Molecular Highway Patrol for Ribosome Collisions.
RNA
RQC
protein
stress response
translation quality control
Journal
Chembiochem : a European journal of chemical biology
ISSN: 1439-7633
Titre abrégé: Chembiochem
Pays: Germany
ID NLM: 100937360
Informations de publication
Date de publication:
17 10 2023
17 10 2023
Historique:
revised:
25
06
2023
received:
01
04
2023
medline:
23
10
2023
pubmed:
29
6
2023
entrez:
29
6
2023
Statut:
ppublish
Résumé
During translation, messenger RNAs (mRNAs) are decoded by ribosomes which can stall for various reasons. These include chemical damage, codon composition, starvation, or translation inhibition. Trailing ribosomes can collide with stalled ribosomes, potentially leading to dysfunctional or toxic proteins. Such aberrant proteins can form aggregates and favor diseases, especially neurodegeneration. To prevent this, both eukaryotes and bacteria have evolved different pathways to remove faulty nascent peptides, mRNAs and defective ribosomes from the collided complex. In eukaryotes, ubiquitin ligases play central roles in triggering downstream responses and several complexes have been characterized that split affected ribosomes and facilitate degradation of the various components. As collided ribosomes signal translation stress to affected cells, in eukaryotes additional stress response pathways are triggered when collisions are sensed. These pathways inhibit translation and modulate cell survival and immune responses. Here, we summarize the current state of knowledge about rescue and stress response pathways triggered by ribosome collisions.
Identifiants
pubmed: 37382189
doi: 10.1002/cbic.202300264
doi:
Substances chimiques
Ubiquitin
0
Ubiquitin-Protein Ligases
EC 2.3.2.27
Types de publication
Journal Article
Review
Research Support, Non-U.S. Gov't
Langues
eng
Sous-ensembles de citation
IM
Pagination
e202300264Informations de copyright
© 2023 The Authors. ChemBioChem published by Wiley-VCH GmbH.
Références
C. L. Simms, L. L. Yan, H. S. Zaher, Mol. Cell 2017, 68, 361-373.e5.
K. Ikeuchi, P. Tesina, Y. Matsuo, T. Sugiyama, J. Cheng, Y. Saeki, K. Tanaka, T. Becker, R. Beckmann, T. Inada, EMBO J. 2019, 38, e100276.
S. Juszkiewicz, V. Chandrasekaran, Z. Lin, S. Kraatz, V. Ramakrishnan, R. S. Hegde, Mol. Cell 2018, 72, 469-481.e7.
M. K. Doma, R. Parker, Nature 2006, 440, 561-4.
C. L. Simms, B. H. Hudson, J. W. Mosior, A. S. Rangwala, H. S. Zaher, Cell Rep. 2014, 9, 1256-1264.
L. L. Yan, C. L. Simms, F. McLoughlin, R. D. Vierstra, H. S. Zaher, Nat. Commun. 2019, 10, 5611.
P. A. Frischmeyer, A. van Hoof, K. O'Donnell, A. L. Guerrerio, R. Parker, H. C. Dietz, Science 2002, 295, 2258-61.
A. van Hoof, P. A. Frischmeyer, H. C. Dietz, R. Parker, Science 2002, 295, 2262-2264.
D. P. Letzring, K. M. Dean, E. J. Grayhack, RNA 2010, 16, 2516-2528.
P. Tesina, L. N. Lessen, R. Buschauer, J. Cheng, C. C.-C. Wu, O. Berninghausen, A. R. Buskirk, T. Becker, R. Beckmann, R. Green, EMBO J. 2020, 39, e103365.
V. Chandrasekaran, S. Juszkiewicz, J. Choi, J. D. Puglisi, A. Brown, S. Shao, V. Ramakrishnan, R. S. Hegde, Nat. Struct. Mol. Biol. 2019, 26, 1132-1140.
N. R. Guydosh, R. Green, Cell 2014, 156, 950-62.
R. Ishimura, G. Nagy, I. Dotu, H. Zhou, X.-L. Yang, P. Schimmel, S. Senju, Y. Nishimura, J. H. Chuang, S. L. Ackerman, Science 2014, 345, 455-459.
