Le diagnostic se fait par un prélèvement nasal et un test PCR pour détecter B. pertussis.
CoquelucheDiagnostic
#2
Quels tests sont utilisés pour la coqueluche ?
Les tests PCR, culture bactérienne et sérologie sont utilisés pour diagnostiquer la coqueluche.
Tests de diagnosticBordetella pertussis
#3
Quels sont les signes cliniques de la coqueluche ?
Les signes incluent des quintes de toux, des vomissements et une respiration sifflante.
SymptômesCoqueluche
#4
Quand faire un test de coqueluche ?
Un test est recommandé si des symptômes de toux persistante apparaissent, surtout chez les enfants.
CoquelucheDiagnostic
#5
La coqueluche peut-elle être confondue avec d'autres maladies ?
Oui, elle peut être confondue avec d'autres infections respiratoires comme la bronchite.
CoquelucheInfections respiratoires
Symptômes
5
#1
Quels sont les premiers symptômes de la coqueluche ?
Les premiers symptômes incluent un rhume, une légère toux et de la fièvre.
SymptômesCoqueluche
#2
Comment se manifeste la toux dans la coqueluche ?
La toux est caractérisée par des quintes paroxystiques suivies d'une inspiration bruyante.
TouxCoqueluche
#3
La coqueluche cause-t-elle des vomissements ?
Oui, les vomissements peuvent survenir après des quintes de toux intenses.
VomissementsCoqueluche
#4
Les symptômes de la coqueluche varient-ils selon l'âge ?
Oui, les nourrissons peuvent avoir des symptômes plus graves que les adultes.
CoquelucheÂge
#5
La coqueluche provoque-t-elle de la fatigue ?
Oui, la fatigue est fréquente en raison des efforts liés aux quintes de toux.
FatigueCoqueluche
Prévention
5
#1
Comment prévenir la coqueluche ?
La prévention passe par la vaccination et l'hygiène respiratoire.
PréventionVaccination
#2
À quel âge vacciner contre la coqueluche ?
La vaccination est recommandée dès l'âge de 2 mois, avec des rappels ultérieurs.
VaccinationCoqueluche
#3
Les adultes doivent-ils se faire vacciner ?
Oui, les adultes doivent recevoir un rappel pour protéger les nourrissons.
VaccinationCoqueluche
#4
Quelles mesures d'hygiène sont recommandées ?
Se laver les mains fréquemment et éviter le contact avec les personnes malades.
HygièneCoqueluche
#5
La coqueluche est-elle contagieuse ?
Oui, la coqueluche est très contagieuse, surtout dans les premières semaines.
ContagiositéCoqueluche
Traitements
5
#1
Quel est le traitement principal de la coqueluche ?
Le traitement principal est l'administration d'antibiotiques comme l'azithromycine.
AntibiotiquesCoqueluche
#2
Les antibiotiques sont-ils efficaces contre la coqueluche ?
Oui, les antibiotiques réduisent la durée de la maladie et la contagiosité.
AntibiotiquesBordetella pertussis
#3
Des traitements symptomatiques existent-ils ?
Oui, des traitements comme les antitussifs peuvent aider à soulager la toux.
Traitements symptomatiquesCoqueluche
#4
Quand commencer le traitement antibiotique ?
Le traitement doit commencer dès que la coqueluche est suspectée pour être efficace.
Traitement précoceCoqueluche
#5
La vaccination aide-t-elle au traitement ?
Non, la vaccination est préventive, mais elle ne traite pas une infection active.
VaccinationCoqueluche
Complications
5
#1
Quelles sont les complications possibles de la coqueluche ?
Les complications incluent la pneumonie, les convulsions et les lésions cérébrales.
ComplicationsCoqueluche
#2
La coqueluche peut-elle être mortelle ?
Oui, la coqueluche peut être mortelle, surtout chez les nourrissons non vaccinés.
MortalitéCoqueluche
#3
Comment la coqueluche affecte-t-elle les nourrissons ?
Les nourrissons peuvent développer des complications graves comme l'apnée et l'hypoxie.
NourrissonsCoqueluche
#4
Les complications sont-elles fréquentes ?
Les complications sont rares mais plus fréquentes chez les jeunes enfants.
ComplicationsCoqueluche
#5
La coqueluche peut-elle entraîner des problèmes respiratoires à long terme ?
Oui, certains patients peuvent avoir des problèmes respiratoires persistants après la maladie.
