Endogenous Production and Vibrational Analysis of Heavy-Isotope-Labeled Peptides from Cyanobacteria.
Density Functional Theory
Mass spectrometry
Microcystis aeruginosa
peptides
vibrational spectroscopy
Journal
Chembiochem : a European journal of chemical biology
ISSN: 1439-7633
Titre abrégé: Chembiochem
Pays: Germany
ID NLM: 100937360
Informations de publication
Date de publication:
15 Mar 2024
15 Mar 2024
Historique:
revised:
31
01
2024
received:
10
01
2024
medline:
18
3
2024
pubmed:
5
2
2024
entrez:
4
2
2024
Statut:
ppublish
Résumé
Stable isotope labeling is an extremely useful tool for characterizing the structure, tracing the metabolism, and imaging the distribution of natural products in living organisms using mass-sensitive measurement techniques. In this study, a cyanobacterium was cultured in
Identifiants
pubmed: 38311594
doi: 10.1002/cbic.202400019
doi:
Substances chimiques
Peptides
0
Isotopes
0
Biological Products
0
Types de publication
Journal Article
Langues
eng
Sous-ensembles de citation
IM
Pagination
e202400019Subventions
Organisme : U.S. Geological Survey
ID : G18AC00311
Organisme : South Florida Water Management District
Organisme : Lawrence Livermore National Laboratory
ID : DE-AC52-07NA27344
Organisme : Florida Atlantic University
Informations de copyright
© 2024 Wiley-VCH GmbH.
Références
J. X. Cheng, X. S. Xie, Science 2015, 350, 6264.
A. Dazzi, C. B. Prater, Chem. Rev. 2017, 117, 5146-5173.
H. Yamakoshi, K. Dodo, A. Palonpon, J. Ando, K. Fujita, S. Kawata, M. Sodeoka, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 20681-20689.
A. F. Palonpon, J. Ando, H. Yamakoshi, K. Dodo, M. Sodeoka, S. Kawata, K. Fujita, Nature Protocols 2013, 8(4), 677-692.
J. Ye, S. A. Fox, M. Cudic, E. M. Rezler, J. L. Lauer, G. B. Fields, A. C. Terentis, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 980-988.
A. B. Zrimsek, N. Chiang, M. Mattei, S. Zaleski, M. O. McAnally, C. T. Chapman, A. I. Henry, G. C. Schatz, R. P. van Duyne, Chem. Rev. 2017, 117, 7583-7613.
S. G. Boxer, M. L. Kraft, P. K. Weber, Ann. Rev. Biophys. 2009, 38, 53-74.
S. A. Eichorst, F. Strasser, T. Woyke, A. Schintlmeister, M. Wagner, D. Woebken, FEMS Microbiol. Ecol. 2015, 91.
J. W. Schopf, B. M. Packer, Science 1987, 237, 70-73.
M. R. Jones, E. Pinto, M. A. Torres, F. Dörr, H. Mazur-Marzec, K. Szubert, L. Tartaglione, C. Dell'Aversano, C. O. Miles, D. G. Beach, P. McCarron, K. Sivonen, D. P. Fewer, J. Jokela, E. M. L. Janssen, Water Res. 2021, 196, 117017.
J. A. Van Santen, E. F. Poynton, D. Iskakova, E. Mcmann, T. A. Alsup, T. N. Clark, C. H. Fergusson, D. P. Fewer, A. H. Hughes, C. A. Mccadden, J. Parra, S. Soldatou, J. D. Rudolf, E. M. L. Janssen, K. R. Duncan, R. G. Linington, Nucleic Acids Res. 2022, 50, D1317-D1323.
R. Huang, J. Kubelka, W. Barber-Armstrong, R. A. G. D. Silva, S. M. Decatur, T. A. Keiderling, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 2346-2354.
D. Tillett, E. Dittmann, M. Erhard, H. von Döhren, T. Börner, B. A. Neilan, Chem. Biol. 2000, 7, 753-764.
A. Tooming-Klunderud, T. Rohrlack, K. Shalchian-Tabrizi, T. Kristensen, K. S. Jakobsen, Microbiology 2007, 153, 1382-1393.
