Titre : Rome

Rome : Questions médicales fréquentes

Termes MeSH sélectionnés :

DNA Transposable Elements
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Sources (10000 au total)

Statistical learning quantifies transposable element-mediated cis-regulation.

Transposable elements (TEs) have colonized the genomes of most metazoans, and many TE-embedded sequences function as cis-regulatory elements (CREs) for genes involved in a wide range of biological pro... Here, we directly test this hypothesis through mathematical modeling and demonstrate that differences in expression at protein-coding genes alone are sufficient to estimate the magnitude and significa... Our results suggest that TE-embedded CREs contribute to gene regulation during and beyond gastrulation. On a methodological level, we provide a statistical tool that infers TE-dependent cis-regulation...

DNA methylation in transposable elements buffers the connection between three-dimensional chromatin organization and gene transcription upon rice genome duplication.

Polyploidy is a major force in plant evolution and the domestication of cultivated crops.... The study aimed to explore the relationship and underlying mechanism between three-dimensional (3D) chromatin organization and gene transcription upon rice genome duplication.... The 3D chromatin structures between diploid (2C) and autotetraploid (4C) rice were compared using high-throughput chromosome conformation capture (Hi-C) analysis. The study combined genetics, transcri... We found that 4C rice presents weakened intra-chromosomal interactions compared to its 2C progenitor in some chromosomes. In addition, we found that changes of 3D chromatin organizations including chr... The study proposed that the rice genome doubling might modulate TE methylation to buffer the effects of chromatin architecture on gene transcription in compartment A/B switched regions and TAD boundar...