Problèmes respiratoiresCoqueluche
Facteurs de risque
5
#1
Qui est le plus à risque de coqueluche ?
Les nourrissons, les jeunes enfants et les adultes non vaccinés sont les plus à risque.
Facteurs de risqueCoqueluche
#2
Les personnes immunodéprimées sont-elles à risque ?
Oui, les personnes immunodéprimées courent un risque accru de complications.
ImmunodépressionCoqueluche
#3
Le manque de vaccination augmente-t-il le risque ?
Oui, le manque de vaccination est un facteur de risque majeur pour la coqueluche.
VaccinationFacteurs de risque
#4
Les femmes enceintes doivent-elles se faire vacciner ?
Oui, la vaccination pendant la grossesse protège le nourrisson après la naissance.
Femmes enceintesVaccination
#5
Les épidémies de coqueluche sont-elles fréquentes ?
Oui, des épidémies peuvent survenir, surtout dans les populations non vaccinées.
ÉpidémiesCoqueluche
{
"@context": "https://schema.org",
"@graph": [
{
"@type": "MedicalWebPage",
"name": "Bordetella pertussis : Questions médicales les plus fréquentes",
"headline": "Bordetella pertussis : Comprendre les symptômes, diagnostics et traitements",
"description": "Guide complet et accessible sur les Bordetella pertussis : explications, diagnostics, traitements et prévention. Information médicale validée destinée aux patients.",
"datePublished": "2024-03-10",
"dateModified": "2025-03-05",
"inLanguage": "fr",
"medicalAudience": [
{
"@type": "MedicalAudience",
"name": "Grand public",
"audienceType": "Patient",
"healthCondition": {
"@type": "MedicalCondition",
"name": "Bordetella pertussis"
},
"suggestedMinAge": 18,
"suggestedGender": "unisex"
},
{
"@type": "MedicalAudience",
"name": "Médecins",
"audienceType": "Physician",
"geographicArea": {
"@type": "AdministrativeArea",
"name": "France"
}
},
{
"@type": "MedicalAudience",
"name": "Chercheurs",
"audienceType": "Researcher",
"geographicArea": {
"@type": "AdministrativeArea",
"name": "International"
}
}
],
"reviewedBy": {
"@type": "Person",
"name": "Dr Olivier Menir",
"jobTitle": "Expert en Médecine",
"description": "Expert en Médecine, Optimisation des Parcours de Soins et Révision Médicale",
"url": "/static/pages/docteur-olivier-menir.html",
"alumniOf": {
"@type": "EducationalOrganization",
"name": "Université Paris Descartes"
}
},
"isPartOf": {
"@type": "MedicalWebPage",
"name": "Bordetella",
"url": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D001884",
"about": {
"@type": "MedicalCondition",
"name": "Bordetella",
"code": {
"@type": "MedicalCode",
"code": "D001884",
"codingSystem": "MeSH"
},
"identifier": {
"@type": "PropertyValue",
"propertyID": "MeSH Tree",
"value": "B03.660.075.090.344.425"
}
}
},
"about": {
"@type": "MedicalCondition",
"name": "Bordetella pertussis",
"alternateName": "Bordetella pertussis",
"code": {
"@type": "MedicalCode",
"code": "D001886",
"codingSystem": "MeSH"
}
},
"author": [
{
"@type": "Person",
"name": "Nao Otsuka",
"url": "https://questionsmedicales.fr/author/Nao%20Otsuka",
"affiliation": {
"@type": "Organization",
"name": "Department of Bacteriology II, National Institute of Infectious Diseases, 4-7-1 Gakuen, Musashimurayama, Tokyo, 208-0011, Japan. notsuka@niid.go.jp."
}
},
{
"@type": "Person",
"name": "Kazunari Kamachi",
"url": "https://questionsmedicales.fr/author/Kazunari%20Kamachi",
"affiliation": {
"@type": "Organization",
"name": "Department of Bacteriology II, National Institute of Infectious Diseases, 4-7-1 Gakuen, Musashimurayama, Tokyo, 208-0011, Japan."
}
},
{
"@type": "Person",
"name": "Camille Locht",
"url": "https://questionsmedicales.fr/author/Camille%20Locht",
"affiliation": {
"@type": "Organization",
"name": "Univ. Lille, CNRS, Inserm, CHU Lille, Institut Pasteur de Lille, U1019 - UMR 9017 - CIIL-Centre for Infection and Immunity of Lille, F-59000 Lille, France."
