Surveillance for variants of SARS-CoV-2 to inform risk assessments.

Since the beginning of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, numerous severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants have emerged, some leading to large increases in infections, hospitalizations and deaths globally. The virus's impact on public health depends on many factors, including the emergence of new viral variants and their global spread. Consequently, the early detection and surveillance of variants and characterization of their clinical effects are vital for assessing their health risk. The unprecedented capacity for viral genomic sequencing and data sharing built globally during the pandemic has enabled new variants to be rapidly detected and assessed. This article describes the main variants circulating globally between January 2020 and June 2023, the genetic features driving variant evolution, and the epidemiological impact of these variants across countries and regions. Second, we report how integrating genetic variant surveillance with epidemiological data and event-based surveillance, through a network of World Health Organization partners, supported risk assessment and helped provide guidance on pandemic responses. In addition, given the evolutionary characteristics of circulating variants and the immune status of populations, we propose future directions for the sustainable genomic surveillance of SARS-CoV-2 variants, both nationally and internationally: (i) optimizing variant surveillance by including environmental monitoring; (ii) coordinating laboratory assessment of variant evolution and phenotype; (iii) linking data on circulating variants with clinical data; and (iv) expanding genomic surveillance to additional pathogens. Experience during the COVID-19 pandemic has shown that genomic surveillance of pathogens can provide essential, timely and evidence-based information for public health decision-making. Depuis le début de la pandémie de coronavirus survenue en 2019 (COVID-19), de nombreux variants du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) sont apparus, certains entraînant une forte augmentation du nombre d'infections, d'hospitalisations et de décès dans le monde. L'impact du virus sur la santé publique dépend de nombreux facteurs, notamment l'émergence de nouveaux variants viraux et leur propagation à l'échelle mondiale. Par conséquent, la détection précoce et la surveillance des variants ainsi que la caractérisation de leurs effets cliniques sont essentielles pour évaluer leur risque pour la santé. La capacité sans précédent de séquençage du génome viral et de partage des données, capacité mise en place à l'échelle mondiale pendant la pandémie, a permis de détecter et d'évaluer rapidement de nouveaux variants. Le présent article décrit les principaux variants circulant dans le monde entre janvier 2020 et juin 2023, les caractéristiques génétiques à l'origine de leur évolution et leur impact épidémiologique dans les différents pays et régions. Ensuite, nous expliquerons comment l'intégration de la surveillance des variants génétiques aux données épidémiologiques et à la surveillance fondée sur les événements, par l'intermédiaire d'un réseau de partenaires de l'Organisation mondiale de la santé, a permis de faciliter l'évaluation des risques et de fournir des orientations sur les mesures à prendre en période de pandémie. En outre, compte tenu des caractéristiques évolutives des variants en circulation et de l'état immunitaire des populations, nous proposons des orientations futures pour une surveillance génomique durable des variants du SARS-CoV-2, au