Next-Generation Sequencing Reveals Differential Responses to Acute versus Long-Term Exposures to Graphene Oxide in Human Lung Cells.
RNA sequencing
apoptosis
graphene oxide
lung cells
transcriptomics
Journal
Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany)
ISSN: 1613-6829
Titre abrégé: Small
Pays: Germany
ID NLM: 101235338
Informations de publication
Date de publication:
05 2020
05 2020
Historique:
received:
31
12
2019
revised:
20
02
2020
accepted:
24
02
2020
pubmed:
1
4
2020
medline:
15
5
2021
entrez:
1
4
2020
Statut:
ppublish
Résumé
Numerous studies have addressed the biological impact of graphene-based materials including graphene oxide (GO), yet few have focused on long-term effects. Here, RNA sequencing is utilized to unearth responses of human lung cells to GO. To this end, the BEAS-2B cell line derived from normal human bronchial epithelium is subjected to repeated, low-dose exposures of GO (1 or 5 µg mL
Identifiants
pubmed: 32227449
doi: 10.1002/smll.201907686
doi:
Substances chimiques
graphene oxide
0
Graphite
7782-42-5
Types de publication
Journal Article
Research Support, Non-U.S. Gov't
Langues
eng
Sous-ensembles de citation
IM
Pagination
e1907686Subventions
Organisme : European Commission
ID : 696656
Pays : International
Informations de copyright
© 2020 WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim.
Références
B. Fadeel, L. Farcal, B. Hardy, S. Vazquez-Campos, D. Hristozov, A. Marcomini, I. Lynch, E. Valsami-Jones, H. Alenius, K. Savolainen, Nat. Nanotechnol. 2018, 13, 537.
K. Paunovska, D. Loughrey, C. D. Sago, R. Langer, J. E. Dahlman, Adv. Mater. 2019, 31, 1902798.
Z. Wang, M. Gerstein, M. Snyder, Nat. Rev. Genet. 2009, 10, 57.
N. Feliu, P. Kohonen, J. Ji, Y. Zhang, H. L. Karlsson, L. Palmberg, A. Nyström, B. Fadeel, ACS Nano 2015, 9, 146.
H. D. Mitchell, L. M. Markillie, W. B. Chrisler, M. J. Gaffrey, D. Hu, C. J. Szymanski, Y. Xie, E. S. Melby, A. Dohnalkova, R. C. Taylor, E. K. Grate, S. K. Cooley, J. E. McDermott, A. Heredia-Langner, G. Orr, ACS Nano 2016, 10, 10173.
J. Bornholdt, A. T. Saber, B. Lilje, M. Boyd, M. Jorgensen, Y. Chen, M. Vitezic, N. R. Jacobsen, S. S. Poulsen, T. Berthing, S. Bressendorff, K. Vitting-Seerup, R. Andersson, K. S. Hougaard, C. L. Yauk, S. Halappanavar, H. Wallin, U. Vogel, A. Sandelin, ACS Nano 2017, 11, 3597.
M. Mortimer, N. Devarajan, D. Li, P. A. Holden, ACS Nano 2018, 12, 2728.
B. Fadeel, C. Bussy, S. Merino, E. Vazquez, E. Flahaut, F. Mouchet, L. Evariste, L. Gauthier, A. J. Koivisto, U. Vogel, C. Martin, L. G. Delogu, T. Buerki-Thurnherr, P. Wick, D. Beloin-Saint-Pierre, R. Hischier, M. Pelin, F. Candotto Carniel, M. Tretiach, F. Cesca, F. Benfenati, D. Scaini, L. Ballerini, K. Kostarelos, M. Prato, A. Bianco, ACS Nano 2018, 12, 10582.
J. Ma, R. Liu, X. Wang, Q. Liu, Y. Chen, R. P. Valle, Y. Y. Zuo, T. Xia, S. Liu, ACS Nano 2015, 9, 10498.
N. Chatterjee, J. S. Yang, K. Park, S. M. Oh, J. Park, J. Choi, Environ. Health Toxicol. 2015, 30, e2015007.
S. Mittal, V. Kumar, N. Dhiman, L. K. Chauhan, R. Pasricha, A. K. Pandey, Sci. Rep. 2016, 6, 39548.
M. Peruzynska, K. Cendrowski, M. Barylak, M. Tkacz, K. Piotrowska, M. Kurzawski, E. Mijowska, M. Drozdzik, Toxicol. In Vitro 2017, 41, 205.
