Genomic epidemiology unveils the dynamics and spatial corridor behind the Yellow Fever virus outbreak in Southern Brazil.

Journal

Science advances
ISSN: 2375-2548
Titre abrégé: Sci Adv
Pays: United States
ID NLM: 101653440

Informations de publication

Date de publication:
Sep 2023
Historique:
medline: 1 9 2023
pubmed: 1 9 2023
entrez: 1 9 2023
Statut: ppublish

Résumé

Despite the considerable morbidity and mortality of yellow fever virus (YFV) infections in Brazil, our understanding of disease outbreaks is hampered by limited viral genomic data. Here, through a combination of phylogenetic and epidemiological models, we reconstructed the recent transmission history of YFV within different epidemic seasons in Brazil. A suitability index based on the highly domesticated

Identifiants

DOI: 10.1126/sciadv.adg9204 PMID: 37656782
pubmed: 37656782
doi: 10.1126/sciadv.adg9204
doi:

Types de publication

Journal Article

Langues

eng

Sous-ensembles de citation

IM

Pagination

eadg9204

Subventions

Organisme : World Health Organization
ID : 001
Pays : International

Auteurs

Marta Giovanetti (M)

Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.
Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
Department of Science and Technology for Humans and the Environment, Università of Campus Bio-Medico di Roma, Italy.
ORCID: 0000-0002-5849-7326

Francesco Pinotti (F)

Department of Zoology, University of Oxford, Oxford, OX3 7BN, UK.
ORCID: 0000-0003-1953-2106

Camila Zanluca (C)

Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil.
ORCID: 0000-0001-7350-9105

Vagner Fonseca (V)

Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
ORCID: 0000-0001-5521-6448

Taishi Nakase (T)

Nuffield Department of Medicine, University of Oxford, Oxford, OX3 7BN, UK.
ORCID: 0000-0002-3078-098X

Andrea C Koishi (AC)

Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil.
ORCID: 0000-0002-3542-1353

Marcel Tscha (M)

Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil.

Guilherme Soares (G)

Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil.

Gisiane Gruber Dorl (GG)

Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil.
ORCID: 0000-0002-7113-5098

Antônio Ernesto M L Marques (AEML)

Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil.
ORCID: 0000-0002-9161-5929

Renato Sousa (R)

Laboratório de Patologia Veterinária, Hospital Veterinário UFPR, PR Brazil.
ORCID: 0000-0002-6491-9302

Talita Emile Ribeiro Adelino (TER)

Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
ORCID: 0000-0002-1471-0084

Joilson Xavier (J)

Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
ORCID: 0000-0003-3916-2018

Carla de Oliveira (C)

Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.
Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
ORCID: 0000-0002-0829-036X

Sandro Patroca (S)

Evandro Chagas Institute, Para, Brazil.

Natalia Rocha Guimaraes (NR)

Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
ORCID: 0000-0002-9859-5895

Hegger Fritsch (H)

Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
ORCID: 0000-0002-1997-5786

Maria Angélica Mares-Guia (MA)

Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.
ORCID: 0000-0002-2380-3821

Flavia Levy (F)

Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.

Pedro Henrique Passos (PH)

Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil.
ORCID: 0000-0001-7903-4518

Vinicius Leme da Silva (VL)

Laboratório Central de Saúde Pública Dr Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil.

Luiz Augusto Pereira (LA)

Laboratório Central de Saúde Pública Dr Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil.
ORCID: 0000-0002-2670-8512

Ana Flávia Mendonça (AF)

Laboratório Central de Saúde Pública Dr Giovanni Cysneiros, Goiânia, Goiás, Brazil.
ORCID: 0000-0002-5480-0949

Isabel Luana de Macêdo (IL)

Veterinary Pathology Laboratory, Campus Darcy Ribeiro, University of Brasília, Brasília, DF 70636- 200, Brazil.

Davi Emanuel Ribeiro de Sousa (DE)

Veterinary Pathology Laboratory, Campus Darcy Ribeiro, University of Brasília, Brasília, DF 70636- 200, Brazil.
ORCID: 0000-0003-1237-0693

Gabriela Rodrigues de Toledo Costa (G)

Environmental Health Surveillance, Directorate of the Federal District (DIVAL), DF 70790-060, Brazil.

Marcio Botelho de Castro (M)

Veterinary Pathology Laboratory, Campus Darcy Ribeiro, University of Brasília, Brasília, DF 70636- 200, Brazil.
Graduate Program in Animal Sciences, College of Agronomy and Veterinary Medicine, University of Brasília, Brasília, DF 70910-900, Brazil.

Miguel de Souza Andrade (M)

Baculovirus Laboratory, Department of Cell Biology, Institute of Biological Sciences, University of Brasilia, Brasília 70910-900, DF, Brazil.

Filipe Vieira Santos de Abreu (FVS)

Insect Behavior Laboratory, Federal Institute of Northern Minas Gerais, Salinas 39560-000, MG, Brazil.