niveau tant national qu'international: (i) optimiser la surveillance des variants en incluant le suivi environnemental; (ii) coordonner l'évaluation en laboratoire de l'évolution des variants et du phénotype; (iii) établir un lien entre les données sur les variants en circulation et les données cliniques; et (iv) étendre la surveillance génomique à d'autres agents pathogènes. L'expérience de la pandémie de COVID-19 a mis en évidence que la surveillance génomique des agents pathogènes peut fournir en temps utile des informations essentielles fondées sur des preuves en vue de la prise de décisions en matière de santé publique. Desde el inicio de la pandemia de la enfermedad por coronavirus de 2019 (COVID-19), han aparecido numerosas variantes del coronavirus de tipo 2 causante del síndrome respiratorio agudo severo (SRAS-CoV-2), algunas de las que han provocado un gran aumento de las infecciones, hospitalizaciones y muertes en todo el mundo. El impacto del virus en la salud pública depende de muchos factores, entre ellos la aparición de nuevas variantes víricas y su propagación mundial. En consecuencia, la detección y vigilancia tempranas de las variantes y la caracterización de sus efectos clínicos son vitales para evaluar su riesgo sanitario. La capacidad sin precedentes de secuenciación genómica viral y de intercambio de datos creada a nivel mundial durante la pandemia ha permitido detectar y evaluar rápidamente variantes nuevas. En este artículo se describen las principales variantes que circulan a nivel mundial entre enero de 2020 y junio de 2023, la característica genética que impulsa la evolución de las variantes y el impacto epidemiológico de estas variantes en los diferentes países y regiones. En segundo lugar, se informa de cómo la integración de la vigilancia de variantes genéticas con los datos epidemiológicos y la vigilancia basada en eventos, a través de una red de asociados de la Organización Mundial de la Salud, apoyó la evaluación de riesgos y ayudó a proporcionar orientación sobre las respuestas a la pandemia. Además, dadas las características evolutivas de las variantes circulantes y el estado inmunitario de las poblaciones, se proponen orientaciones futuras para la vigilancia genómica sostenible de las variantes del SRAS-CoV-2, tanto a nivel nacional como internacional: (i) optimizar la vigilancia de las variantes mediante la inclusión de la monitorización ambiental; (ii) coordinar la evaluación de laboratorio de la evolución y el fenotipo de las variantes; (iii) vincular los datos sobre las variantes circulantes con los datos clínicos; y (iv) ampliar la vigilancia genómica a patógenos adicionales. La experiencia durante la pandemia de la COVID-19 ha demostrado que la vigilancia genómica de patógenos puede proporcionar información esencial, oportuna y basada en evidencias para la toma de decisiones en materia de salud pública. منذ بداية جائحة مرض فيروس كورونا 2019 (كوفيد 19)، ظهرت العديد من متغيرات المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة لفيروس كورونا 2 (SARS-CoV-2)، وأدى بعضها إلى زيادات كبيرة في حالات العدوى، وحالات دخول المستشفى للعلاج، والوفيات على مستوى العالم. ويعتمد تأثير الفيروس على الصحة العامة على العديد من العوامل، بما في ذلك ظهور متغيرات فيروسية جديدة، وانتشارها على مستوى العالم. وبالتالي، فإن الكشف المبكر عن المتغيرات، ورصدها، وتوصيف آثارها الإكلينيكية، يعد أمر حيوي لتقييم مخاطرها الصحية. وقد أدت القدرة غير المسبوقة للتسلسل الجينومي الفيروسي، وتبادل البيانات التي تم بناؤها عالميًا أثناء الجائحة، إلى تمكين اكتشاف المتغيرات الجديدة وتقييمها بسرعة. تصف هذه المقالة المتغيرات الرئيسية المنتشرة عالميًا بين يناير/كانون ثاني 2020 ويونيو/حزيران 2023، والسمة