S. E. Cole, F. J. LaRiviere, C. N. Merrikh, M. J. Moore, Mol. Cell 2009, 34, 440-50.
J. Soudet, J.-P. Gélugne, K. Belhabich-Baumas, M. Caizergues-Ferrer, A. Mougin, EMBO J. 2010, 29, 80-92.
A. Sarkar, M. Thoms, C. Barrio-Garcia, E. Thomson, D. Flemming, R. Beckmann, E. Hurt, Nat. Struct. Mol. Biol. 2017, 24, 1107-1115.
C. L. Simms, L. L. Yan, J. K. Qiu, H. S. Zaher, Cell Rep. 2019, 28, 1679-1689.e4.
S. Juszkiewicz, R. S. Hegde, Mol. Cell 2017, 65, 743-750.e4.
S. Meydan, N. R. Guydosh, Mol. Cell 2020, 79, 588-602.e6.
A. B. Arpat, A. Liechti, M. D. Matos, R. Dreos, P. Janich, D. Gatfield, Genome Res. 2020, 30, 985-999.
P. Han, Y. Shichino, T. Schneider-Poetsch, M. Mito, S. Hashimoto, T. Udagawa, K. Kohno, M. Yoshida, Y. Mishima, T. Inada, S. Iwasaki, Cell Rep. 2020, 31, 107610.
T. Zhao, Y.-M. Chen, Y. Li, J. Wang, S. Chen, N. Gao, W. Qian, Genome Biol. 2021, 22, 16.
M. A. Collart, B. Weiss, Nucleic Acids Res. 2020, 48, 1043-1055.
S. Meydan, N. R. Guydosh, Curr. Genet. 2021, 67, 19-26.
D. M. Garshott, H. An, E. Sundaramoorthy, M. Leonard, A. Vicary, J. W. Harper, E. J. Bennett, Cell Rep. 2021, 36, 109642.
L. L. Yan, H. S. Zaher, Mol. Cell 2021, 81, 614-628.e4.
A. A. Pochopien, B. Beckert, S. Kasvandik, O. Berninghausen, R. Beckmann, T. Tenson, D. N. Wilson, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2021, 118.
C. C.-C. Wu, A. Peterson, B. Zinshteyn, S. Regot, R. Green, Cell 2020, 182, 404-416.e14.
L. Wan, S. Juszkiewicz, D. Blears, P. K. Bajpe, Z. Han, P. Faull, R. Mitter, A. Stewart, A. P. Snijders, R. S. Hegde, J. Q. Svejstrup, Mol. Cell 2021, 81,2808-2822.e10.
J. Chu, N. A. Hong, C. A. Masuda, B. V. Jenkins, K. A. Nelms, C. C. Goodnow, R. J. Glynne, H. Wu, E. Masliah, C. A. Joazeiro, S. A. Kay, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2009, 106, 2097-103.
S. Rimal, Y. Li, R. Vartak, J. Geng, I. Tantray, S. Li, S. Huh, H. Vogel, C. Glabe, L. T. Grinberg, S. Spina, W. W. Seeley, S. Guo, B. Lu, Acta Neuropathol. Commun. 2021, 9, 169.
Z. Wu, I. Tantray, J. Lim, S. Chen, Y. Li, Z. Davis, C. Sitron, J. Dong, S. Gispert, G. Auburger, O. Brandman, X. Bi, M. Snyder, B. Lu, Mol. Cell 2019, 75, 835-848.e8.
J. Yang, X. Hao, X. Cao, B. Liu, T. Nystrom, eLife 2016, 5.
J. Zheng, J. Yang, Y. J. Choe, X. Hao, X. Cao, Q. Zhao, Y. Zhang, V. Franssens, F. U. Hartl, T. Nystrom, J. Winderickx, B. Liu, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2017, 493, 708-717.
G. H. Baek, H. Cheng, V. Choe, X. Bao, J. Shao, S. Luo, H. Rao, J. Amino Acids 2013, 2013, 183421.
S. Li, Z. Wu, I. Tantray, Y. Li, S. Chen, J. Dong, S. Glynn, H. Vogel, M. Snyder, B. Lu, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2020, 117, 25104-25115.
J. Park, J. Lee, J. Kim, J. Lee, H. Park, C. Lim, Nucleic Acids Res. 2021, 49, 11294-11311.
P. B. Martin, Y. Kigoshi-Tansho, R. B. Sher, G. Ravenscroft, J. E. Stauffer, R. Kumar, R. Yonashiro, T. Müller, C. Griffith, W. Allen, D. Pehlivan, T. Harel, M. Zenker, D. Howting, D. Schanze, E. A. Faqeih, N. A. M. Almontashiri, R. Maroofian, H. Houlden, N. Mazaheri, H. Galehdari, G. Douglas, J. E. Posey, M. Ryan, J. R. Lupski, N. G. Laing, C. A. P. Joazeiro, G. A. Cox, Nat. Commun. 2020, 11, 4625.
