Development of a workflow for identification of nuclear genotyping markers for Cyclospora cayetanensis.
Développement d’un flux de travail pour l’identification de marqueurs de génotypage nucléaire pour Cyclospora cayetanensis.
Cyclospora cayetanensis
Cyclosporiasis
Genotyping
Journal
Parasite (Paris, France)
ISSN: 1776-1042
Titre abrégé: Parasite
Pays: France
ID NLM: 9437094
Informations de publication
Date de publication:
2020
2020
Historique:
received:
27
11
2019
accepted:
02
04
2020
entrez:
11
4
2020
pubmed:
11
4
2020
medline:
31
12
2020
Statut:
ppublish
Résumé
Cyclospora cayetanensis is an intestinal parasite responsible for the diarrheal illness, cyclosporiasis. Molecular genotyping, using targeted amplicon sequencing, provides a complementary tool for outbreak investigations, especially when epidemiological data are insufficient for linking cases and identifying clusters. The goal of this study was to identify candidate genotyping markers using a novel workflow for detection of segregating single nucleotide polymorphisms (SNPs) in C. cayetanensis genomes. Four whole C. cayetanensis genomes were compared using this workflow and four candidate markers were selected for evaluation of their genotyping utility by PCR and Sanger sequencing. These four markers covered 13 SNPs and resolved parasites from 57 stool specimens, differentiating C. cayetanensis into 19 new unique genotypes. Développement d’un flux de travail pour l’identification de marqueurs de génotypage nucléaire pour Cyclospora cayetanensis. Cyclospora cayetanensis est un parasite intestinal responsable de la cyclosporose, maladie diarrhéique. Le génotypage moléculaire, utilisant le séquençage ciblé des amplicons, fournit un outil complémentaire pour les enquêtes sur les épidémies, en particulier lorsque les données épidémiologiques sont insuffisantes pour relier les cas et identifier les grappes. Le but de cette étude était d’identifier des marqueurs candidats de génotypage à l’aide d’un nouveau flux de travail pour la détection des polymorphismes d’un seul nucléotide (SNP) différentiateurs dans les génomes de C. cayetanensis. Quatre génomes entiers de C. cayetanensis ont été comparés à l’aide de ce flux de travail et quatre marqueurs candidats ont été sélectionnés pour l’évaluation de leur utilité de génotypage par PCR et séquençage Sanger. Ces quatre marqueurs couvraient 13 SNP et ont résolu les parasites provenant de 57 spécimens de selles, différenciant C. cayetanensis en 19 nouveaux génotypes uniques.
Autres résumés
Type: Publisher
(fre)
Développement d’un flux de travail pour l’identification de marqueurs de génotypage nucléaire pour Cyclospora cayetanensis.
Identifiants
pubmed: 32275020
doi: 10.1051/parasite/2020022
pii: parasite190152
pmc: PMC7147239
doi:
Substances chimiques
DNA, Protozoan
0
Genetic Markers
0
Types de publication
Journal Article
Langues
eng
Sous-ensembles de citation
IM
Pagination
24Informations de copyright
© K.A. Houghton et al., published by EDP Sciences, 2020.
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