Fabrício Souza Campos (FS)

Institute of Basic Health Sciences, Federal University of Rio Grande do Sul, Porto Alegre 90035-003, RS, Brazil.
ORCID: 0000-0002-5948-472X

Felipe Campos de Melo Iani (FCM)

Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.

Maira Alves Pereira (MA)

Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.

Karina Ribeiro Leite Jardim Cavalcante (KRLJ)

Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil.
ORCID: 0009-0000-3964-9606

Andre Ricardo Ribas de Freitas (ARR)

Faculdade de Medicina São Leopoldo Mandic, Campinas, SP, Brazil.
ORCID: 0000-0003-0291-7771

Carlos Frederico Campelo de Albuquerque (CF)

Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
ORCID: 0000-0003-0581-5535

Eduardo Marques Macário (EM)

Superintendência de Vigilância em Saúde - SES - Santa Catarina, South Brazil.

Marlei Pickler Debiasi Dos Anjos (MPD)

Laboratorio central de Saude Publica de Santa Catarina, Superintendência de Vigilância em Saúde - SES - Santa Catarina, South Brazil.
ORCID: 0000-0001-7005-8601

Rosane Campanher Ramos (RC)

Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Rio Grande do Sul, Superintendência de Vigilância em Saúde - SES - Santa Catarina, South Brazil.
ORCID: 0000-0002-9714-9252

Aline Alves Scarpellini Campos (AAS)

Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Porto Alegre, RS, Brazil.
ORCID: 0000-0002-1731-3527

Adriano Pinter (A)

Departamento de Medicina Veterinária Preventiva e Saúde Animal, Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Universidade de São Paulo, São Paulo, 05508-000, Brazil.
ORCID: 0000-0003-4596-3268

Marcia Chame (M)

Oswaldo Cruz Foundation, Biodiversity, Wildlife Health Institutional Platform (PIBSS/Fiocruz), Rio de Janeiro, Brazil.
ORCID: 0000-0003-4680-500X

Livia Abdalla (L)

Oswaldo Cruz Foundation, Biodiversity, Wildlife Health Institutional Platform (PIBSS/Fiocruz), Rio de Janeiro, Brazil.
ORCID: 0000-0001-5847-8814

Irina Nastassja Riediger (IN)

Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (Lacen-PR), Curitiba, Paraná, Brazil.
ORCID: 0000-0002-4804-0429

Sérvio Pontes Ribeiro (SP)

Laboratory of Ecology of Diseases & Forests, NUPEB/ICEB, Federal University of Ouro Preto, Minas Gerais, Brazil.

Ana I Bento (AI)

Pandemic Prevention Initiative, The Rockefeller Foundation, Washington DC, USA.

Tulio de Oliveira (T)

School for Data Science and Computational Thinking, Faculty of Science and Faculty of Medicine and Health Sciences, Stellenbosch University, South Africa.
ORCID: 0000-0002-3027-5254

Carla Freitas (C)

Secretaria de Vigilância em Saúde, SVS, Brazilian Ministry of Health, Brasilia, Federal District, Brazil.

Noely Fabiana Oliveira de Moura (NF)

Oswaldo Cruz Foundation, Fiocruz, Brasilia, Federal District, Brazil.

Allison Fabri (A)

Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.

Cintia Damasceno Dos Santos Rodrigues (CD)

Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.

Carolina Cardoso Dos Santos (CC)

Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.

Marco Antonio Barreto de Almeida (MA)

Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Porto Alegre, RS, Brazil.

Edmilson Dos Santos (E)

Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Porto Alegre, RS, Brazil.
ORCID: 0000-0002-7468-5853

Jader Cardoso (J)

Secretaria Estadual de Saúde do Rio Grande do Sul, Centro Estadual de Vigilância em Saúde, Porto Alegre, RS, Brazil.
ORCID: 0000-0002-1214-1084

Douglas Adriano Augusto (DA)

Plataforma Institucional Biodiversidade e Saúde Silvestre - Centro de Informação em Saúde Silvestre (CISS) - Fiocruz/RJ, Avenida Brasil, 4365. Manguinhos - Rio de Janeiro - RJ Cep: 21.040-360.
ORCID: 0000-0001-5719-6786

Eduardo Krempser (E)

Plataforma Institucional Biodiversidade e Saúde Silvestre - Centro de Informação em Saúde Silvestre (CISS) - Fiocruz/RJ, Avenida Brasil, 4365. Manguinhos - Rio de Janeiro - RJ Cep: 21.040-360.
ORCID: 0000-0002-4652-442X

Luís Filipe Mucci (LF)

Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado), Av Dr. Enéas Carvalho de Aguiar, 188 - Cerqueira César, São Paulo - SP, 05403-000, Brazil.
Coordenadoria de Controle de Doenças (CCD), Av. Dr. Enéas Carvalho de Aguiar, 188 - Cerqueira César, São Paulo - SP, 05403-000, Brazil.
Instituto Pasteur (IP), Av. Paulista, 363 Cerqueira Cesar - São Paulo- SP - CEP:01311-000.
ORCID: 0000-0002-7766-7597

