Fine-scale genomic analyses of admixed individuals reveal unrecognized genetic ancestry components in Argentina.


Journal

PloS one
ISSN: 1932-6203
Titre abrégé: PLoS One
Pays: United States
ID NLM: 101285081

Informations de publication

Date de publication:
2020
Historique:
received: 31 01 2020
accepted: 12 05 2020
entrez: 17 7 2020
pubmed: 17 7 2020
medline: 9 9 2020
Statut: epublish

Résumé

Similarly to other populations across the Americas, Argentinean populations trace back their genetic ancestry into African, European and Native American ancestors, reflecting a complex demographic history with multiple migration and admixture events in pre- and post-colonial times. However, little is known about the sub-continental origins of these three main ancestries. We present new high-throughput genotyping data for 87 admixed individuals across Argentina. This data was combined to previously published data for admixed individuals in the region and then compared to different reference panels specifically built to perform population structure analyses at a sub-continental level. Concerning the Native American ancestry, we could identify four Native American components segregating in modern Argentinean populations. Three of them are also found in modern South American populations and are specifically represented in Central Andes, Central Chile/Patagonia, and Subtropical and Tropical Forests geographic areas. The fourth component might be specific to the Central Western region of Argentina, and it is not well represented in any genomic data from the literature. As for the European and African ancestries, we confirmed previous results about origins from Southern Europe, Western and Central Western Africa, and we provide evidences for the presence of Northern European and Eastern African ancestries.

Identifiants

pubmed: 32673320
doi: 10.1371/journal.pone.0233808
pii: PONE-D-20-02648
pmc: PMC7365470
doi:

Substances chimiques

Genetic Markers 0
DNA 9007-49-2

Types de publication

Journal Article Research Support, Non-U.S. Gov't

Langues

eng

Sous-ensembles de citation

IM

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e0233808

Déclaration de conflit d'intérêts

I have read the journal's policy and the authors of this manuscript have the following competing interests: PL provides consulting services to myDNAmap S.L. JMB and JZ are employed by Biocódices S.A. HD is the scientific director of Biocódices S.A. This does not alter our adherence to PLOS ONE policies on sharing data and materials.

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Auteurs

Pierre Luisi (P)

Departamento de Antropología, Facultad de Filosofía y Humanidades, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.

Angelina García (A)

Departamento de Antropología, Facultad de Filosofía y Humanidades, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.
Instituto de Antropología de Córdoba (IDACOR), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.
Universidad Nacional de Córdoba, Facultad de Filosofía y Humanidades, Museo de Antropología, Córdoba, Argentina.

Juan Manuel Berros (JM)

Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Laboratorio de Análisis de Datos, Biocódices S.A., Buenos Aires, Argentina.

Josefina M B Motti (JMB)

Núcleo de Estudios Interdisciplinarios de Poblaciones Humanas de Patagonia Austral (NEIPHA), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires, Quequén, Argentina.

Darío A Demarchi (DA)

Departamento de Antropología, Facultad de Filosofía y Humanidades, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.
Instituto de Antropología de Córdoba (IDACOR), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.
Universidad Nacional de Córdoba, Facultad de Filosofía y Humanidades, Museo de Antropología, Córdoba, Argentina.

Emma Alfaro (E)

Instituto de Ecorregiones Andinas (INECOA), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional de Jujuy, Jujuy, Argentina.
Instituto de Biología de la Altura, Universidad Nacional de Jujuy, Jujuy, Argentina.

Eliana Aquilano (E)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

Carina Argüelles (C)

Departamento de Genética, Grupo de Investigación en Genética Aplicada (GIGA), Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales, Instituto de Biología Subtropical (IBS)-Nodo Posadas, Universidad Nacional de Misiones (UNaM)-Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, Posadas, Argentina.
Cátedra de Biología Molecular, Carrera de Medicina, Facultad de Ciencias de la Salud, Universidad Católica de las Misiones (UCAMI), Posadas, Argentina.

Sergio Avena (S)

Instituto de Ciencias Antropológicas (ICA), Facultad de Filosofía y Letras, Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina.
Centro de Estudios Biomédicos, Biotecnológicos, Ambientales y Diagnóstico (CEBBAD), Universidad Maimónides, Buenos Aires, Argentina.

Graciela Bailliet (G)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

Julieta Beltramo (J)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.
Laboratorio de Análisis Comparativo de ADN, Corte Suprema de Justicia de la Provincia de Buenos Aires, La Plata, Argentina.

Claudio M Bravi (CM)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

Mariela Cuello (M)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

Cristina Dejean (C)

Instituto de Ciencias Antropológicas (ICA), Facultad de Filosofía y Letras, Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina.
Centro de Estudios Biomédicos, Biotecnológicos, Ambientales y Diagnóstico (CEBBAD), Universidad Maimónides, Buenos Aires, Argentina.

José Edgardo Dipierri (JE)

Instituto de Biología de la Altura, Universidad Nacional de Jujuy, Jujuy, Argentina.

Laura S Jurado Medina (LS)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

José Luis Lanata (JL)

Instituto de Investigaciones en Diversidad Cultural y Procesos de Cambio (IIDyPCa), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional de Río Negro, San Carlos de Bariloche, Argentina.

Marina Muzzio (M)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

María Laura Parolin (ML)

Instituto de Diversidad y Evolución Austral (IDEAus), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Centro Nacional Patagónico, Puerto Madryn, Argentina.

Maia Pauro (M)

Departamento de Antropología, Facultad de Filosofía y Humanidades, Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.
Instituto de Antropología de Córdoba (IDACOR), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Universidad Nacional de Córdoba, Córdoba, Argentina.
Universidad Nacional de Córdoba, Facultad de Filosofía y Humanidades, Museo de Antropología, Córdoba, Argentina.

Paula B Paz Sepúlveda (PB)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

Daniela Rodríguez Golpe (D)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

María Rita Santos (MR)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

Marisol Schwab (M)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

Natalia Silvero (N)

Instituto Multidisciplinario de Biología Celular (IMBICE), Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Comisión de Investigaciones Científicas - Universidad Nacional de La Plata, La Plata, Argentina.

Jeremias Zubrzycki (J)

Laboratorio de Genómica. Biocódices S.A., Buenos Aires, Argentina.

Virginia Ramallo (V)

Instituto Patagónico de Ciencias Sociales y Humanas (IPCSH) - Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas-Centro Nacional Patagónico, Puerto Madryn, Argentina.

Hernán Dopazo (H)

Departamento de Ecología, Genética y Evolución, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, Universidad de Buenos Aires, Buenos Aires, Argentina.
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas - Biocodices S.A., Buenos Aires, Argentina.

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