}
},
{
"@type": "Person",
"name": "Kentaro Koide",
"url": "https://questionsmedicales.fr/author/Kentaro%20Koide",
"affiliation": {
"@type": "Organization",
"name": "Department of Bacteriology II, National Institute of Infectious Diseases, 4-7-1 Gakuen, Musashimurayama, Tokyo, 208-0011, Japan."
}
},
{
"@type": "Person",
"name": "Nicole Guiso",
"url": "https://questionsmedicales.fr/author/Nicole%20Guiso",
"affiliation": {
"@type": "Organization",
"name": "Institut Pasteur, Center for Translational Research, Paris, France."
}
}
],
"citation": [
{
"@type": "ScholarlyArticle",
"name": "scMuffin: an R package to disentangle solid tumor heterogeneity by single-cell gene expression analysis.",
"datePublished": "2023-11-27",
"url": "https://questionsmedicales.fr/article/38012590",
"identifier": {
"@type": "PropertyValue",
"propertyID": "DOI",
"value": "10.1186/s12859-023-05563-y"
}
},
{
"@type": "ScholarlyArticle",
"name": "Robustness of single-cell RNA-seq for identifying differentially expressed genes.",
"datePublished": "2023-07-03",
"url": "https://questionsmedicales.fr/article/37394518",
"identifier": {
"@type": "PropertyValue",
"propertyID": "DOI",
"value": "10.1186/s12864-023-09487-y"
}
},
{
"@type": "ScholarlyArticle",
"name": "Protocols for single-cell RNA-seq and spatial gene expression integration and interactive visualization.",
"datePublished": "2023-01-19",
"url": "https://questionsmedicales.fr/article/36853708",
"identifier": {
"@type": "PropertyValue",
"propertyID": "DOI",
"value": "10.1016/j.xpro.2023.102047"
}
},
{
"@type": "ScholarlyArticle",
"name": "Feature selection followed by a novel residuals-based normalization that includes variance stabilization simplifies and improves single-cell gene expression analysis.",
"datePublished": "2024-07-30",
"url": "https://questionsmedicales.fr/article/39080559",
"identifier": {
"@type": "PropertyValue",
"propertyID": "DOI",
"value": "10.1186/s12859-024-05872-w"
}
},
{
"@type": "ScholarlyArticle",
"name": "Deconvolution from bulk gene expression by leveraging sample-wise and gene-wise similarities and single-cell RNA-Seq data.",
"datePublished": "2024-09-18",
"url": "https://questionsmedicales.fr/article/39294558",
"identifier": {
"@type": "PropertyValue",
"propertyID": "DOI",
"value": "10.1186/s12864-024-10728-x"
}
}
],
"breadcrumb": {
"@type": "BreadcrumbList",
"itemListElement": [
{
"@type": "ListItem",
"position": 1,
"name": "questionsmedicales.fr",
"item": "https://questionsmedicales.fr"
},
{
"@type": "ListItem",
"position": 2,
"name": "Bactéries",
"item": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D001419"
},
{
"@type": "ListItem",
"position": 3,
"name": "Proteobacteria",
"item": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D020560"
},
{
"@type": "ListItem",
"position": 4,
"name": "Betaproteobacteria",
"item": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D020562"
},
{
"@type": "ListItem",
"position": 5,
"name": "Burkholderiales",
"item": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D000073556"
},
{
"@type": "ListItem",
"position": 6,
"name": "Alcaligenaceae",
"item": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D042401"
},
{
"@type": "ListItem",
"position": 7,
"name": "Bordetella",
"item": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D001884"
},
{
"@type": "ListItem",
"position": 8,
"name": "Bordetella pertussis",
"item": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D001886"
}
]
}
},
{
"@type": "MedicalWebPage",
"name": "Article complet : Bordetella pertussis - Questions et réponses",
"headline": "Questions et réponses médicales fréquentes sur Bordetella pertussis",
"description": "Une compilation de questions et réponses structurées, validées par des experts médicaux.",
"datePublished": "2025-05-19",
"inLanguage": "fr",
"hasPart": [
{
"@type": "MedicalWebPage",
"name": "Diagnostic",
"headline": "Diagnostic sur Bordetella pertussis",
"description": "Comment diagnostiquer la coqueluche ?\nQuels tests sont utilisés pour la coqueluche ?\nQuels sont les signes cliniques de la coqueluche ?\nQuand faire un test de coqueluche ?\nLa coqueluche peut-elle être confondue avec d'autres maladies ?",
"url": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D001886?mesh_terms=Single-Cell+Gene+Expression+Analysis#section-diagnostic"
},
{
"@type": "MedicalWebPage",
"name": "Symptômes",
"headline": "Symptômes sur Bordetella pertussis",
"description": "Quels sont les premiers symptômes de la coqueluche ?\nComment se manifeste la toux dans la coqueluche ?\nLa coqueluche cause-t-elle des vomissements ?\nLes symptômes de la coqueluche varient-ils selon l'âge ?\nLa coqueluche provoque-t-elle de la fatigue ?",
"url": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D001886?mesh_terms=Single-Cell+Gene+Expression+Analysis#section-symptômes"
},
{
"@type": "MedicalWebPage",
"name": "Prévention",
"headline": "Prévention sur Bordetella pertussis",
"description": "Comment prévenir la coqueluche ?\nÀ quel âge vacciner contre la coqueluche ?\nLes adultes doivent-ils se faire vacciner ?\nQuelles mesures d'hygiène sont recommandées ?\nLa coqueluche est-elle contagieuse ?",
