Site specific genetic differences in colorectal cancer via Next-Generation-Sequencing using a multigene panel.

Next-generation sequencing (NGS) has been proposed as a comprehensive and efficient genomic profiling tool to guide personalized therapy for colorectal cancer. This study aimed to review the site-specific difference and the potential benefits of actionable mutation panel for colorectal cancer in relation to the clinicopathological features. One hundred and six patients who underwent colorectal surgery with curative or palliative intent for histopathologically confirmed carcinoma between June 2016 and June 2018 were identified from a prospectively maintained database. Formalin-fixed, paraffin-embedded tumor tissues were analyzed for actionable variants in 11 genes via NGS (EGFR, ALK, KRAS, NRAS, KIT, BRAF, PDGFRA, ERBB2, ERBB3, ESR1, and RAF1). Most of the primary tumors were in the rectum (49 patients; 46.2%) followed by the right colon (32 patients; 30.1%) and left colon (25 patients; 23.5%), respectively. Of sequenced cases, 43 KRAS mutations, 7 EGFR mutations, 6 NRAS mutations, 6 BRAF mutations, 3 KIT mutations, 1 ERBB2 mutation, 1 PDGFRA mutation, and 1 RAF1 mutation were identified in 106 patients. The frequency of mutations is mostly concentrated on the right colon group. The highest drug resistance observed in all patients was against Cetuximab and Panitumumab, and the highest drug resistance was found in the right colon group (53.1%). The utility of actionable multigene panel revealed the value of a well-designed next-generation sequencing workflow in the practical use of clinical outcomes via the prediction of responsiveness to therapeutic agents or indications for novel treatment modalities in addition to prognosis estimate. Colorectal Cancer, Drug Resistance, Next-Generation Sequencing. Il sequenziamento di nuova generazione (NGS) è stato proposto come uno strumento di profilazione genomica completo ed efficiente per guidare la terapia personalizzata per il cancro del colon-retto. Questo studio mirava a rivedere la differenza sito-specifica e i potenziali benefici del pannello di mutazione attuabile per il cancro del colon-retto in relazione alle caratteristiche clinicopatologiche. 16 pazienti sottoposti a chirurgia colorettale con intento curativo o palliativo per carcinoma istopatologico confermato tra giugno 2016 e giugno 2018 sono stati identificati da un database mantenuto in modo prospettico. I tessuti tumorali fissati in formalina e inclusi in paraffina sono stati analizzati per le varianti utilizzabili in 11 geni tramite NGS (EGFR, ALK, KRAS, NRAS, KIT, BRAF, PDGFRA, ERBB2, ERBB3, ESR1 e RAF1). La maggior parte dei tumori primari erano nel retto (49 pazienti; 46,2%) seguito rispettivamente dal colon destro (32 pazienti; 30,1%) e sinistro (25 pazienti; 23,5%). Dei casi sequenziati, 43 mutazioni KRAS, 7 mutazioni EGFR, 6 mutazioni NRAS, 6 mutazioni BRAF, 3 mutazioni KIT, 1 mutazione ERBB2, 1 mutazione PDGFRA e 1 mutazione RAF1 sono state identificate in 106 pazienti. La frequenza delle mutazioni è per lo più concentrata sul gruppo del colon destro. La più alta resistenza ai farmaci osservata in tutti i pazienti è stata contro Cetuximab e Panitumumab e la più alta resistenza ai farmaci è stata riscontrata nel gruppo del colon destro (53,1%). L’utilità di un pannello multigene attuabile ha rivelato il valore di un flusso di lavoro di sequenziamento di nuova generazione ben progettato nell’uso pratico dei risultati clinici attraverso la previsione della reattività agli agenti terapeutici o indicazioni per nuove modalità di trattamento oltre alla stima della prognosi.