Z. Li, L. Ferguson, K. K. Deol, M. A. Roberts, L. Magtanong, J. M. Hendricks, G. A. Mousa, S. Kilinc, K. Schaefer, J. A. Wells, M. C. Bassik, A. Goga, S. J. Dixon, N. T. Ingolia, J. A. Olzmann, Nat. Chem. Biol. 2022, 18, 751-761.
D. B. Trentini, M. Pecoraro, S. Tiwary, J. Cox, M. Mann, M. S. Hipp, F. U. Hartl, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2020, 117, 4099-4108.
M. Costa-Mattioli, P. Walter, Science 2020, 368, eaat5314.
K. C. Stein, F. Morales-Polanco, J. van der Lienden, T. K. Rainbolt, J. Frydman, Nature 2022, 601, 637-642.
T. Becker, S. Franckenberg, S. Wickles, C. J. Shoemaker, A. M. Anger, J.-P. Armache, H. Sieber, C. Ungewickell, O. Berninghausen, I. Daberkow, A. Karcher, M. Thomm, K.-P. Hopfner, R. Green, R. Beckmann, Nature 2012, 482, 501-506.
K. Kobayashi, I. Kikuno, K. Kuroha, K. Saito, K. Ito, R. Ishitani, T. Inada, O. Nureki, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2010, 107, 17575-17579.
S. Akabane, T. Ueda, K. H. Nierhaus, N. Takeuchi, PLoS Genet. 2014, 10, e1004616.
H. A. Feaga, M. D. Quickel, P. A. Hankey-Giblin, K. C. Keiler, PLoS Genet. 2016, 12, e1005964.
K. Kuroha, M. Akamatsu, L. Dimitrova, T. Ito, Y. Kato, K. Shirahige, T. Inada, EMBO Rep. 2010, 11, 956-61.
D. P. Letzring, A. S. Wolf, C. E. Brule, E. J. Grayhack, RNA 2013, 19, 1208-1217.
O. Brandman, J. Stewart-Ornstein, D. Wong, A. Larson, C. C. Williams, G. W. Li, S. Zhou, D. King, P. S. Shen, J. Weibezahn, J. G. Dunn, S. Rouskin, T. Inada, A. Frost, J. S. Weissman, Cell 2012, 151, 1042-1054.
Y. Matsuo, K. Ikeuchi, Y. Saeki, S. Iwasaki, C. Schmidt, T. Udagawa, F. Sato, H. Tsuchiya, T. Becker, K. Tanaka, N. T. Ingolia, R. Beckmann, T. Inada, Nat. Commun. 2017, 8, 159.
E. Sundaramoorthy, M. Leonard, R. Mak, J. Liao, A. Fulzele, E. J. Bennett, Mol. Cell 2017, 65, 751-760.e4.
A. Garzia, S. M. Jafarnejad, C. Meyer, C. Chapat, T. Gogakos, P. Morozov, M. Amiri, M. Shapiro, H. Molina, T. Tuschl, N. Sonenberg, Nat. Commun. 2017, 8, 16056.
M. L. Winz, L. Peil, T. W. Turowski, J. Rappsilber, D. Tollervey, Nat. Commun. 2019, 10, 563.
S. Tomomatsu, A. Watanabe, P. Tesina, S. Hashimoto, K. Ikeuchi, S. Li, Y. Matsuo, R. Beckmann, T. Inada, Nucleic Acids Res. 2023, 51, 253-270.
A. Garzia, C. Meyer, T. Tuschl, Cell Rep. 2021, 36, 109468.
C. Meyer, A. Garzia, P. Morozov, H. Molina, T. Tuschl, Mol. Cell 2020, 77, 1193-1205.e5.
T. Sugiyama, S. Li, M. Kato, K. Ikeuchi, A. Ichimura, Y. Matsuo, T. Inada, Cell Rep. 2019, 26, 3400-3415.e7.
A. Hildebrandt, M. Brüggemann, S. Boerner, C. Rücklé, J. B. Heidelberger, A. Dold, A. Busch, H. Hänel, A. Voigt, S. Ebersberger, I. Ebersberger, J.-Y. Roignant, K. Zarnack, J. König, P. Beli, Genome Biol. 2019, 20, 216.