"url": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D001886?mesh_terms=Single-Cell+Gene+Expression+Analysis#section-prévention"
},
{
"@type": "MedicalWebPage",
"name": "Traitements",
"headline": "Traitements sur Bordetella pertussis",
"description": "Quel est le traitement principal de la coqueluche ?\nLes antibiotiques sont-ils efficaces contre la coqueluche ?\nDes traitements symptomatiques existent-ils ?\nQuand commencer le traitement antibiotique ?\nLa vaccination aide-t-elle au traitement ?",
"url": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D001886?mesh_terms=Single-Cell+Gene+Expression+Analysis#section-traitements"
},
{
"@type": "MedicalWebPage",
"name": "Complications",
"headline": "Complications sur Bordetella pertussis",
"description": "Quelles sont les complications possibles de la coqueluche ?\nLa coqueluche peut-elle être mortelle ?\nComment la coqueluche affecte-t-elle les nourrissons ?\nLes complications sont-elles fréquentes ?\nLa coqueluche peut-elle entraîner des problèmes respiratoires à long terme ?",
"url": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D001886?mesh_terms=Single-Cell+Gene+Expression+Analysis#section-complications"
},
{
"@type": "MedicalWebPage",
"name": "Facteurs de risque",
"headline": "Facteurs de risque sur Bordetella pertussis",
"description": "Qui est le plus à risque de coqueluche ?\nLes personnes immunodéprimées sont-elles à risque ?\nLe manque de vaccination augmente-t-il le risque ?\nLes femmes enceintes doivent-elles se faire vacciner ?\nLes épidémies de coqueluche sont-elles fréquentes ?",
"url": "https://questionsmedicales.fr/mesh/D001886?mesh_terms=Single-Cell+Gene+Expression+Analysis#section-facteurs de risque"
}
]
},
{
"@type": "FAQPage",
"mainEntity": [
{
"@type": "Question",
"name": "Comment diagnostiquer la coqueluche ?",
"position": 1,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Le diagnostic se fait par un prélèvement nasal et un test PCR pour détecter B. pertussis."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Quels tests sont utilisés pour la coqueluche ?",
"position": 2,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Les tests PCR, culture bactérienne et sérologie sont utilisés pour diagnostiquer la coqueluche."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Quels sont les signes cliniques de la coqueluche ?",
"position": 3,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Les signes incluent des quintes de toux, des vomissements et une respiration sifflante."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Quand faire un test de coqueluche ?",
"position": 4,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Un test est recommandé si des symptômes de toux persistante apparaissent, surtout chez les enfants."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "La coqueluche peut-elle être confondue avec d'autres maladies ?",
"position": 5,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, elle peut être confondue avec d'autres infections respiratoires comme la bronchite."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Quels sont les premiers symptômes de la coqueluche ?",
"position": 6,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Les premiers symptômes incluent un rhume, une légère toux et de la fièvre."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Comment se manifeste la toux dans la coqueluche ?",
"position": 7,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "La toux est caractérisée par des quintes paroxystiques suivies d'une inspiration bruyante."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "La coqueluche cause-t-elle des vomissements ?",
"position": 8,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, les vomissements peuvent survenir après des quintes de toux intenses."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Les symptômes de la coqueluche varient-ils selon l'âge ?",
"position": 9,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, les nourrissons peuvent avoir des symptômes plus graves que les adultes."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "La coqueluche provoque-t-elle de la fatigue ?",
"position": 10,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, la fatigue est fréquente en raison des efforts liés aux quintes de toux."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Comment prévenir la coqueluche ?",
"position": 11,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "La prévention passe par la vaccination et l'hygiène respiratoire."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "À quel âge vacciner contre la coqueluche ?",
"position": 12,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "La vaccination est recommandée dès l'âge de 2 mois, avec des rappels ultérieurs."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Les adultes doivent-ils se faire vacciner ?",
"position": 13,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, les adultes doivent recevoir un rappel pour protéger les nourrissons."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Quelles mesures d'hygiène sont recommandées ?",
