Automated identification and quantification of metabolites in human fecal extracts by nuclear magnetic resonance spectroscopy.
1H NMR
automation
fecal extracts
fecal spectral library
metabolite identification
metabolite quantification
software
Journal
Magnetic resonance in chemistry : MRC
ISSN: 1097-458X
Titre abrégé: Magn Reson Chem
Pays: England
ID NLM: 9882600
Informations de publication
Date de publication:
12 2023
12 2023
Historique:
revised:
03
05
2023
received:
10
02
2023
accepted:
18
05
2023
medline:
27
11
2023
pubmed:
2
6
2023
entrez:
2
6
2023
Statut:
ppublish
Résumé
We report the development of a software program, called MagMet-F, that automates the processing and quantification of 1D
Types de publication
Review
Journal Article
Research Support, Non-U.S. Gov't
Research Support, N.I.H., Extramural
Langues
eng
Sous-ensembles de citation
IM
Pagination
705-717Subventions
Organisme : Genome Alberta
ID : TMIC MC4
Organisme : Canadian Institutes of Health Research (CIHR)
ID : FS 148461
Organisme : Canada Foundation for Innovation (CFI)
ID : MSIF 35456
Organisme : National Institutes of Health (NIH)
ID : 1U24AT010811-01
Informations de copyright
© 2023 The Authors. Magnetic Resonance in Chemistry published by John Wiley & Sons Ltd.
Références
Z. Y. Kho, S. K. Lal, Front. Microbiol. 2018, 9, 9.
R.-X. Ding, W.-R. Goh, R.-N. Wu, X.-Q. Yue, X. Luo, W. Khine, J.-R. Wu, Y.-K. Lee, J. Food Drug Anal. 2019, 27, 623.
C. Rose, A. Parker, B. Jefferson, E. Cartmell, Crit. Rev. Environ. Sci. Technol. 2015, 45, 1827.
S. Liang, Z. Hou, X. Li, J. Wang, L. Cai, R. Zhang, J. Li, RSC Adv. 2019, 9, 29973.
J. S. Lee, S. Y. Kim, Y. S. Chun, Y. J. Chun, S. Y. Shin, C. H. Choi, H. K. Choi, Neurogastroenterol. Motil. 2020, 32, e13830.
D. Beyoğlu, J. R. Idle, Metabolites 2020, 10, 50.
N. Karu, L. Deng, M. Slae, A. C. Guo, T. Sajed, H. Huynh, E. Wine, D. S. Wishart, Anal. Chim. Acta 2018, 1030, 1.
J. Xu, Q. F. Zhang, J. Zheng, B. F. Yuan, Y. Q. Feng, TrAC 2019, 112, 161.
I. B. Jeffery, A. Das, E. O'Herlihy, S. Coughlan, K. Cisek, M. Moore, F. Bradley, T. Carty, M. Pradhan, C. Dwibedi, F. Shanahan, P. W. O'Toole, Gastroenterology 2020, 158, 1016.
S. Vascellari, V. Palmas, M. Melis, S. Pisanu, R. Cusano, P. Uva, D. Perra, V. Madau, M. Sarchioto, V. Oppo, N. Simola, M. Morelli, M. L. Santoru, L. Atzori, M. Melis, G. Cossu, A. Manzin, mSystems 2020, 5, e00561.
A.-H. Emwas, E. Saccenti, X. Gao, R. T. McKay, V. A. P. M. dos Santos, R. Roy, D. S. Wishart, Metabolomics 2018, 14, 31.
H. U. Zacharias, M. Altenbuchinger, W. Gronwald, Metabolites 2018, 8, 47.
S. Ravanbakhsh, P. Liu, T. C. Bjordahl, R. Mandal, J. R. Grant, M. Wilson, R. Eisner, I. Sinelnikov, X. Hu, C. Luchinat, R. Greiner, D. S. Wishart, PLoS ONE 2015, 10, e0124219.
J. Hao, M. Liebeke, W. Astle, M. de Iorio, J. G. Bundy, T. M. D. Ebbels, Nat. Protoc. 2014, 9, 1416.
P. Tardivel, C. Canlet, G. Lefort, M. Tremblay-Franco, L. Debrauwer, D. Concordet, R. Servien, Metabolomics 2017, 13, 109.