D. M. Garshott, E. Sundaramoorthy, M. Leonard, E. J. Bennett, eLife 2020, 9, e54023.
Y. Jung, H. D. Kim, H. W. Yang, H. J. Kim, C.-Y. Jang, J. Kim, Exp. Mol. Med. 2017, 49, e390.
K. Best, K. Ikeuchi, L. Kater, D. Best, J. Musial, Y. Matsuo, O. Berninghausen, T. Becker, T. Inada, R. Beckmann, Nat. Commun. 2023, 14, 921.
K. N. D'Orazio, C. C.-C. Wu, N. Sinha, R. Loll-Krippleber, G. W. Brown, R. Green, eLife 2019, 8, e49117.
T. Becker, J.-P. Armache, A. Jarasch, A. M. Anger, E. Villa, H. Sieber, B. A. Motaal, T. Mielke, O. Berninghausen, R. Beckmann, Nat. Struct. Mol. Biol. 2011, 18, 715-720.
T. Hilal, H. Yamamoto, J. Loerke, J. Bürger, T. Mielke, C. M. T. Spahn, Nat. Commun. 2016, 7, 13521.
V. P. Pisareva, M. A. Skabkin, C. U. Hellen, T. V. Pestova, A. V. Pisarev, EMBO J. 2011, 30, 1804-1817.
C. J. Shoemaker, R. Green, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2011, 108, E1392-E1398.
S. Saito, N. Hosoda, S. Hoshino, J. Biol. Chem. 2013, 288, 17832-17843.
N. R. Guydosh, R. Green, RNA 2017, 23, 749-761.
D. O. Passos, M. K. Doma, C. J. Shoemaker, D. Muhlrad, R. Green, J. Weissman, J. Hollien, R. Parker, Mol. Biol. Cell 2009, 20, 3025-3032.
T. Tsuboi, K. Kuroha, K. Kudo, S. Makino, E. Inoue, I. Kashima, T. Inada, Mol. Cell 2012, 46, 518-529.
S. Shao, K. von der Malsburg, R. S. Hegde, Mol. Cell 2013, 50, 637-648.
C. S. Sitron, J. H. Park, O. Brandman, RNA 2017, 23, 798-810.
S. Hashimoto, T. Sugiyama, R. Yamazaki, R. Nobuta, T. Inada, Sci. Rep. 2020, 10, 3422.
S. Juszkiewicz, S. H. Speldewinde, L. Wan, J. Q. Svejstrup, R. S. Hegde, Mol. Cell 2020, 79, 603-614.e8.
J. R. Brickner, J. M. Soll, P. M. Lombardi, C. B. Vågbø, M. C. Mudge, C. Oyeniran, R. Rabe, J. Jackson, M. E. Sullender, E. Blazosky, A. K. Byrum, Y. Zhao, M. A. Corbett, J. Gécz, M. Field, A. Vindigni, G. Slupphaug, C. Wolberger, N. Mosammaparast, Nature 2017, 551, 389-393.
S. Dango, N. Mosammaparast, M. E. Sowa, L.-J. Xiong, F. Wu, K. Park, M. Rubin, S. Gygi, J. W. Harper, Y. Shi, Mol. Cell 2011, 44, 373-384.
J. M. Soll, J. R. Brickner, M. C. Mudge, N. Mosammaparast, J. Biol. Chem. 2018, 293, 13524-13533.
Y. Matsuo, P. Tesina, S. Nakajima, M. Mizuno, A. Endo, R. Buschauer, J. Cheng, O. Shounai, K. Ikeuchi, Y. Saeki, T. Becker, R. Beckmann, T. Inada, Nat. Struct. Mol. Biol. 2020, 27, 323-332.
Y. Matsuo, T. Uchihashi, T. Inada, Nat. Commun. 2023, 14, 79.
M. Graille, M. Chaillet, H. van Tilbeurgh, J. Biol. Chem. 2008, 283, 7145-7154.
H. H. Lee, Y.-S. Kim, K. H. Kim, I. Heo, S. K. Kim, O. Kim, H. K. Kim, J. Y. Yoon, H. S. Kim, D. J. Kim, S. J. Lee, H. J. Yoon, S. J. Kim, B. G. Lee, H. K. Song, V. N. Kim, C.-M. Park, S. W. Suh, Mol. Cell 2007, 27, 938-950.