N. Ziemert, K. Ishida, P. Quillardet, C. Bouchier, C. Hertweck, N. T. de Marsac, E. Dittmann, Appl. Environ. Microbiol. 2008, 74, 1791-1797.
N. L. McLellan, R. A. Manderville, Toxicol Res (Camb) 2017, 6, 391-405.
W. J. Fischer, S. Altheimer, V. Cattori, P. J. Meier, D. R. Dietrich, B. Hagenbuch, Toxicol. Appl. Pharmacol. 2005, 203, 257-263.
C. MacKintosh, K. A. Beattie, S. Klumpp, P. Cohen, G. A. Codd, FEBS Lett. 1990, 264, 187-192.
M. Cornel, O. Lukas, I. Tomio, W. A. Königc, B. H. Michael, W. Jurgen, J. Antibiot. (Tokyo) 1993, 46, 1550-1556.
R. Natumi, E. M. L. Janssen, Environ. Sci. Technol. 2020, 54, 6063-6072.
M. Racine, A. Saleem, F. R. Pick, Toxins 2019, 11, 723.
H. Gross, V. O. Stockwell, M. D. Henkels, B. Nowak-Thompson, J. E. Loper, W. H. Gerwick, Chem Biol 2007, 14, 53-63.
R. B. Kinnel, E. Esquenazi, T. Leao, N. Moss, E. Mevers, A. R. Pereira, E. A. Monroe, A. Korobeynikov, T. F. Murray, D. Sherman, L. Gerwick, P. C. Dorrestein, W. H. Gerwick, J. Nat. Prod. 2017, 80, 1514-1521.
D. S. May, C. M. Crnkovic, A. Krunic, T. A. Wilson, J. R. Fuchs, J. E. Orjala, ACS Chem. Biol. 2020, 15, 758-765.
F. Quilès, F. Humbert, A. Delille, Spectrochim. Acta Part A 2010, 75, 610-616.
M. Li, D. P. Canniffe, P. J. Jackson, P. A. Davison, S. Fitzgerald, M. J. Dickman, J. G. Burgess, C. N. Hunter, W. E. Huang, ISME J. 2012, 6, 875-885.
R. A. Halvorson, W. Leng, P. J. Vikesland, Anal. Chem. 2011, 83, 9273-9280.
S. Krimm, J. Bandekar, Adv. Protein Chem. 1986, 38, 181-364.
M. F. DeCamp, L. DeFlores, J. M. McCracken, A. Tokmakoff, K. Kwac, M. Cho, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11016-11026.
J. Kubelka, T. A. Keiderling, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12048-12058.
A. E. Williams, N. I. Hammer, R. C. Fortenberry, D. N. Reinemann, Molecules 2021, 26, 4790.
R. A. G. D. Silva, J. Kubelka, P. Bour, S. M. Decatur, T. A. Keiderling, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 8318-8323.
S. Yu. Venyaminov, J. F. Hedstrom, F. G. Prendergast, Proteins Struct. Funct. Bioinf. 2001, 45, 81-89.
K. J. Halverson, I. Sucholeiki, T. T. Ashburn, P. T. L. Jr., J. Am. Chem. Soc. 2002, 113, 6701-6703.
J. C. Zapata Trujillo, L. K. McKemmish, Wiley Interdiscip. Rev.: Comput. Mol. Sci. 2022, 12, e1584, DOI 10.1002/WCMS.1584.
A. M. Woys, A. M. Almeida, L. Wang, C. C. Chiu, M. McGovern, J. J. de Pablo, J. L. Skinner, S. H. Gellman, M. T. Zanni, J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 19118-19128.
C. Zhao, Y. Kim, Y. Zeng, M. Li, X. Wang, C. Hu, C. Gorman, S. Y. Dai, S. Y. Ding, J. S. Yuan, ACS Synth. Biol. 2018, 7, 774-781.
K. T. Dayie, Int. J. Mol. Sci. 2008, 9, 1214-1240.
A. Taton, S. Rohrer, B. Diaz, R. Reher, A. M. Caraballo Rodriguez, M. L. Pierce, P. C. Dorrestein, L. Gerwick, W. H. Gerwick, J. W. Golden, ACS Chem. Biol. 2022, 17, 1910-1923.