"position": 14,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Se laver les mains fréquemment et éviter le contact avec les personnes malades."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "La coqueluche est-elle contagieuse ?",
"position": 15,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, la coqueluche est très contagieuse, surtout dans les premières semaines."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Quel est le traitement principal de la coqueluche ?",
"position": 16,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Le traitement principal est l'administration d'antibiotiques comme l'azithromycine."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Les antibiotiques sont-ils efficaces contre la coqueluche ?",
"position": 17,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, les antibiotiques réduisent la durée de la maladie et la contagiosité."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Des traitements symptomatiques existent-ils ?",
"position": 18,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, des traitements comme les antitussifs peuvent aider à soulager la toux."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Quand commencer le traitement antibiotique ?",
"position": 19,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Le traitement doit commencer dès que la coqueluche est suspectée pour être efficace."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "La vaccination aide-t-elle au traitement ?",
"position": 20,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Non, la vaccination est préventive, mais elle ne traite pas une infection active."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Quelles sont les complications possibles de la coqueluche ?",
"position": 21,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Les complications incluent la pneumonie, les convulsions et les lésions cérébrales."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "La coqueluche peut-elle être mortelle ?",
"position": 22,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, la coqueluche peut être mortelle, surtout chez les nourrissons non vaccinés."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Comment la coqueluche affecte-t-elle les nourrissons ?",
"position": 23,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Les nourrissons peuvent développer des complications graves comme l'apnée et l'hypoxie."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Les complications sont-elles fréquentes ?",
"position": 24,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Les complications sont rares mais plus fréquentes chez les jeunes enfants."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "La coqueluche peut-elle entraîner des problèmes respiratoires à long terme ?",
"position": 25,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, certains patients peuvent avoir des problèmes respiratoires persistants après la maladie."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Qui est le plus à risque de coqueluche ?",
"position": 26,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Les nourrissons, les jeunes enfants et les adultes non vaccinés sont les plus à risque."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Les personnes immunodéprimées sont-elles à risque ?",
"position": 27,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, les personnes immunodéprimées courent un risque accru de complications."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Le manque de vaccination augmente-t-il le risque ?",
"position": 28,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, le manque de vaccination est un facteur de risque majeur pour la coqueluche."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Les femmes enceintes doivent-elles se faire vacciner ?",
"position": 29,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, la vaccination pendant la grossesse protège le nourrisson après la naissance."
}
},
{
"@type": "Question",
"name": "Les épidémies de coqueluche sont-elles fréquentes ?",
"position": 30,
"acceptedAnswer": {
"@type": "Answer",
"text": "Oui, des épidémies peuvent survenir, surtout dans les populations non vaccinées."
}
}
]
}
]
}
Univ. Lille, CNRS, Inserm, CHU Lille, Institut Pasteur de Lille, U1019 - UMR 9017 - CIIL-Centre for Infection and Immunity of Lille, F-59000 Lille, France.
Univ. Lille, CNRS, Inserm, CHU Lille, Institut Pasteur de Lille, U1019 - UMR 9017 - CIIL-Centre for Infection and Immunity of Lille, F-59000 Lille, France.
Section Pediatric Infectious Diseases, Laboratory of Medical Immunology, Radboud Institute for Molecular Life Sciences, Radboud University Medical Center, Nijmegen, the Netherlands; Radboud Center for Infectious Diseases, Radboud University Medical Center, Nijmegen, the Netherlands.
Single-cell (SC) gene expression analysis is crucial to dissect the complex cellular heterogeneity of solid tumors, which is one of the main obstacles for the development of effective cancer treatment...
scMuffin provides a series of functions to calculate qualitative and quantitative scores, such as: expression of marker sets for normal and tumor conditions, pathway activity, cell state trajectories,...