A. M. van den Elzen, J. Henri, N. Lazar, M. E. Gas, D. Durand, F. Lacroute, M. Nicaise, H. van Tilbeurgh, B. Seraphin, M. Graille, Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 1446-52.
C. J. Shoemaker, D. E. Eyler, R. Green, Science 2010, 330, 369-72.
O. Brandman, R. S. Hegde, Nat. Struct. Mol. Biol. 2016, 23, 7-15.
M. Gamerdinger, Essays Biochem. 2016, 60, 203-212.
C. A. P. Joazeiro, Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2017, 33, 343-368.
Q. Defenouillère, M. Fromont-Racine, Curr. Genet. 2017, 63, 997-1005.
C. L. Simms, E. N. Thomas, H. S. Zaher, Wiley Interdiscip. Rev.: RNA 2017, 8, e1366.
C. A. P. Joazeiro, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2019, 20, 368-383.
K. Ikeuchi, T. Izawa, T. Inada, Frontiers Genet. 2019, 9, 7.
C. S. Sitron, O. Brandman, Annu. Rev. Biochem. 2020, 89, 417-442.
C. J. Howard, A. Frost, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2021, 1-18.
S. Filbeck, F. Cerullo, S. Pfeffer, C. A. P. Joazeiro, Mol. Cell 2022, 82, 1451-1466.
K. N. D'Orazio, R. Green, Mol. Cell 2021, 81, 1372-1383.
S. Shao, A. Brown, B. Santhanam, R. S. Hegde, Mol. Cell 2015, 57, 433-444.
Q. Defenouillère, Y. Yao, J. Mouaikel, A. Namane, A. Galopier, L. Decourty, A. Doyen, C. Malabat, C. Saveanu, A. Jacquier, M. Fromont-Racine, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2013, 110, 5046-5051.
M. H. Bengtson, C. A. P. Joazeiro, Nature 2010, 467, 470-473.
B. A. Osuna, C. J. Howard, S. KC, A. Frost, D. E. Weinberg, eLife 2017, 6, e27949.
T. Udagawa, M. Seki, T. Okuyama, S. Adachi, T. Natsume, T. Noguchi, A. Matsuzawa, T. Inada, Cell Rep. 2021, 34, 108599.
A. Thrun, A. Garzia, Y. Kigoshi-Tansho, P. R. Patil, C. S. Umbaugh, T. Dallinger, J. Liu, S. Kreger, A. Patrizi, G. A. Cox, T. Tuschl, C. A. P. Joazeiro, Mol. Cell 2021, 81, 2112-2122.e7.
K. K. Kostova, K. L. Hickey, B. A. Osuna, J. A. Hussmann, A. Frost, D. E. Weinberg, J. S. Weissman, Science 2017, 357, 414-417.
C. S. Sitron, O. Brandman, Nat. Struct. Mol. Biol. 2019, 26, 450-459.
P. Tesina, S. Ebine, R. Buschauer, M. Thoms, Y. Matsuo, T. Inada, R. Beckmann, Mol. Cell 2023, 83, 607-621.e4.
Q. Defenouillère, E. Zhang, A. Namane, J. Mouaikel, A. Jacquier, M. Fromont-Racine, J. Biol. Chem. 2016, 291, 12245-12253.
C. S. Sitron, J. H. Park, J. M. Giafaglione, O. Brandman, PLoS One 2020, 15, e0227841.
R. Verma, K. M. Reichermeier, A. M. Burroughs, R. S. Oania, J. M. Reitsma, L. Aravind, R. J. Deshaies, Nature 2018, 557, 446-451.
O. Zurita Rendón, E. K. Fredrickson, C. J. Howard, J. Van Vranken, S. Fogarty, N. D. Tolley, R. Kalia, B. A. Osuna, P. S. Shen, C. P. Hill, A. Frost, J. Rutter, Nat. Commun. 2018, 9, 2197.