Renata Rispoli Gatti (RR)

Secretaria de Estado da Saude de Santa Catarina, R. Esteves Júnior, 160 - Centro, Florianópolis - SC, 88015-130, Brazil.
ORCID: 0000-0002-9997-9030

Sabrina Fernandes Cardoso (SF)

Secretaria de Estado da Saude de Santa Catarina, R. Esteves Júnior, 160 - Centro, Florianópolis - SC, 88015-130, Brazil.
Department of Cell Biology, Embryology and Genetics, Federal University of Santa Catarina (UFSC), Florianópolis, Brazil.
ORCID: 0000-0003-4484-6764

João Augusto Brancher Fuck (JAB)

Diretoria de Vigilância Epidemiológica da Secretaria de Estado da Saúde de Santa Catarina, R. Esteves Júnior, 160 - Centro, Florianópolis - SC, 88015-130, Brazil.

Maria Goretti David Lopes (MGD)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.

Ivana Lucia Belmonte (IL)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.

Gabriela Mayoral Pedroso da Silva (G)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.
ORCID: 0009-0003-3876-8269

Maiane Regina Ferreira Soares (MRF)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.

Marilia de Melo Santos de Castilhos (MMS)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.

Joseana Cardoso de Souza E Silva (JC)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.
ORCID: 0009-0005-8681-6725

Alceu Bisetto Junior (A)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.

Emanuelle Gemin Pouzato (EG)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.

Laurina Setsuko Tanabe (LS)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.
ORCID: 0000-0001-8825-3368

Daniele Akemi Arita (DA)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.
ORCID: 0000-0003-1102-9063

Ricardo Matsuo (R)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.

Josiane Dos Santos Raymundo (J)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.

Paula Cristina Linder Silva (PCL)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.
ORCID: 0000-0002-1341-0944

Ana Santana Araújo Ferreira Silva (A)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.
ORCID: 0009-0004-4800-8113

Sandra Samila (S)

Secretaria de Estado da Saúde do Paraná, Brazil, R. Piquiri, 170 - Rebouças, Curitiba - PR, 80230-140.
ORCID: 0000-0001-7185-4538

Glauco Carvalho (G)

Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
ORCID: 0000-0003-1651-7066

Rodrigo Stabeli (R)

Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.
ORCID: 0000-0002-0476-920X

Wildo Navegantes (W)

Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil.

Luciano Andrade Moreira (LA)

Mosquitos Vetores: Endossimbiontes e Interação Patógeno-Vetor, Instituto René Rachou-Fiocruz, Belo Horizonte 30190-002, MG, Brazil.
ORCID: 0000-0002-9240-3506

Alvaro Gil A Ferreira (AGA)

Mosquitos Vetores: Endossimbiontes e Interação Patógeno-Vetor, Instituto René Rachou-Fiocruz, Belo Horizonte 30190-002, MG, Brazil.
ORCID: 0000-0002-6299-0391

Guilherme Garcia Pinheiro (GG)

Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
ORCID: 0000-0001-7242-3385

Bruno Tardelli Diniz Nunes (BTD)

Evandro Chagas Institute, Para, Brazil.
ORCID: 0000-0002-0793-9665

Daniele Barbosa de Almeida Medeiros (DB)

Evandro Chagas Institute, Para, Brazil.
ORCID: 0000-0002-3939-0611

Ana Cecília Ribeiro Cruz (ACR)

Evandro Chagas Institute, Para, Brazil.

Rivaldo Venâncio da Cunha (R)

Fundação Oswaldo Cruz, Bio-Manguinhos, Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil.

Wes Van Voorhis (W)

Center for Emerging and Re-emerging Infectious Diseases (CERID), University of Washington, Seattle, WA, USA.
ORCID: 0000-0001-6141-2015

Ana Maria Bispo de Filippis (AM)

Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.

Maria Almiron (M)

Pan American Health Organization/World Health Organization, Washington, DC, USA.

Edward C Holmes (EC)

Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity, School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences, University of Sydney, Sydney, NSW, Australia.
ORCID: 0000-0001-9596-3552

Daniel Garkauskas Ramos (DG)

Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil.
ORCID: 0000-0002-7404-2209

Alessandro Romano (A)

Coordenação Geral das Arboviroses, Secretaria de Vigilância em Saúde/Ministério da Saúde (CGARB/SVS-MS), Brasília, Distrito Federal, Brazil.
ORCID: 0000-0002-5501-7796

José Lourenço (J)

BioISI (Biosystems and Integrative Sciences Institute), Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016 Lisboa Portugal.
ORCID: 0000-0002-9318-2581

Luiz Carlos Junior Alcantara (LCJ)

Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil.
Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil.
ORCID: 0000-0002-6769-9931

Claudia Nunes Duarte Dos Santos (CN)

Laboratório de Virologia Molecular, Instituto Carlos Chagas/Fiocruz-PR, Curitiba, Paraná, Brazil.
ORCID: 0000-0001-8707-6638

Classifications MeSH