The analyses offered by scMuffin and the results achieved in the case study show that our tool helps addressing the main challenges in the bioinformatics analysis of SC expression data from solid tumo...
A common feature of single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data is that the number of cells in a cell cluster may vary widely, ranging from a few dozen to several thousand. It is not clear whether scRNA-seq ...
We addressed this question by performing scRNA-seq and poly(A)-dependent bulk RNA-seq in comparable aliquots of human induced pluripotent stem cells-derived, purified vascular endothelial and smooth m...
Findings of the current study provide a quantitative reference for designing studies that aim for identifying DEGs for specific cell clusters using scRNA-seq data and for interpreting results of such ...
There is a wealth of software that utilizes single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data to deconvolve spatial transcriptomic spots, which currently are not yet at single-cell resolution. Here we provide prot...
Normalization is a crucial step in the analysis of single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) counts data. Its principal objectives are reduction of systematic biases primarily introduced through technica...
The widely adopted bulk RNA-seq measures the gene expression average of cells, masking cell type heterogeneity, which confounds downstream analyses. Therefore, identifying the cellular composition and...
We propose a new deconvolution algorithm, DSSC, which infers cell type-specific gene expression and cell type proportions of heterogeneous samples simultaneously by leveraging gene-gene and sample-sam...
DSSC provides a practical and promising alternative to the experimental techniques to characterize cellular composition and heterogeneity in the gene expression of heterogeneous samples....
Cell clustering is a prerequisite for identifying differentially expressed genes (DEGs) in single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data. Obtaining a perfect clustering result is of central importance f...
Here, we propose single-cell minimum enclosing ball (scMEB), a novel and fast method for detecting single-cell DEGs without prior cell clustering results. The proposed method utilizes a small part of ...
We compared scMEB to two different approaches that could be used to identify DEGs without cell clustering. The investigation of 11 real datasets revealed that scMEB outperformed rival methods in terms...
The aim of this study was to reveal the key genes associated with macrophage polarization in liver cancer....
Data were downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) and the Cancer Genome Atlas databases (TCGA). R package Seurat 4.0 was used to preprocess the downloaded single-cell sequencing data, princi...
Two thousand highly variable genes were obtained after the normalization of single-cell profiles. In all, 16 principal components and 15 cell clusters were obtained. Monocytes and macrophages were the...
The key genes associated with macrophage polarization, namely CD53, TGFBI, S100A4, pyruvate kinase M, LSP1, and SPP1, may be potential therapeutic targets for liver cancer....
As an essential regulator of type I interferon (IFN) response, TMEM173 participates in immune regulation and cell death induction. In recent studies, activation of TMEM173 has been regarded as a promi...
Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) and western blotting (WB) were applied to determine the mRNA and protein levels of TMEM173 in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs). TMEM173 mutation status w...
The mRNA and protein levels of TMEM173 were increased in PBMCs from B-ALL patients. Besides, frameshift mutation was presented in TMEM173 sequences of 2 B-ALL patients. ScRNA-seq analysis identified t...
Our findings provide insights into the transcriptomic features of TMEM173 in the BM of high-risk B-ALL patients. Targeted activation of TMEM173 in specific cells might provide new therapeutic strategi...
The poor prognosis of sepsis warrants the investigation of biomarkers for predicting the outcome. Several studies have indicated that PANoptosis exerts a critical role in tumor initiation and developm...
We obtained Sepsis samples and scRNA-seq data from the GEO database. PANoptosis-related genes were subjected to consensus clustering and functional enrichment analysis, followed by identification of d...
Unsupervised clustering analysis using 16 PANoptosis-related genes identified three subtypes of sepsis. Kaplan-Meier analysis showed significant differences in patient survival among the subtypes, wit...
We developed a machine learning based Boruta algorithm for profiling PANoptosis related subgroups with in predicting survival and clinical features in the sepsis....
Macrophages play an important role in the occurrence and development of atherosclerosis. However, few existing studies have deliberately analyzed the changes in characteristic genes in the process of ...
Carotid atherosclerotic plaque single-cell RNA (scRNA) sequencing data were analyzed to define the cells involved and determine their transcriptomic characteristics. KEGG enrichment analysis, CIBERSOR...
Nine cell clusters were identified. M1 macrophages, M2 macrophages, and M2/M1 macrophages were identified as three clusters within the macrophages. According to pseudotime analysis, M2/M1 macrophages ...
IL1RN...