D. Cañueto, J. Gómez, R. M. Salek, X. Correig, N. Cañellas, Metabolomics 2018, 14, 24.
D. S. Wishart, D. Tzur, C. Knox, R. Eisner, A. C. Guo, N. Young, D. Cheng, K. Jewell, D. Arndt, S. Sawhney, C. Fung, L. Nikolai, M. Lewis, M. A. Coutouly, I. Forsythe, P. Tang, S. Shrivastava, K. Jeroncic, P. Stothard, G. Amegbey, D. Block, D. D. Hau, J. Wagner, J. Miniaci, M. Clements, M. Gebremedhin, N. Guo, Y. Zhang, G. E. Duggan, G. D. MacInnis, A. M. Weljie, R. Dowlatabadi, F. Bamforth, D. Clive, R. Greiner, L. Li, T. Marrie, B. D. Sykes, H. J. Vogel, L. Querengesser, Nucleic Acids Res. 2007, 35, D521.
D. S. Wishart, A. Guo, E. Oler, F. Wang, A. Anjum, H. Peters, R. Dizon, Z. Sayeeda, S. Tian, B. L. Lee, M. Berjanskii, R. Mah, M. Yamamoto, J. Jovel, C. Torres-Calzada, M. Hiebert-Giesbrecht, V. W. Lui, D. Varshavi, D. Varshavi, D. Allen, D. Arndt, N. Khetarpal, A. Sivakumaran, K. Harford, S. Sanford, K. Yee, X. Cao, Z. Budinski, J. Liigand, L. Zhang, J. Zheng, R. Mandal, N. Karu, M. Dambrova, H. B. Schiöth, R. Greiner, V. Gautam, Nucleic Acids Res. 2022, 50, D622.
K. M. Drall, H. M. Tun, N. P. Morales-Lizcano, T. B. Konya, D. S. Guttman, C. J. Field, R. Mandal, D. S. Wishart, A. B. Becker, M. B. Azad, D. L. Lefebvre, P. J. Mandhane, T. J. Moraes, M. R. Sears, S. E. Turvey, P. Subbarao, J. A. Scott, A. L. Kozyrskyj, Front. Immunol. 2019, 10, 2866.
M. Cui, A. Trimigno, V. Aru, B. Khakimov, S. B. Engelsen, Anal. Chem. 2020, 92, 9546.
J. J. Helmus, C. P. Jaroniec, J. Biomol. NMR 2013, 55, 355.
S. L. Bridgman, M. B. Azad, C. J. Field, A. M. Haqq, A. B. Becker, P. J. Mandhane, P. Subbarao, S. E. Turvey, M. R. Sears, J. A. Scott, D. S. Wishart, Front. Nutr. 2017, 4, 11.
X. He, M. Parenti, T. Grip, B. Lönnerdal, N. Timby, M. Domellöf, O. Hernell, C. M. Slupsky, Sci. Rep. 2019, 9, 11589.
P. Vernocchi, F. Del Chierico, A. Russo, F. Majo, M. Rossitto, M. Valerio, L. Casadei, A. La Storia, F. De Filippis, C. Rizzo, C. Manetti, P. Paci, D. Ercolini, F. Marini, E. V. Fiscarelli, B. Dallapiccola, V. Lucidi, A. Miccheli, L. Putignani, PLoS ONE 2018, 13, e0208171.
G. Le Gall, S. O. Noor, K. Ridgway, L. Scovell, C. Jamieson, I. T. Johnson, I. J. Colquhoun, E. K. Kemsley, A. Narbad, J. Proteome Res. 2011, 10, 4208.
S. Lamichhane, C. C. Yde, M. S. Schmedes, H. M. Jensen, S. Meier, H. C. Bertram, Anal. Chem. 2015, 87, 5930.
S. Kostidis, D. Kokova, N. Dementeva, I. V. Saltykova, H. K. Kim, Y. H. Choi, O. A. Mayboroda, BMC Infect. Dis. 2017, 17, 275.
C. Martias, N. Baroukh, S. Mavel, H. Blasco, A. Lefèvre, L. Roch, F. Montigny, J. Gatien, L. Schibler, D. Dufour-Rainfray, L. Nadal-Desbarats, P. Emond, Molecules 2021, 26, 4111.
C. L. J. Brown, H. Scott, C. Mulik, A. S. Freund, M. P. Opyr, G. A. S. Metz, G. Douglas Inglis, T. Montina, Metabolites 2022, 12, 148.
R. T. Mckay, Concept Magn Reson Part A Bridg Educ Res 2011, 38 A, 197.