T. Izawa, S.-H. Park, L. Zhao, F. U. Hartl, W. Neupert, Cell 2017, 171, 890-903.e18.
K. Kuroha, A. Zinoviev, C. U. T. Hellen, T. V. Pestova, Mol. Cell 2018, 72, 286-302.e8.
O. Isken, L. E. Maquat, Genes Dev. 2007, 21, 1833-3856.
N. Akimitsu, J. Biochem. 2008, 143, 1-8.
Y. Harigaya, R. Parker, Wiley Interdiscip. Rev.: RNA 2010, 1, 132-141.
A. A. Klauer, A. van Hoof, Wiley Interdiscip. Rev.: RNA 2012, 3, 649-660.
M. Graille, B. Séraphin, Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2012, 13, 727-735.
T. Inada, Biochim. Biophys. Acta Gene Regul. Mech. 2013, 1829, 634-642.
A. L. Karamyshev, Z. N. Karamysheva, Frontiers Genet. 2018, 9.
K. T. Powers, J.-Y. A. Szeto, C. Schaffitzel, Curr. Opin. Struct. Biol. 2020, 65, 110-118.
C. Morris, D. Cluet, E. P. Ricci, Wiley Interdiscip. Rev.: RNA 2021, 12, e1658.
S. De, O. Mühlemann, RNA Biol. 2022, 19, 609-621.
P. C. Monem, J. A. Arribere, Semin. Cell Dev. Biol. 2023, DOI: https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2023.03.009.
Y. Araki, S. Takahashi, T. Kobayashi, H. Kajiho, S. Hoshino, T. Katada, EMBO J. 2001, 20, 4684-4693.
K. Kalisiak, T. M. Kuliński, R. Tomecki, D. Cysewski, Z. Pietras, A. Chlebowski, K. Kowalska, A. Dziembowski, Nucleic Acids Res. 2017, 45, 2068-2080.
M. L. Glover, A. M. Burroughs, P. C. Monem, T. A. Egelhofer, M. N. Pule, L. Aravind, J. A. Arribere, Cell Rep. 2020, 30, 4321-4331.e4.
A. Navickas, S. Chamois, R. Saint-Fort, J. Henri, C. Torchet, L. Benard, Nat. Commun. 2020, 11, 122.
A. J. Veltri, K. N. D'Orazio, L. N. Lessen, R. Loll-Krippleber, G. W. Brown, R. Green, eLife 2022, 11, e76038.
M. Morita, L. W. Ler, M. R. Fabian, N. Siddiqui, M. Mullin, V. C. Henderson, T. Alain, B. D. Fonseca, G. Karashchuk, C. F. Bennett, T. Kabuta, S. Higashi, O. Larsson, I. Topisirovic, R. J. Smith, A. C. Gingras, N. Sonenberg, Mol. Cell. Biol. 2012, 32, 3585-3593.
K. L. Hickey, K. Dickson, J. Z. Cogan, J. M. Replogle, M. Schoof, K. N. D'Orazio, N. K. Sinha, J. A. Hussmann, M. Jost, A. Frost, R. Green, J. S. Weissman, K. K. Kostova, Mol. Cell 2020, 79, 950-962.e6.
M.-R. Ash, K. Faelber, D. Kosslick, G. I. Albert, Y. Roske, M. Kofler, M. Schuemann, E. Krause, C. Freund, Structure 2010, 18, 944-954.
K. Pakos-Zebrucka, I. Koryga, K. Mnich, M. Ljujic, A. Samali, A. M. Gorman, EMBO Rep. 2016, 17, 1374-1395.
B. A. Castilho, R. Shanmugam, R. C. Silva, R. Ramesh, B. M. Himme, E. Sattlegger, Biochim. Biophys. Acta Mol. Cell Res. 2014, 1843, 1948-1968.
J. Dong, H. Qiu, M. Garcia-Barrio, J. Anderson, A. G. Hinnebusch, Mol. Cell 2000, 6, 269-279.
A. G. Hinnebusch, Annu. Rev. Microbiol. 2005, 59, 407-450.
E. Sattlegger, A. G. Hinnebusch, J. Biol. Chem. 2005, 280, 16514-16521.
T. Krishnamoorthy, G. D. Pavitt, F. Zhang, T. E. Dever, A. G. Hinnebusch, Mol. Cell. Biol. 2001, 21, 5018-5030.
A. Sudhakar, A. Ramachandran, S. Ghosh, S. E. Hasnain, R. J. Kaufman, K. V. A. Ramaiah, Biochem. 2000, 39, 12929-12938.
R. Ishimura, G. Nagy, I. Dotu, J. H. Chuang, S. L. Ackerman, eLife 2016, 5, e14295.
K. Ishikawa, K. Ito, J. Inoue, K. Semba, Genes Cells 2013, 18, 859-872.
M.-C. Daugeron, M. Prouteau, F. Lacroute, B. Séraphin, Nucleic Acids Res. 2011, 39, 2221-2233.