A. F. Rodrigues, L. Newman, D. A. Jasim, I. A. Vacchi, C. Menard-Moyon, L. E. Crica, A. Bianco, K. Kostarelos, C. Bussy, Arch. Toxicol. 2018, 92, 3359.
A. F. Rodrigues, L. Newman, N. Lozano, S. P. Mukherjee, B. Fadeel, C. Bussy, K. Kostarelos, 2D Mater. 2018, 5, 035020.
S. P. Mukherjee, K. Kostarelos, B. Fadeel, Adv. Healthcare Mater. 2018, 7, 1700815.
L. Wang, S. Luanpitpong, V. Castranova, W. Tse, Y. Lu, V. Pongrakhananon, Y. Rojanasakul, Nano Lett. 2011, 11, 2796.
G. Vales, L. Rubio, R. Marcos, Nanotoxicology 2015, 9, 568.
W. H. Choo, C. H. Park, S. E. Jung, B. Moon, H. Ahn, J. S. Ryu, K. S. Kim, Y. H. Lee, I. J. Yu, S. M. Oh, Toxicol. In Vitro 2016, 37, 41.
J. F. Lechner, A. Haugen, I. A. McClendon, E. W. Pettis, In Vitro 1982, 18, 633.
J. F. Lechner, A. Haugen, I. A. McClendon, A. M. Shamsuddin, Differentiation 1984, 25, 229.
W. Huber, V. J. Carey, R. Gentleman, S. Anders, M. Carlson, B. S. Carvalho, H. C. Bravo, S. Davis, L. Gatto, T. Girke, R. Gottardo, F. Hahne, K. D. Hansen, R. A. Irizarry, M. Lawrence, M. I. Love, J. MacDonald, V. Obenchain, A. K. Oles, H. Pages, A. Reyes, P. Shannon, G. K. Smyth, D. Tenenbaum, L. Waldron, M. Morgan, Nat. Methods 2015, 12, 115.
M. D. Robinson, D. J. McCarthy, G. K. Smyth, Bioinformatics 2010, 26, 139.
A. Krämer, J. Green, J. Pollard, S. Tugendreich, Bioinformatics 2014, 30, 523.
W. da Huang, B. T. Sherman, R. A. Lempicki, Nat. Protoc. 2009, 4, 44.
R. Singh, A. Letai, K. Sarosiek, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2019, 20, 175.
G. S. Salvesen, C. S. Duckett, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2002, 3, 401.
D. W. Nicholson, A. Ali, N. A. Thornberry, J. P. Vaillancourt, C. K. Ding, M. Gallant, Y. Gareau, P. R. Griffin, M. Labelle, Y. A. Lazebnik, N. A. Munday, M. R. Sayyaparaju, M. E. Smulson, T. T. Yamin, V. L. Yu, D. K. Miller, Nature 1995, 376, 37.
S. Jitkaew, A. Trebinska, E. Grzybowska, G. Carlsson, A. Nordström, J. Lehtiö, A. S. Fröjmark, N. Dahl, B. Fadeel, J. Biol. Chem. 2009, 284, 27827.
M. Polimeni, G. R. Gulino, E. Gazzano, J. Kopecka, A. Marucco, I. Fenoglio, F. Cesano, L. Campagnolo, A. Magrini, A. Pietroiusti, D. Ghigo, E. Aldieri, Part. Fibre Toxicol. 2015, 13, 27.
A. R. Gliga, S. Di Bucchianico, J. Lindvall, B. Fadeel, H. L. Karlsson, Sci. Rep. 2018, 8, 6668.
M. Pelin, L. Fusco, V. Leon, C. Martin, A. Criado, S. Sosa, E. Vazquez, A. Tubaro, M. Prato, Sci. Rep. 2017, 7, 40572.
M. Pelin, L. Fusco, C. Martin, S. Sosa, J. Frontinan-Rubio, J. M. Gonzalez-Dominguez, M. Duran-Prado, E. Vazquez, M. Prato, A. Tubaro, Nanoscale 2018, 10, 11820.