الجينية التي تحفز تطور المتغيرات والتأثير الوبائي لهذه المتغيرات عبر الدول والمناطق. ثانيا، نحن نوضح كيف أن دمج رصد المتغيرات الجينية، مع البيانات الوبائية والرصد على أساس الأحداث، من خلال شبكة من شركاء منظمة الصحة العالمية، استطعنا دعم تقييم المخاطر وساعدنا في تقديم التوجيهات حول الاستجابات للجائحة. بالإضافة إلى ذلك، وبالنظر إلى الخصائص التطورية للمتغيرات المنتشرة، وحالة مناعية السكان، فإننا نقترح اتجاهات مستقبلية للرصد الجينومي المستدام لمتغيرات فيروس SARS-CoV-2، على الصعيدين الوطني والدولي: (1) تحسين رصد المتغيرات من خلال تضمين المراقبة البيئية؛ و(2) تنسيق التقييم المختبري لتطور المتغير والنموذج الظاهري؛ و(3) ربط بيانات المتغيرات المنتشرة بالبيانات الإكلينيكية؛ و(4) توسيع الرصد الجينومي لتشمل مسببات الأمراض الإضافية. أظهرت التجربة خلال جائحة كوفيد 19 أن الرصد الجينومي لمسببات الأمراض يمكن أن يوفر معلومات أساسية، وفي حينها، وقائمة على الأدلة، لاتخاذ القرارات المتعلقة بالصحة العامة. 自新型冠状病毒 (COVID-19) 疫情开始以来，出现了许多严重的急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 变异株，其中一些变异株导致全球感染、住院和死亡人数大幅增加。该病毒对公共卫生的影响取决于许多因素，包括新病毒变异株的出现及其在全球的传播。因此，早期检测和监测变异株及其临床效果对于评估其卫生风险至关重要。疫情期间，在全球范围内建立了前所未有的病毒基因组测序和数据共享能力，使得新的变异株能够得到快速检测和评估。本文介绍了 2020 年 1 月至 2023 年 6 月期间在全球范围内流行的主要变异株、驱动变异株进化的遗传特征以及这些变异株在不同国家和地区的流行病学影响。其次，我们报告了如何通过世界卫生组织合作伙伴网络，将遗传变异监测与流行病学数据和基于事件的监测相结合，以支持风险评估并帮助提供疫情应对指南。此外，鉴于流行变异株的进化特征和人群的免疫状态，我们提出了在国内和国际范围内对 SARS-CoV-2 变异株进行可持续基因组监测的未来方向：(i) 通过纳入环境监测来优化变异株监测；(ii) 综合变异株进化和表型的实验室评估；(iii) 将流行变异株的数据与临床数据联系起来；以及 (iv) 将基因组监测范围扩大到其它病原体。新冠肺炎疫情期间的经验表明，病原体的基因组监测可以为公共卫生决策提供必要、及时和基于事实证据的信息。. С начала пандемии коронавирусной инфекции 2019 года (COVID-19) появилось множество вариантов тяжелого острого респираторного синдрома, вызываемого коронавирусом 2 (SARS-CoV-2), и некоторые из них привели к значительному росту числа заражений, случаев госпитализации и смертности во всем мире. Влияние вируса на общественное здоровье зависит от многих факторов, в том числе от появления новых вариантов вируса и их распространения по всему миру. Следовательно, раннее выявление этих вариантов и наблюдение за ними, а также характеристика их клинических эффектов являются жизненно важными при оценке риска для здоровья. Благодаря уникальным возможностям секвенирования вирусных геномов и обмена данными, созданным во время пандемии в глобальном масштабе, удалось быстро обнаружить и оценить новые варианты вируса. В данной статье описаны основные варианты, распространенные в мире в период с января 2020 года по июнь 2023 года, генетическая особенность, определяющая эволюцию форм, и эпидемиологическое воздействие этих форм в разных странах и регионах. Во-вторых, сообщается, как интеграция эпиднадзора за генетическими вариантами с эпидемиологическими данными и эпиднадзором на основе событий с помощью сети партнеров Всемирной организации здравоохранения способствовала оценке рисков и помогла разработать рекомендации по ответным мерам на пандемию. Кроме того, с учетом эволюционных характеристик циркулирующих вариантов и иммунного статуса населения предложены перспективные направления устойчивого геномного надзора за вариантами SARS-CoV-2 на национальном и международном уровнях: (i) оптимизация надзора за вариантами путем включения мониторинга окружающей среды; (ii) координация лабораторной оценки эволюции и фенотипа вариантов; (iii) увязка данных о циркулирующих вариантах с клиническими данными; (iv) расширение геномного надзора на другие патогены. Опыт во время пандемии COVID-19 свидетельствует о том, что геномный надзор за патогенами может предоставить важную, своевременную и основанную на фактах информацию для общественного здравоохранения.

Informations de copyright

(c) 2023 The authors; licensee World Health Organization.