P. K. Wout, E. Sattlegger, S. M. Sullivan, J. R. Maddock, Eukaryotic Cell 2009, 8, 1061-1071.
L. Houston, E. M. Platten, S. M. Connelly, J. Wang, E. J. Grayhack, RNA 2022, 28, 320-339.
N. Ranjan, A. A. Pochopien, C. Chih-Chien Wu, B. Beckert, S. Blanchet, R. Green, M. V. Rodnina, D. N. Wilson, EMBO J. 2021, 40, e106449.
N. K. Sinha, A. Ordureau, K. Best, J. A. Saba, B. Zinshteyn, E. Sundaramoorthy, A. Fulzele, D. M. Garshott, T. Denk, M. Thoms, J. A. Paulo, J. W. Harper, E. J. Bennett, R. Beckmann, R. Green, eLife 2020, 9, e58828.
J. Wang, J. Zhou, Q. Yang, E. J. Grayhack, eLife 2018, 7, e39637.
S. Juszkiewicz, G. Slodkowicz, Z. Lin, P. Freire-Pritchett, S.-Y. Peak-Chew, R. S. Hegde, eLife 2020, 9, e60038.
R. Weber, M.-Y. Chung, C. Keskeny, U. Zinnall, M. Landthaler, E. Valkov, E. Izaurralde, C. Igreja, Cell Rep. 2020, 33, 108262.
M. S. Iordanov, D. Pribnow, J. L. Magun, T. H. Dinh, J. A. Pearson, S. L. Chen, B. E. Magun, Mol. Cell. Biol. 1997, 17, 3373-3381.
M. S. Iordanov, D. Pribnow, J. L. Magun, T.-H. Dinh, J. A. Pearson, B. E. Magun, J. Biol. Chem. 1998, 273, 15794-15803.
K. S. Robinson, G. A. Toh, P. Rozario, R. Chua, S. Bauernfried, Z. Sun, M. J. Firdaus, S. Bayat, R. Nadkarni, Z. S. Poh, K. C. Tham, C. R. Harapas, C. K. Lim, W. Chu, C. W. S. Tay, K. Y. Tan, T. Zhao, C. Bonnard, R. Sobota, J. E. Connolly, J. Common, S. L. Masters, K. W. Chen, L. Ho, B. Wu, V. Hornung, F. L. Zhong, Science 2022, 377, 328-335.
G. Snieckute, A. V. Genzor, A. C. Vind, L. Ryder, M. Stoneley, S. Chamois, R. Dreos, C. Nordgaard, F. Sass, M. Blasius, A. R. López, S. H. Brynjólfsdóttir, K. L. Andersen, A. E. Willis, L. B. Frankel, S. S. Poulsen, D. Gatfield, Z. Gerhart-Hines, C. Clemmensen, S. Bekker-Jensen, Cell Metabol. 2022, 34, 2036-2046.e8.
M. Stoneley, R. F. Harvey, T. E. Mulroney, R. Mordue, R. Jukes-Jones, K. Cain, K. S. Lilley, R. Sawarkar, A. E. Willis, Mol. Cell 2022, 82, 1557-1572.e7.
A. C. Vind, A. V. Genzor, S. Bekker-Jensen, Nucleic Acids Res. 2020, 48, 10648-10661.
A. C. Vind, G. Snieckute, M. Blasius, C. Tiedje, N. Krogh, D. B. Bekker-Jensen, K. L. Andersen, C. Nordgaard, M. A. X. Tollenaere, A. H. Lund, J. V. Olsen, H. Nielsen, S. Bekker-Jensen, Mol. Cell 2020, 78, 700-713.e7.
Q. Chen, L. Sun, Z. J. Chen, Nat. Immunol. 2016, 17, 1142-1149.
M. Motwani, S. Pesiridis, K. A. Fitzgerald, Nat. Rev. Genet. 2019, 20, 657-674.
S. DiGiuseppe, M. G. Rollins, E. T. Bartom, D. Walsh, Cell Rep. 2018, 23, 1249-1258.
J. Li, S. C. Ding, H. Cho, B. C. Chung, M. Gale, S. K. Chanda, M. S. Diamond, mBio 2013, 4, e00385-13.
F. Cerullo, S. Filbeck, P. R. Patil, H.-C. Hung, H. Xu, J. Vornberger, F. W. Hofer, J. Schmitt, G. Kramer, B. Bukau, K. Hofmann, S. Pfeffer, C. A. P. Joazeiro, Nature 2022, 603, 509-514.