N. Chatterjee, H. J. Eom, J. Choi, Biomaterials 2014, 35, 1109.
Y. Li, Y. Liu, Y. Fu, T. Wei, L. Le Guyader, G. Gao, R. S. Liu, Y. Z. Chang, C. Chen, Biomaterials 2012, 33, 402.
X. Zhang, Q. Zhou, W. Zou, X. Hu, Environ. Sci. Technol. 2017, 51, 7861.
A. F. Rodrigues, L. Newman, D. Jasim, S. P. Mukherjee, J. Wang, I. A. Vacchi, C. Ménard-Moyon, A. Bianco, B. Fadeel, K. Kostarelos, C. Bussy, unpublished.
K. E. Wilkinson, L. Palmberg, E. Witasp, M. Kupczyk, N. Feliu, P. Gerde, G. A. Seisenbaeva, B. Fadeel, S. E. Dahlen, V. G. Kessler, ACS Nano 2011, 5, 5312.
P. M. Costa, B. Fadeel, Toxicol. Appl. Pharmacol. 2016, 299, 101.
F. T. Andon, B. Fadeel, Acc. Chem. Res. 2013, 46, 733.
B. Fadeel, B. Zhivotovsky, S. Orrenius, FASEB J. 1999, 13, 1647.
X. B. Qiu, S. L. Markant, J. Yuan, A. L. Goldberg, EMBO J. 2004, 23, 800.
T. Bartke, C. Pohl, G. Pyrowolakis, S. Jentsch, Mol. Cell 2004, 14, 801.
P. Ebner, I. Poetsch, L. Deszcz, T. Hoffmann, J. Zuber, F. Ikeda, Nat. Commun. 2018, 9, 599.
Y. Hao, K. Sekine, A. Kawabata, H. Nakamura, T. Ishioka, H. Ohata, R. Katayama, C. Hashimoto, X. Zhang, T. Noda, T. Tsuruo, M. Naito, Nat. Cell Biol. 2004, 6, 849.
F. Li, Q. Huang, J. Chen, Y. Peng, D. R. Roop, J. S. Bedford, C. Y. Li, Sci. Signaling 2010, 3, ra13.
C. Nakahashi-Oda, K. G. Udayanga, Y. Nakamura, Y. Nakazawa, N. Totsuka, H. Miki, S. Iino, S. Tahara-Hanaoka, S. Honda, K. Shibuya, A. Shibuya, Nat. Immunol. 2016, 17, 441.
C. E. Fogarty, A. Bergmann, Curr. Top. Dev. Biol. 2015, 114, 241.
S. P. Mukherjee, N. Lozano, M. Kucki, A. E. Del Rio-Castillo, L. Newman, E. Vazquez, K. Kostarelos, P. Wick, B. Fadeel, PLoS One 2016, 11, e0166816.
A. Gallud, K. Klöditz, J. Ytterberg, N. Östberg, S. Katayama, T. Skoog, V. Gogvadze, Y. Z. Chen, D. Xue, S. Moya, J. Ruiz, D. Astruc, R. Zubarev, J. Kere, B. Fadeel, Sci. Rep. 2019, 9, 4366.
A. Dobin, C. A. Davis, F. Schlesinger, J. Drenkow, C. Zaleski, S. Jha, P. Batut, M. Chaisson, T. R. Gingeras, Bioinformatics 2013, 29, 15.
Y. Liao, G. K. Smyth, W. Shi, Bioinformatics 2014, 30, 923.
M. Pertea, G. M. Pertea, C. M. Antonescu, T. C. Chang, J. T. Mendell, S. L. Salzberg, Nat. Biotechnol. 2015, 33, 290.
L. Wang, S. Wang, W. Li, Bioinformatics 2012, 28, 2184.
S. Sayols, D. Scherzinger, H. Klein, BMC Bioinformatics. 2016, 17, 428.
A. R. Gliga, K. Edoff, F. Caputo, T. Källman, H. Blom, H. L. Karlsson, L. Ghibelli, E. Traversa, S. Ceccatelli, B. Fadeel, Sci. Rep. 2017, 7, 9284.
R. Ihaka, R. Gentleman, J. Comput. Graph. Stat. 1996, 5, 299.