Proceedings of the International Conference for High Performance Computing, Networking, Storage and Analysis, SC ‘14, pages, IEEE Press, Piscataway, NJ, USA 2014, p. 41.
J. Huang, S. Rauscher, G. Nawrocki, T. Ran, M. Feig, B. L. de Groot, H. Grubmüller, A. D. MacKerell, Nat. Methods 2016, 14(1), 71.
R. M. Venable, Y. Luo, K. Gawrisch, B. Roux, R. W. Pastor, J. Phys. Chem. B 2013, 117(35), 10183.
A. D. MacKerellJr, M. Feig, C. L. BrooksIII, J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400.
A. D. MacKerell Jr, D. Bashford, M. Bellott, R. L. Dunbrack, J. Evanseck, M. Field, S. Fischer, J. Gao, H. Guo, S. Ha, D. Joseph-McCarthy, L. Kuchnir, K. Kuczera, F. Lau, C. Mattos, S. Michnick, T. Ngo, D. Nguyen, B. Prodhom, W. E. Reiher, B. Roux, M. Schlenkrich, J. Smith, R. Stote, J. Straub, M. Watanabe, J. Wiórkiewicz-Kuczera, D. Yin, M. Karplus, J. Phys. Chem. B 1998, 102(18), 3586.
W. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. Madura, R. Impey, M. Klein, J. Chem. Phys. 1983, 79(2), 926.
M. Tuckerman, B. J. Berne, G. J. Martyna, J. Chem. Phys. 1992, 97(3), 1990.
Y. Shan, J. Klepeis, M. Eastwood, R. Dror, D. Shaw, J. Chem. Phys. 2005, 122, 054101.
G. J. Martyna, M. L. Klein, M. Tuckerman, J. Chem. Phys. 1992, 97(4), 2635.
R. A. Lippert, C. Predescu, D. J. Ierardi, K. M. Mackenzie, M. P. Eastwood, R. O. Dror, D. E. Shaw, J. Chem. Phys. 2013, 139(16), 164106.
B. B. Majumdar, V. Prytkova, E. K. Wong, J. A. Freites, D. J. Tobias, M. Heyden, J. Chem. Theory Comput. 2019, 15(2), 1399.
N. Metropolis, A. W. Rosenbluth, M. N. Rosenbluth, A. H. Teller, E. Teller, J. Chem. Phys. 1953, 21(6), 1087.
X. Daura, K. Gademann, B. Jaun, D. Seebach, W. F. van Gunsteren, A. E. Mark, Angew. Chem., Int. Ed. 1999, 38(1-2), 236.
B. Hess, C. Kutzner, D. van der Spoel, E. Lindahl, J. Chem. Theory Comput. 2008, 4(3), 435.
E. K. Wong, V. Prytkova, J. A. Freites, C. T. Butts, D. J. Tobias, Biochemistry 2019, 58(35), 3691.
P. Mereghetti, R. R. Gabdoulline, R. C. Wade, Biophys. J. 2010, 99(11), 3782.
W. L. Jorgensen, J. Tirado-Rives, J. Am. Chem. Soc. 1988, 110(6), 1657.
J. D. Madura, J. M. Briggs, R. C. Wade, M. E. Davis, B. A. Luty, A. Ilin, J. Antosiewicz, M. K. Gilson, B. Bagheri, L. R. Scott, J. A. McCammon, Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 57.
P. Evans, K. Wyatt, G. J. Wistow, O. A. Bateman, B. A. Wallace, C. Slingsby, J. Mol. Biol. 2004, 343, 435.
N. C. Benson, V. Daggett, J. Bioinform. Comput. Biol. 2012, 10(4), 1250008.
N. Kern, D. Frenkel, J. Chem. Phys. 2003, 118(21), 9882.
E. Krissinel, K. Henrick, J. Mol. Biol. 2007, 372(3), 774.
Protein interfaces, surfaces and assemblies' service pisa at the european bioinformatics institute. http://www.ebi.ac.uk/pdbe/prot_int/pistart.html
R. R. Gabdoulline, R. C. Wade, J. Phys. Chem. 1996, 100(9), 3868.
D. Frishman, P. Argos, Proteins 1995, 23(4), 566.
W. Kabsch, C. Sander, Biopolymers 1983, 22(12), 2577.