K. Saito, H. Kratzat, A. Campbell, R. Buschauer, A. M. Burroughs, O. Berninghausen, L. Aravind, R. Green, R. Beckmann, A. R. Buskirk, Nature 2022, 603, 503-508.
E. Park, T. Mackens-Kiani, R. Berhane, H. Esser, C. Erdenebat, A. M. Burroughs, O. Berninghausen, L. Aravind, R. Beckmann, R. Green, A. R. Buskirk, 2023, DOI: https://doi.org/10.1101/2023.05.05.539626.
I. Lytvynenko, H. Paternoga, A. Thrun, A. Balke, T. A. Müller, C. H. Chiang, K. Nagler, G. Tsaprailis, S. Anders, I. Bischofs, J. A. Maupin-Furlow, C. M. T. Spahn, C. A. P. Joazeiro, Cell 2019, 178, 76-90.e22.
S. Filbeck, F. Cerullo, H. Paternoga, G. Tsaprailis, C. A. P. Joazeiro, S. Pfeffer, Mol. Cell 2021, 81, 104-114.e6.
H. Takada, C. Crowe-McAuliffe, C. Polte, Z. Y. Sidorova, V. Murina, G. C. Atkinson, A. L. Konevega, Z. Ignatova, D. N. Wilson, V. Hauryliuk, Nucleic Acids Res. 2021, 49, 8355-8369.
C. Crowe-McAuliffe, H. Takada, V. Murina, C. Polte, S. Kasvandik, T. Tenson, Z. Ignatova, G. C. Atkinson, D. N. Wilson, V. Hauryliuk, Mol. Cell 2021, 81, 115-126.e7.
Y. Komine, M. Kitabatake, T. Yokogawa, K. Nishikawa, H. Inokuchi, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1994, 91, 9223-9227.
K. C. Keiler, P. R. H. Waller, R. T. Sauer, Science 1996, 271, 990-993.
S. Gottesman, E. Roche, Y. Zhou, R. T. Sauer, Genes Dev. 1998, 12, 1338-1347.
J. S. Choy, L. L. Aung, A. W. Karzai, J. Bacteriol. 2007, 189, 6564-6571.
J. Richards, P. Mehta, A. W. Karzai, Mol. Microbiol. 2006, 62, 1700-1712.
D. H. Bechhofer, M. P. Deutscher, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2019, 54, 242-300.
P. Korber, J. M. Stahl, K. H. Nierhaus, J. C. A. Bardwell, EMBO J. 2000, 19, 741-748.
L. Jiang, C. Schaffitzel, R. Bingel-Erlenmeyer, N. Ban, P. Korber, R. I. Koning, D. C. de Geus, J. R. Plaisier, J. P. Abrahams, J. Mol. Biol. 2009, 386, 1357-1367.
Y. Chadani, K. Ito, K. Kutsukake, T. Abo, Mol. Microbiol. 2012, 86, 37-50.
D. Kurita, T. Abo, H. Himeno, J. Biol. Chem. 2020, 295, 13326-13337.
Y. Shimizu, J. Mol. Biol. 2012, 423, 624-631.
N. Shimokawa-Chiba, C. Müller, K. Fujiwara, B. Beckert, K. Ito, D. N. Wilson, S. Chiba, Nat. Commun. 2019, 10, 5397.
Y. Chadani, K. Ono, K. Kutsukake, T. Abo, Mol. Microbiol. 2011, 80, 772-785.
Y. Handa, N. Inaho, N. Nameki, Nucleic Acids Res. 2011, 39, 1739-1748.
K. Q. Kim, H. S. Zaher, Trends Biochem. Sci. 2022, 47, 82-97.
S. Li, K. Ikeuchi, M. Kato, R. Buschauer, T. Sugiyama, S. Adachi, H. Kusano, T. Natsume, O. Berninghausen, Y. Matsuo, T. Becker, R. Beckmann, T. Inada, Mol. Cell 2022, 82, 3424-3437.e8.